生成图表时抑制ggpairs消息

Question

ggpairs用于生成绘图时会输出进度条和估计的剩余时间，这对于交互式使用很好，因为某些计算可能需要几秒钟。但是在制作文档（如R笔记本）时，这些打印信息最终出现在报告中。 ggpairs曾经有一个布尔值verbose选项，但现在已弃用。是否有替代方案？我似乎找不到。

要查看消息，请尝试：

library(GGally) ggpairs(mtcars, columns = c("mpg", "cyl", "hp", "disp", "am", "qsec"))

在文档中，它会包含：

plot: [1,1] [==-------------------------------------------] 4% est: 0s

plot: [1,2] [====-----------------------------------------] 8% est: 6s

plot: [1,3] [=====----------------------------------------] 12% est: 5s

plot: [1,4] [=======--------------------------------------] 16% est: 5s

等等

- adatum

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在代码块选项中，你可以使用 message = FALSE 吗？ - Richard Telford

我尝试了 message = FALSE, warnings = FALSE 但它们仍然出现。 - adatum

我也尝试过用 suppressMessages() 包装代码。但是也没有起作用。 - adatum

尝试使用 progress = FALSE。它似乎是由 ggmatrix_gtable 调用的，该函数接受一个布尔型 progress 参数。我不确定（还没有测试）是否会传递足够深的 progress = F。 - Gregor Thomas

@Gregor 在代码块选项中设置 progress = FALSE 也没有起作用。 - adatum

不是在块选项中，而是在ggpairs调用中。但是，它不起作用。 - Gregor Thomas

Answer 1

progress = FALSE 参数将在打印 ggpairs 绘图时起作用。

ggp = ggpairs(mtcars, columns = c("mpg", "cyl", "hp", "disp"))
print(ggp, progress = F)  # no progress bar
print(ggp)  # progress bar

这可能也取决于你的编程方式。调用进度条的函数是ggmatrix_gtable，默认值为

 progress = interactive() && (pm$ncol * pm$nrow) > 15

因此，在非交互式会话中，默认情况下不会打印进度条。

- Gregor Thomas

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谢谢，这个可行！关于编程，我正在使用RStudio中最近添加的“预览笔记本”按钮。 - adatum

Answer 2

print函数中的'progress'参数即将被弃用。

它可以传递给ggpairs本身：

library(GGally)
ggpairs(mtcars, 
        columns = c("mpg", "cyl", "hp", "disp", "am", "qsec"),
        progress = FALSE)

不带进度的ggpairs RStudio截图：

- Nikolay

Answer 3

如果您熟悉dplyr语法，那么下面的管道可能是最优雅的，它不需要保存中间变量。

mtcars %>% 
  ggpairs(columns = c("mpg", "cyl", "hp", "disp", "am", "qsec")) %>%
  print(progress = F)

- Zhirui Wang