我正在对一些高度共线的数据进行岭回归分析。其中一个用于确定稳定拟合的方法是利用岭迹图。感谢在Scikit-learn上提供的优秀示例,我能够做到这一点。另一种方法是计算每个变量的方差膨胀因子(VIF),随着k的增加而增加。当VIF降至<5时,表明拟合效果令人满意。Statsmodels有关于VIF的代码,但是它是针对OLS回归的。我尝试修改它以处理岭回归。
我正在检查我的结果是否与《Regression Analysis by Example》第五版第10章所述的一致。我的代码可以生成k=0.000时的正确结果,但之后就不行了。虽然有SAS工作代码可供使用,但我不是SAS用户,也不知道其实现与scikit-learn和/或statsmodels的区别。
我已经卡住了几天,任何帮助都将不胜感激。
#http://www.ats.ucla.edu/stat/sas/examples/chp/chp_ch10.htm
from __future__ import division
import numpy as np
import pandas as pd
example = pd.read_csv('by_example_import.csv')
example.dropna(inplace=True)
from sklearn import preprocessing
scaler = preprocessing.StandardScaler().fit(example)
scaler.transform(example)
X = example.drop(['year', 'import'], axis=1)
#c_matrix = X.corr()
y = example['import']
#w, v = np.linalg.eig(c_matrix)
import pylab as pl
from sklearn import linear_model
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# Compute paths
alphas = [0.000, 0.001, 0.003, 0.005, 0.007, 0.009, 0.010, 0.012, 0.014, 0.016, 0.018,
0.020, 0.022, 0.024, 0.026, 0.028, 0.030, 0.040, 0.050, 0.060, 0.070, 0.080,
0.090, 0.1, 0.2, 0.3, 0.4, 0.5, 0.6, 0.7, 0.8, 0.9, 1.0, 1.5, 2.0]
clf = linear_model.Ridge(fit_intercept=False)
clf2 = linear_model.Ridge(fit_intercept=False)
coefs = []
vif_list = [[] for x in range(X.shape[1])]
for a in alphas:
clf.set_params(alpha=a)
clf.fit(X, y)
coefs.append(clf.coef_)
for j, data in enumerate(X.columns):
cols = [col for col in X.columns if col not in [data]]
Z = X[cols]
yy = X.iloc[:,j]
clf2.set_params(alpha=a)
clf2.fit(Z, yy)
r_squared_j = clf2.score(Z, yy)
vif = 1. / (1. - r_squared_j)
print r_squared_j
vif_list[j].append(vif)
pd.DataFrame(vif_list, columns = alphas).T
pd.DataFrame(coefs, index=alphas)
###############################################################################
# Display results
ax = pl.gca()
ax.set_color_cycle(['b', 'r', 'g', 'c', 'k', 'y', 'm'])
ax.plot(alphas, coefs)
pl.vlines(ridge_cv.alpha_, np.min(coefs), np.max(coefs), linestyle='dashdot')
pl.xlabel('alpha')
pl.ylabel('weights')
pl.title('Ridge coefficients as a function of the regularization')
pl.axis('tight')
pl.show()