使用Jupyter Notebook的R Notebook中出现了核心错误

Question

我想在Jupyter笔记本中使用R语言。

我打开了R shell并运行了以下命令：

install.packages(c('rzmq','repr','IRkernel','IRdisplay'),
             repos = c('http://irkernel.github.io/', getOption('repos')))
IRkernel::installspec()

然后我打开了我的ipython笔记本，并使用现在可用的R扩展创建了一个新的笔记本。然而，当我访问笔记本时，遇到了这个内核错误：

Traceback (most recent call last):
  File "C:\Users\Nina Kate\Anaconda3\lib\site-packages\IPython\html\base\handlers.py", line 394, in wrapper
    result = yield gen.maybe_future(method(self, *args, **kwargs))
  File "C:\Users\Nina Kate\Anaconda3\lib\site-packages\IPython\html\services\sessions\handlers.py", line 53, in     post
    model = sm.create_session(path=path, kernel_name=kernel_name)
  File "C:\Users\Nina Kate\Anaconda3\lib\site-packages\IPython\html\services\sessions\sessionmanager.py", line 66, in create_session
    kernel_name=kernel_name)
  File "C:\Users\Nina Kate\Anaconda3\lib\site-packages\IPython\html\services\kernels\kernelmanager.py", line 84, in start_kernel
    kernel_name=kernel_name, **kwargs)
  File "C:\Users\Nina Kate\Anaconda3\lib\site-packages\IPython\kernel\multikernelmanager.py", line 112, in start_kernel
km.start_kernel(**kwargs)
  File "C:\Users\Nina Kate\Anaconda3\lib\site-packages\IPython\kernel\manager.py", line 240, in start_kernel
**kw)
  File "C:\Users\Nina Kate\Anaconda3\lib\site-packages\IPython\kernel\manager.py", line 189, in _launch_kernel
return launch_kernel(kernel_cmd, **kw)
  File "C:\Users\Nina Kate\Anaconda3\lib\site-packages\IPython\kernel\launcher.py", line 202, in launch_kernel
proc = Popen(cmd, **kwargs)
  File "C:\Users\Nina Kate\Anaconda3\lib\subprocess.py", line 859, in __init__
restore_signals, start_new_session)
  File "C:\Users\Nina Kate\Anaconda3\lib\subprocess.py", line 1112, in _execute_child
startupinfo)
    FileNotFoundError: [WinError 2] The system cannot find the file specified

- r3vdev

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如果您打开命令提示符并运行 R，它是否会启动 R？如果没有，您需要将包含 R.exe 的目录添加到系统路径中。请参阅此处的更改说明：http://www.computerhope.com/issues/ch000549.htm - Thomas K

我这里也有同样的问题。在Mac OS上，我能够从终端启动r。 - janicebaratheon

在Windows 7中也是一样。可以在shell中启动R，但在jupyter中会出现内核错误。 - joaquin

Answer 1

我在Windows 7上遇到了完全相同的错误。 我将R添加到PATH环境变量中，可以在shell中运行它，但在Jupyter中仍然出现内核错误。

只有当系统范围内安装时，内核才能开始工作:

IRkernel::installspec(user = FALSE)

取代第一个安装选项：

IRkernel::installspec()

请注意，必须设置两个参数：PATH变量和R系统范围内的安装。

- joaquin

Answer 2

您可能错过了关于irkernel存储库中缺少索引的警告：

Warning: unable to access index for repository http://irkernel.github.io/src/contrib:
   cannot download all files

这些新安装步骤对我有用（在R 3.3控制台中）：

install.packages('devtools')
devtools::install_github('IRkernel/IRkernel') # IRkernel-master.tar.gz
IRkernel::installspec()  # register kernel in the current R install
IRkernel::installspec(name = 'ir33', displayname = 'R 3.3')  # ir32, R 3.2

当您重新启动jupyter notebook时，"R 3.3"条目应出现在内核列表中。

- hobs

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我其实很震惊这个方法奏效了！！我已经花了几个小时来解决这个问题。谢谢！ - Reabo

Answer 3

如果您使用的是Windows 10而且没有使用Anaconda，则可以尝试以下方法：

使用记事本查看您现有的内核文件。该文件位于：

~ AppData\Roaming\Jupyter\kernels

此文件将显示安装Jupyter时使用的R版本。如果您更改或升级了当前正在使用的R版本，则R内核将无法在Jupyter中工作。

R Studio -> 工具 -> 全局选项 -> 更改，以查看计算机上安装的R版本。如果当前的R版本与内核文件中的版本不同，请选择其他版本的R。关闭R Studio并重新打开以验证所使用的版本。关闭R Studio并打开Jupyter Notebook并选择R内核。现在应该可以使用R内核了。

- Gray