ATLAS安装：确实需要通过CPU限制检查吗？

Question

ATLAS 3.10.1无法安装在我们组织的CentOS 6.x平台上，因为它检测到CPU限制。在早期版本的软件包中，有一个配置标志可以关闭限制检查（-Si cputhrchk 0）并继续前进。但是该选项已经在几个版本之前取消了。我理解该决定背后的原因--开发人员担心软件性能和声誉，而CPU限制使得ATLAS无法进行自我调整。不错。我的问题是，无论ATLAS的性能如何，我只是需要构建这个东西。我知道有一些停止限制的方法，但我没有也可能不会获得在这台机器上操作CPU频率的权限。所以我需要一种方法来跳过ATLAS的限制检查。我看到有一些关于破解配置脚本的讨论，但我自己不知道如何操作。ATLAS sourceforge网站上没有任何回答，这并不是要批评那里的任何人。我只是想说明我的情况。所以：有人知道如何越过ATLAS的限制检查吗？谢谢。

- bob.sacamento

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我本来想建议你在Atlas讨论组中发帖 - 但你已经做过了：http://sourceforge.net/p/math-atlas/support-requests/886/. - paulsm4

@paulsm4，没错。这是我的最后一招！谢谢。 - bob.sacamento

另一个选择是下载并构建ATLAS 3.9.79（发布于06/13/12）。这是在他们禁用“被滥用的-Si cputhrchk 0”之前的版本。有关详细信息，请参阅源目录中的“ChangeLog”。 - paulsm4

3.9.79 在 SourceForge 上似乎不可用。看起来在此切换之前的最后一个稳定版本是 3.8.4（我想是这样，没有在我面前）。你知道那个版本的情况吗？是否存在任何错误或问题？谢谢。 - bob.sacamento

就此而言，“-Si cputhrchk 0”似乎已经作为“configure”选项被重新启用（我正在构建3.10.2）。 - jrk

Answer 1

免责声明：以下是一种肮脏、卑鄙、不光彩的黑客方式（带有所有负面含义，但没有任何正面含义），只能作为最后的手段使用。我和ATLAS开发人员对您使用此方法导致ATLAS库性能下降不承担任何责任。

确保您了解CPU节流检查的原因：ATLAS提供了一些算法的“自动调整”，如果启用了CPU节流，就无法进行调整（因为基准计时不稳定）。在“INSTALL.txt”中的话：“CPU节流使几乎所有计时完全随机，因此任何ATLAS安装都将是垃圾”（重点是我的）。如果可能的话，请关闭CPU节流。

如果绝对没有办法关闭CPU节流，并且您只需要一个工作的ATLAS安装，而不管性能如何降低，请尝试以下方法：

cd /path/to/ATLAS
patch -p0 CONFIG/src/probe_arch.c << EOF
@@ -238,8 +238,7 @@ int main(int nargs, char **args)
       printf("CPU MHZ=%d\n",
              ProbeOneInt(OS, asmd, targ, "-m", "CPU MHZ=", &sure));
    if (flags & Pthrottle)
-      printf("CPU THROTTLE=%d\n",
-             ProbeOneInt(OS, asmd, targ, "-t", "CPU THROTTLE=", &sure));
+      printf("CPU THROTTLE=0\n");
    if (flags & P64)
    {
       if (asmd == gas_x86_64)
EOF

补丁适用于atlas 3.10.1版本。

- Paul Price

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谢谢。我理解性能问题。我会非常小心处理。如果必须采取这种措施，我承诺不会抱怨性能。非常感谢。 - bob.sacamento

我明白你已经知道了，鲍勃，但是我只是觉得如果我不把那个放进去，其他人就会来并且会受到影响。 :) - Paul Price

所以这已经是3年前的事了，而Atlas构建仍然抱怨 - 这还是一个问题吗？其次，为什么Atlas不能在关闭限流的情况下自动调整自身，保存参数，然后让我们将事物恢复到“正常”呢？ - duanev

Answer 2

另一种禁用CPU降频的方法（截至3.10.2版）是修改CONFIG/src/config.c文件中的GetFlags()方法，将ThrChk设置为0。

cd /path/to/ATLAS/CONFIG/src
patch -p0 config.c << EOF
@@ -1026,7 +1026,7 @@
    *verb = 0;
    *NoCygwin = 0;
    *NoF77 = 0;
-   *ThrChk = 1;
+   *ThrChk = 0;
    *nthreads = -1;
    *tids = NULL;
    *omp = *AntThr = 0;
EOF

请注意，维护者已经移除了-Si cputhrchk 0选项，原因是在config.c中的以下评论中指出该选项被滥用：

/* Disabled due to abuse
      fprintf(stderr,
        "      -Si cputhrchk <0/1> : Ignore/heed CPU throttle probe\n");
 */

- eric

Answer 3

从3.10.3版本开始，实际上有一个配置标志--cripple-atlas-performance，使得可以编译ATLAS而不必担心限制性能。

- Gert Wollny

Answer 4

如何在较新版本的 Fedora Linux（例如 Fedora 22）中关闭 CPU 限制。步骤如下：

1）使用 root 权限打开文件 /etc/default/grub，并在变量 GRUB_CMDLINE_LINUX 中添加参数 "intel_pstate=disable"，保存文件，例如：

GRUB_CMDLINE_LINUX="intel_pstate=disable rhgb quiet" #（其他参数）

2）重新生成 GRUB 配置以应用新更改：

a）对于 BIOS 系统： # grub2-mkconfig -o /boot/grub/grub2.cfg

b）对于 UEFI 系统： # grub2-mkconfig -o /boot/efi/EFI/fedora/grub.cfg

然后重新启动。

关于配置 GRUB 引导加载程序和系统是 UEFI 还是 BIOS，在 Fedora Linux 中，请参见：

https://docs.fedoraproject.org/en-US/Fedora/22/html/Multiboot_Guide/GRUB-configuration.html

https://docs.fedoraproject.org/en-US/Fedora/23/html/Multiboot_Guide/BOOT-BIOS_or_UEFI.html

- Jorge D'Elia

Answer 5

好吧，这不是一个很好的答案，但以防万一有人想知道：这里的系统管理员实际上给了我权限来调整CPU限制，所以现在ATLAS正在构建。但是，如果有人有真正的答案，请让我和其他查看此问题的人知道。我相信我将再次面临这种情况，也许还要担心更顽固的系统管理员。

- bob.sacamento