如何在R中进行多重比较时将字符串变量传递给multcomp :: glht函数

Question

我正在进行单向方差分析和事后多重比较。以mtcars数据集为例：

mtcars$cyl <- as.factor(mtcars$cyl)
aov<- aov(mpg~cyl, data=mtcars)
summary(multcomp::glht(aov, linfct=mcp(cyl='Dunnet')))

然而，我不想将变量硬编码为 cyl。 因此，我创建了一个变量 var='cyl'：

var <- 'cyl'
aov <- aov(as.formula(paste('mpg~', var)), data=mtcars)
summary(multcomp::glht(aov, linfct=mcp( var='Dunnet')))

我收到了错误信息：

Error in mcp2matrix(model, linfct = linfct) : Variable(s) ‘var’ have been specified in ‘linfct’ but cannot be found in ‘model’!

我认为问题出在向mcp函数传递var参数上。如何解决？我尝试了：as.name(var)、eval(quote(var))等方法，但都没有成功。非常感谢您的帮助。

- zesla

Answer 1

我们可以使用 do.call 方法。

aov1 <- do.call("aov", list(formula = as.formula(paste('mpg~', var)), data = quote(mtcars)))
out2 <- summary(multcomp::glht(aov1, linfct = do.call(mcp, setNames(list("Dunnet"), var))))

查看原帖中的输出结果

out1 <- summary(multcomp::glht(aov, linfct=mcp(cyl='Dunnet')))
all.equal(aov, aov1)
#[1] TRUE

all.equal(out1, out2)
#[1] TRUE

上述内容可以封装在一个函数中。

f1 <- function(dat, Var){
      form1 <- formula(paste('mpg~', Var))
      model <- aov(form1, data = dat)
      model$call$formula <- eval(form1)
      model$call$data <- substitute(dat)
      summary(multcomp::glht(model, linfct = do.call(mcp, setNames(list("Dunnet"), Var))))

   }

f1(mtcars, var)

- akrun