在S4通用方法中将...与正式参数混合使用

Question

来自?dotsMethods：

 Beginning with version 2.8.0 of R, S4 methods can be dispatched
 (selected and called) corresponding to the special argument “...”.
 Currently, “...” cannot be mixed with other formal arguments:
 either the signature of the generic function is “...” only, or it
 does not contain “...”.  (This restriction may be lifted in a
 future version.)

这是来自EBImage包的一些代码:

## image IO, display
setGeneric ("image", function (x, ...) standardGeneric("image") )

## statistics
setGeneric ("hist", function (x, ...) standardGeneric("hist") )

看起来这似乎违反了“…”不能与其他形式参数混合使用的规则。这是否意味着限制已经被取消但未记录在案?

- qed

Answer 1

您引用的部分中的关键词是“dispatched”。在这里，“dispatched”意味着将任务发送到队列中，以便稍后执行。

setGeneric("foo", function(x, ...) standardGeneric("foo"))

您可以根据 'x' 的类编写方法。

.A = setClass("A", "integer")
.B = setClass("B", "integer")
setMethod("foo", "A", function(x, ...) "foo,A-method")

'...'仍可用于提供特定于方法的参数，但没有可用于“...”的分派。

setMethod("foo", "B", function(x, barg, ...) sprintf("barg=%d", barg))

使用

> foo(.B(), barg=123)
[1] "barg=123"

这是EBImage如何使用“...”，这是一个非常常见的用例。

在这里：

setGeneric("bar", function(...) standardGeneric("bar"))

如果所有的类别相同，您可以编写基于“...”的调度方法

setMethod("bar", "A", function(...) "bar,A-method")

使用

> bar(.A(), .A())
[1] "bar,A-method"
> bar(.A(), .B())
Error in standardGeneric("bar") : 
  no method or default matching the "..." arguments in bar(.A(), .B())
> setMethod("bar", c("A", "B"), function(...) "bar,A,B-method")
Error in matchSignature(signature, fdef) : 
  more elements in the method signature (2) than in the generic signature (1) for function 'bar'

上述代码使用隐式规则确定签名，getGeneric()会显示分派的参数，其中输出指示“可以为参数定义方法：”，例如：

> getGeneric("foo")
standardGeneric for "foo" defined from package ".GlobalEnv"

function (x, ...) 
standardGeneric("foo")
<environment: 0x2ba550a0>
Methods may be defined for arguments: x
Use  showMethods("foo")  for currently available ones.
> getGeneric("bar")
standardGeneric for "bar" defined from package ".GlobalEnv"

function (...) 
standardGeneric("bar")
<environment: 0x2c127e58>
Methods may be defined for arguments: ...
Use  showMethods("bar")  for currently available ones.

R似乎可以让您定义在x混合的泛型分派...

> setGeneric("baz", function(x, ...) standardGeneric("baz"), 
             signature=c("x", "..."))
[1] "baz"

但实际上情况并非如此。

> getGeneric("baz")
standardGeneric for "baz" defined from package ".GlobalEnv"

function (x, ...) 
standardGeneric("baz")
<environment: 0x2c704cc0>
Methods may be defined for arguments: x
Use  showMethods("baz")  for currently available ones.

- Martin Morgan

Answer 2

可以在 s4 通用函数中与其他形式参数一起使用 ...。您还应该记得将其作为参数之一包含在 setMethod 函数中。

- John Paul