如何导入Python包？

Question

我刚接触Python，需要使用一个基于Python的工具，名为chromosomer，它导入了一些Python包，其中包括bioformats。Bioformats有许多模块，包括bed。运行chromosomer时，出现错误：

smeeta:~$ python
Python 2.7.6 (default, Jun 22 2015, 17:58:13) 
[GCC 4.8.2] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import chromosomer
>>> from chromosomer.cli import bioformats
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/chromosomer/cli.py", line 8, in <module>
    import bioformats.bed
ImportError: No module named bed
>>> import bioformats
>>> import bioformats.bed
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
ImportError: No module named bed
>>> 

我该如何安装chromosomer包及其相关的依赖包？

- Meeta Sunil

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感谢您的编辑和下面的回答；但是我已经使用sudo -E pip install --index-url=http://pypi.python.org/simple/ -r requirements.txt安装了chromosomer及其依赖项。在这样做之后，我不得不将/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/<package_name>/添加到我的bashrc中的PYTHONPATH中。我仍然遇到了上述的导入错误。 - Meeta Sunil

"from chromosomer.cli import chromosomer" 对我来说很有效，请参见我的回答的最后一部分。我的建议是，删除/卸载 chromosomer 包以及 bashrc 中的路径行-然后重新安装它。 - Nabeel Ahmed

Answer 1

使用 pip 例如：

#>pip install <desired package>
#>pip install chromosomer

官方的pip文档链接：link.

对于Python 2.7.9+和3.4+ 它应该预装了pip

Python 2 ≤ 2.7.8和Python 3 ≤ 3.3 请按照此处的说明操作: https://pip.pypa.io/en/stable/installing/#do-i-need-to-install-pip

更多关于这个问题的讨论： Python是否有包/模块管理系统？

- Ajeet Ganga

Answer 2

在Python中，大多数东西都是使用pip命令安装的，这是安装Python包的推荐工具。

同时，您是否尝试过：

pip install python-bioformats

- Nishant Singh

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是的，我已经安装了python-bioformats；但是它没有解决我的问题。 - Meeta Sunil

Answer 3

对于除默认包之外的任何包，您需要在导入/使用它们之前安装它们。

安装Python包的最常见和方便的方法是通过pip包管理实用程序。

1. 安装pip：

sudo apt-get install python-pip  # for Debian/Ubuntu
sudo yum -y install python-pip  # for CentOS/RHEL

注意：对于Python 2.7.9+和3.4+，pip已经预装。

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2. 安装Python包：

sudo pip install chromosomer

它将安装bioinformats，future，pyfaidx，PyVCF，six作为依赖包。 注意：如果已经是root用户或使用vitualenv，则不需要sudo。

验证 - 可以使用pip freeze命令验证安装：

(venv_bioinformatics)[nahmed@localhost virtualenvs]$ pip freeze
bioformats==0.1.14
chromosomer==0.1.3
future==0.16.0
pyfaidx==0.4.8.1
PyVCF==0.6.8
six==1.10.0
wheel==0.24.0

测试 - 我安装了 Chromosomer 并导入，运行良好：

(venv_bioinformatics)[nahmed@localhost virtualenvs]$ python 
Python 2.7.5 (default, Sep 15 2016, 22:37:39) 
[GCC 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-4)] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> from chromosomer.cli import chromosomer
>>> 

- Nabeel Ahmed

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你尝试在Python shell中导入了吗？同时，请核对一下软件包的版本是否与我分享的一致，因为这对我来说是正常工作的。 - Nabeel Ahmed

另外，如果我只导入包，它会被导入，但是如果我尝试访问模块，它会抛出错误。 - Meeta Sunil

请分享完整的会话，即回溯（错误）和导致问题的导入语句。将其添加到问题中作为编辑1：（在当前内容下方）。 - Nabeel Ahmed

是的，在Python shell中，包可以顺利导入，但不包括它们的模块。 import <package_name> 不会出现任何错误，而 from <package_name> import module 则会出现错误。是的，大多数已安装的包的版本都相同，除了six == 1.5.2和Python为2.7.6。 - Meeta Sunil