DMwR包中的knnImputer出现错误：'times'参数无效。

Question

我正在尝试在DMwR包中运行knnImputer，用于基因组数据集。该数据集有两列 - 一个是染色体上的位置（数字，整数），另一个是甲基化值（也是数字，双精度浮点数），其中许多甲基化值缺失。想法是距离应该基于染色体上的位置。我还有几个其他特征，但选择不包括它们。然而，当我运行以下代码时，我会得到一个错误。

reg.knn <- knnImputation(as.matrix(testp), k=2, meth="median")
#ERROR:
#Error in rep(1, ncol(dist)) : nvalid 'times' argument

有什么想法是什么导致了这个问题吗？ 如果这不起作用，有人知道其他好的KNN Imputers R包吗？我已经尝试了几个，但每个都返回某种错误。

- Marti

Answer 1

今天我遇到了一个类似的错误：

“Error in rep(1, ncol(dist)) : invalid 'times' argument”

我在网上找不到解决方法，但是通过一些尝试和错误，我认为问题出在数据框中的列数。

请尝试至少传递“3”列并进行KNNimputation。

我创建了一个虚拟列，它提供了观察结果的行计数（作为第三列）。

对我有用！

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以下是您参考的示例：

示例1 -

temp <- data.frame(X = c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10), Y = c(T, T, F, F,F,F,NA,NA,T,T))
temp7<-NULL temp7 <-knnImputation(temp,scale=T,k=3, meth='median', distData = NULL)

rep(1, ncol(dist)) 中的错误：无效的“times”参数。

示例2 -

temp <- data.frame(X = 1:10, Y = c(T, T, F, F,F,F,NA,T,T,T), Z = c(NA,NA,7,8,9,5,11,9,9,4)) 
temp7<-NULL temp7 <-knnImputation(temp,scale=T,k=3, meth='median', distData = NULL) 

这里传递的列数是3。没有出现任何错误！

- Bhavani

Answer 2

今天，我遇到了相同的错误。我的数据框比3列要大得多，所以这似乎不是唯一的问题？我发现有太多NAs的行导致了问题（在我的情况下，给定行中超过95％的值都是NA）。过滤掉这些行解决了问题。重点是：不仅要针对列过滤NAs（我做了），还要检查行（如果您无法定义最近的邻居，则当然无法通过kNN进行插补）。如果该软件包能提供可读的错误消息就好了！

- MartijnM

Answer 3

当我阅读代码时，我找到了问题。如果列小于3，则在处理过程中它会降级为不是数据框架的东西，因此基于数据框架结构的所有操作都会失败。我认为作者应该处理这种情况。

是的，最后一个答案也是通过尝试找到的，不同的方法，相同的答案。

- cloudscomputes

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我可能不能帮助问题的提出者，但希望其他人能看到这个答案可以节省很多时间。 - cloudscomputes