使用R绘制分类数据的图表

Question

我有一份蛋白质名称列表（P1，P2... Pn），它们按照在三种实验条件（Exp1、Exp2 和 Exp3）下的不同表达水平分为三类：高（H）、中（M）和低（L）。

我希望创建一个绘图，类似于页面底部的图片，左侧显示蛋白质名称，顶部显示实验名称，并用红色、蓝色和绿色表示高、中和低级别。

我是R新手，非常感谢任何帮助。

提前致谢！

- WoA

Answer 1

您可以创建一个格式如下（以制表符分隔）的数据文件：

pv   exp  val
1    1    H
2    1    L
3    1    L
4    1    M
1    2    H
2    2    H
3    2    M
4    2    H
1    3    L
2    3    L
3    3    L
4    3    M

使用以下命令来获取和绘制数据:

mat <- read.table(file.choose(),header=T) # 将文件读入内存

attach(mat) # 将标题名称映射到变量名称

plot(pv~exp,col=val) # 绘制类别之间的关系，并使用val (H,M,L)作为颜色数组。R将自动将这些值分配给颜色。您还可以使用val数组创建一个颜色数组，将(H,M,L)翻译为(蓝色，红色，绿色)...但是有其他文档可以参考。

- Damian

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使用with()比使用attach()更安全：with(mat, plot(pv~exp,col=val) ) - IRTFM

您正在使用公式，因此请使用“_supply_”参数数据，而不是使用with()或attach()。 - Gavin Simpson

Answer 2

这里提供一种使用ggplot2和reshape2包的方法。

首先，按照您描述的格式重新创建数据：

df <- data.frame(
    P    = paste("P", 1:4, sep=""),
    Exp1 = c("L", "H", "L", "M"),
    Exp2 = c("M", "M", "L", "H"),
    Exp3 = c("H", "L", "L", "M"))

接下来，加载附加包：

library(reshape2)
library(ggplot2)

然后，使用melt()将您的数据从宽格式转换为长格式。id变量是“P”，我们告诉函数将“variable”重命名为“Exp”:

mdf <- melt(df, id.vars="P", variable="Exp")

因为 L - M - H 有语义顺序，我们使用 factor() 的 ordered 参数来告知 R 这个顺序：

mdf$value <- factor(mdf$value, levels=c("H", "M", "L"), ordered=TRUE)

最后，我们准备好绘制您的数据：

ggplot(mdf, aes(x=Exp, y=P, colour=value)) + 
    geom_point(size=3) + 
    scale_colour_manual(value=c("red", "green", "blue")) +
    xlab("") + 
    ylab("")

- Andrie