如何在Anaconda中安装SageMath内核？

Question

如何在Anaconda中安装SageMath内核？

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我正在尝试在Anaconda 3中使用Sage，但似乎库没有被导入。首先我创建了一个新的环境'ipykernel_py2'，然后按照这里的说明安装了Python 2。这样，我可以在Anaconda 3中同时运行Python 3和Python 2。接下来，我进入内核文件夹(C:\Users\YOUR_USERNAME\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\ipykernel_py2\share\jupyter\kernels)，并复制了Sage的内核(取自C:\Program Files\SageMath 8.2\runtime\opt\sagemath-8.2\local\share\jupyter\kernels)。这允许在Jupyter中创建新的SageMath文件，但内核已死亡。为了激活内核，我使用Anaconda提示符，并键入:

activate ipykernel_py2
python -m ipykernel install --user --name sagemath --display-name "SageMath 8.2"

现在内核已经激活，我可以创建和运行Sage文件。但是库仍然无法正常工作。似乎该文件像普通的Python 2文件一样运行。

有人知道如何解决这个问题吗？我需要创建一个单独的环境吗？

- J. Serra

1个回答

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可以查看英文原文，
原文链接

- Iguananaut · Accepted Answer

Sage for Windows 运行在一个名为 Cygwin 的 UNIX 模拟环境下。查看 sagemath/kernel.json，它包含：

{"display_name": "SageMath 8.2", "argv": ["/opt/sagemath-8.2/local/bin/sage", "--python", "-m", "sage.repl.ipython_kernel", "-f", "{connection_file}"]}

您可以在此处看到，它具有指向sage可执行文件的UNIX风格路径。这个路径只对在Sage的Cygwin环境下运行的其他程序有意义，对于本机Windows程序来说是无意义的。仅仅将其转换为等效的Windows路径也不起作用，因为bin/sage实际上是一个shell脚本。至少需要提供一个Windows路径到Cygwin中带有的bash，并将UNIX路径传递给sage可执行文件（与上面的路径相同）。如果没有登录shell，大多数所需的环境变量也不会设置，因此您可能需要使用bash -l。

因此，类似于以下内容：

{"display_name": "SageMath 8.2", "argv": ["C:\\Program Files\\SageMath 8.2\\runtime\\bin\\bash.exe", "-l", "/opt/sagemath-8.2/local/bin/sage", "--python", "-m", "sage.repl.ipython_kernel", "-f", "{connection_file}"]}

< p > < em >可能有效。我不确定的一件事是{connection_file}参数是否会被正确处理。我还没有测试过。

更新：事实上，上述方法部分有效，但存在一些问题：传递的{connection_file}参数是文件的绝对Windows路径。虽然Cygwin通常可以透明地将Windows路径转换为相应的UNIX路径，但这存在一个已知问题，即Cygwin上的Python的os.path模块无法很好地处理Windows风格的路径，这会导致问题。

我遇到的另一个主要问题是IPKernelApp，这个类驱动通用的Jupyter内核，有一个线程来轮询内核的父进程（在本例中为笔记本服务器）是否已退出，以便在父进程关闭时适当地关闭内核。这就是内核如何知道在您关闭笔记本服务器时自动关闭的方式。

这是根据平台的不同方式完成的--Windows与UNIX-like。由于Sage的内核在Cygwin中运行，它选择了UNIX-like的轮询程序。然而，如果笔记本服务器恰好是本机Windows进程，比如在Windows本机Jupyter中运行Sage内核时，这是错误的。令人惊讶的是，Windows的父级轮询程序可以在Cygwin上正常工作，因为它通过ctypes访问Windows API。因此，可以通过提供一个包装器给IPKernelApp来解决这个问题，该包装器强制使用ParentPollerWindows。

可能的解决方案看起来像这样：从SageMath Shell中执行：

$ cd "$SAGE_LOCAL"
$ mkdir -p ./share/jupyter/kernels/sagemath
$ cd ./share/jupyter/kernels/sagemath
$ cat <<_EOF_ > kernel-wrapper.sh
#!/bin/sh
here="$(dirname "$0")"
connection_file="$(cygpath -u -a "$1")"
exec /opt/sagemath-8.2/local/bin/sage --python "${here}/kernel-wrapper.py" -f "${connection_file}"
_EOF_
$ cat <<_EOF_ > kernel-wrapper.py
from ipykernel.kernelapp import IPKernelApp as OrigIPKernelApp
from ipykernel.parentpoller import ParentPollerWindows
from sage.repl.ipython_kernel.kernel import SageKernel


class IPKernelApp(OrigIPKernelApp):
    """
    Although this kernel runs under Cygwin, its parent is a native Windows
    process, so we force use of the ParentPollerWindows.
    """

    def init_poller(self):
        if self.interrupt or self.parent_handle:
            self.poller = ParentPollerWindows(self.interrupt,
                                              self.parent_handle)


IPKernelApp.launch_instance(kernel_class=SageKernel)
_EOF_

现在编辑 share\jupyter\kernels\sagemath 下的 kernel.json 文件，使其内容如下：

{"display_name": "SageMath 8.2", "argv": ["C:\\Program Files\\SageMath 8.2\\runtime\\bin\\bash.exe", "-l", "/opt/sagemath-8.2/local/share/jupyter/kernels/sagemath/kernel-wrapper.sh", "{connection_file}"]}

这里运行了kernel-wrapper.sh，然后再运行kernel-wrapper.py。（有一些简化可以消除完全需要kernel-wrapper.sh的情况，但在包括PyCygwin的SageMath 8.3中会更容易。）

请确保将每个“8.2”更改为您Sage安装的适当“X.Y”版本。

更新：根据用户反馈进行了一些更新，但我还没有测试这些更改，因此请确保不要盲目复制/粘贴我的说明中的每个文件/目录路径都存在并且正确。

正如您所看到的，这并不是微不足道的，也不是通过设计意图可能实现的。但它可以完成。一旦内核本身启动并运行，就只需要通过TCP / IP套接字与其通信，因此在此之后没有太多魔法。我相信在Jupyter端和Sage端都可以进行一些小的改进，以促进将来这种事情的实现...