实际问题
R6类继承(非正式的S3)类
R6
,这个事实是否允许为该类的签名参数定义S4方法?鉴于当前S3/S4标准,如果不是这种情况,有什么解决方法,或者在这种情况下可以被视为“最佳实践”?
背景和示例
引用类
考虑以下示例,您想定义在所有引用类实例都继承自的超类(envRefClass
)上分派的方法:
TestRefClass <- setRefClass("TestRefClass", fields= list(.x = "numeric"))
setGeneric("foo", signature = "x",
def = function(x) standardGeneric("foo")
)
setMethod("foo", c(x = "envRefClass"),
definition = function(x) {
"I'm the method for `envRefClass`"
})
> try(foo(x = TestRefClass$new()))
[1] "I'm the method for `envRefClass`"
这种继承结构并不是直接显而易见的,因为class()
并不会揭示这一事实:
class(TestRefClass$new())
[1] "TestRefClass"
attr(,"package")
[1] ".GlobalEnv"
然而,查看类生成器对象的属性可以揭示它的一些特点:
> attributes(TestRefClass)
[... omitted ...]
Reference Superclasses:
"envRefClass"
[... omitted ...]
这就是为什么调度程序能正常运作的原因。 R6类 当你想要对R6类做类似的事情时,事情似乎并不像引用类那样简单明了:
TestR6 <- R6Class("TestR6", public = list(.x = "numeric"))
setMethod("foo", c(x = "R6"),
definition = function(x) {
"I'm the method for `R6`"
})
> try(foo(x = TestR6$new()))
Error in (function (classes, fdef, mtable) :
unable to find an inherited method for function ‘foo’ for signature ‘"TestR6"’
“看上去很简单”的意思是class()
实际上暗示了所有的R6类都继承自类R6
,可以作为方法分派的超类:
class(TestR6$new())
[1] "TestR6" "R6"
R6Class()
的帮助页面实际上显示,只要class = TRUE
,类R6
就会作为非正式S3类添加进来。这也是为什么在试图为这个类定义S4方法时会出现警告的原因。因此,这基本上给我们留下了两种可能的选择/解决方案:
- 通过
setOldClass()
将类R6
转换成一个正式的类。 - 让所有的R6类实例都继承自其他的超类,比如
.R6
。
setOldClass("R6")
> isClass("R6")
[1] TRUE
当在类表/图中以S3风格进行编码时,此方法可行:
dummy <- structure("something", class = "R6")
> foo(dummy)
[1] "I'm the method for `R6`"
然而,它在实际的R6类实例中失败:
> try(foo(x = TestR6$new()))
Error in (function (classes, fdef, mtable) :
unable to find an inherited method for function ‘foo’ for signature ‘"TestR6"’
广告2)
.R6 <- R6Class(".R6")
TestR6_2 <- R6Class("TestR6_2", inherit = .R6, public = list(.x = "numeric"))
setMethod("foo", c(x = ".R6"),
definition = function(x) {
"I'm the method for `.R6`"
})
> try(foo(x = TestR6_2$new()))
Error in (function (classes, fdef, mtable) :
unable to find an inherited method for function ‘foo’ for signature ‘"TestR6_2"’
结论
虽然方法1的排序在S3和S4之间存在"灰色地带",使得S3和S4有些兼容性,但是方法2似乎是一种完全有效的"纯S4"解决方案,在我看来应该可以正常工作。事实上,这让我开始质疑在R中非正式/正式类和方法派发的交互实现中是否存在不一致。