R6类的S4调度行为不一致

Question

实际问题

1. R6类继承(非正式的S3)类R6，这个事实是否允许为该类的签名参数定义S4方法?

2. 鉴于当前S3/S4标准，如果不是这种情况，有什么解决方法，或者在这种情况下可以被视为“最佳实践”？

背景和示例

引用类

考虑以下示例，您想定义在所有引用类实例都继承自的超类（envRefClass）上分派的方法:

TestRefClass <- setRefClass("TestRefClass", fields= list(.x = "numeric"))
setGeneric("foo", signature = "x",
  def = function(x) standardGeneric("foo")
)
setMethod("foo", c(x = "envRefClass"),
  definition = function(x) {
    "I'm the method for `envRefClass`"
})
> try(foo(x = TestRefClass$new()))
[1] "I'm the method for `envRefClass`"

这种继承结构并不是直接显而易见的，因为class()并不会揭示这一事实：

class(TestRefClass$new())
[1] "TestRefClass"
attr(,"package")
[1] ".GlobalEnv"

然而，查看类生成器对象的属性可以揭示它的一些特点：

> attributes(TestRefClass)
[... omitted ...]

 Reference Superclasses:  
    "envRefClass"

[... omitted ...]

这就是为什么调度程序能正常运作的原因。 R6类 当你想要对R6类做类似的事情时，事情似乎并不像引用类那样简单明了：

TestR6 <- R6Class("TestR6", public = list(.x = "numeric"))
setMethod("foo", c(x = "R6"),
  definition = function(x) {
    "I'm the method for `R6`"
})
> try(foo(x = TestR6$new()))
Error in (function (classes, fdef, mtable)  : 
  unable to find an inherited method for function ‘foo’ for signature ‘"TestR6"’

“看上去很简单”的意思是class()实际上暗示了所有的R6类都继承自类R6，可以作为方法分派的超类：

class(TestR6$new())
[1] "TestR6" "R6"  

R6Class()的帮助页面实际上显示，只要class = TRUE，类R6就会作为非正式S3类添加进来。这也是为什么在试图为这个类定义S4方法时会出现警告的原因。

因此，这基本上给我们留下了两种可能的选择/解决方案：

1. 通过setOldClass()将类R6转换成一个正式的类。
2. 让所有的R6类实例都继承自其他的超类，比如.R6。

注1)

setOldClass("R6")
> isClass("R6")
[1] TRUE

当在类表/图中以S3风格进行编码时，此方法可行：

dummy <- structure("something", class = "R6")
> foo(dummy)
[1] "I'm the method for `R6`"

然而，它在实际的R6类实例中失败：

> try(foo(x = TestR6$new()))
Error in (function (classes, fdef, mtable)  : 
  unable to find an inherited method for function ‘foo’ for signature ‘"TestR6"’

广告2)

.R6 <- R6Class(".R6")
TestR6_2 <- R6Class("TestR6_2", inherit = .R6, public = list(.x = "numeric"))
setMethod("foo", c(x = ".R6"),
  definition = function(x) {
    "I'm the method for `.R6`"
})
> try(foo(x = TestR6_2$new()))
Error in (function (classes, fdef, mtable)  : 
  unable to find an inherited method for function ‘foo’ for signature ‘"TestR6_2"’

结论

虽然方法1的排序在S3和S4之间存在"灰色地带"，使得S3和S4有些兼容性，但是方法2似乎是一种完全有效的"纯S4"解决方案，在我看来应该可以正常工作。事实上，这让我开始质疑在R中非正式/正式类和方法派发的交互实现中是否存在不一致。

- Rappster

Answer 1

由于Hadley Wickham的帮助，我发现当包含继承结构时，setOldClass()实际上解决了这个问题。

require("R6")
setOldClass(c("TestR6", "R6"))
TestR6 <- R6Class("TestR6", public = list(.x = "numeric"))
setGeneric("foo", signature = "x",
  def = function(x) standardGeneric("foo")
)
setMethod("foo", c(x = "R6"),
  definition = function(x) {
    "I'm the method for `R6`"
  })
try(foo(x = TestR6$new()))

然而，据我所知，这意味着对于您的软件包，您需要确保以这种方式调用setOldClass()，以使您希望其S4方法起作用的所有R6类都能够正常工作。

这可以通过在函数.onLoad()或.onAttach()（参见此处）中捆绑这些调用来完成。

.onLoad <- function(libname, pkgname) {
  setOldClass(c("TestR6_1", "R6"))
  setOldClass(c("TestR6_2", "R6"))
  setOldClass(c("TestR6_3", "R6"))
}

这里假设您已经定义了三个R6类（TestR6_1到TestR6_3）。

- Rappster