Rstudio通过docker无法读取/etc/.odbc.ini文件，只能读取~/.odbc.ini文件。

Question

当我构建并运行运行在Ubuntu上的rstudio的Docker容器时，如果我在构建期间添加odbc.ini文件，odbc连接将不起作用。然而，如果我在运行容器时从容器内部添加odbc.ini文件，则连接确实可以工作。

因此，我的问题是每当运行这个镜像时，我都希望能够直接启动odbc连接，而不需要登录到Ubuntu容器实例并向odbc.ini文件添加连接详细信息的额外步骤。

下面是odbc.ini文件的样例，其中包含虚拟数据：

[PostgreSQL ANSI]
    Driver              = PostgreSQL ANSI
    Database            = GoogleData
    Servername          = somename.postgres.database.azure.com
    UserName            = docker_rstudio@somename
    Password            = abc123abc
    Port                = 5432
    sslmode             = require

我在我的代码库目录下有一个odbc.ini文件的副本，并将其包含在构建中。这是我的DockerFile。

FROM rocker/tidyverse:3.6.3
ENV ADD=SHINY
ENV ROOT=TRUE
ENV PASSWORD='abc123'
RUN apt-get update && apt-get install -y \
   less \
   vim  \
   unixodbc unixodbc-dev \
   odbc-postgresql
ADD odbc.ini /etc/odbc.ini
ADD install_packages.R /tmp/install_packages.R
RUN Rscript /tmp/install_packages.R && rm -R /tmp/*
ADD flagship_ecommerce /home/rstudio/blah/zprojects/flagship_ecommerce
ADD commission_junction /home/rstudio/blah/zprojects/commission_junction
RUN mkdir /srv/shiny-server; ln -s /home/rstudio/blah/zprojects/ /srv/shiny-server/

如果我通过rstudio登录到实例，连接不起作用，我会收到以下错误消息：

Error: nanodbc/nanodbc.cpp:983: 00000: 无法连接到服务器: 没有这样的文件或目录 服务器正在本地运行并接受连接吗？ 连接Unix域套接字“/var/run/postgresql/.s.PGSQL.5432”？

如果我使用less /etc/odbc.ini查看文件，确实可以看到与我的顶部代码块相符的连接详细信息。

如果我然后使用cp /etc/odbc.ini /home/rstudio/.odbc.ini将其复制到主目录，那么在此之后，我的连接确实可以工作。

但是，即使我使用ADD odbc.ini /home/rstudio/.odbc.ini修改了dockerfile，连接也不起作用。只有当我手动添加到/home/rstudio/.odbc.ini时，它才能工作。

所以我的问题有两个方面：

1. 无论我尝试什么，我都不能使ubuntu检测到/etc/odbc.ini以用作odbc连接字符串。无论是通过Dockerfile还是手动添加。我希望这样做，因为我希望连接对使用容器的任何人都可用。

2. 我能够手动将上面odbc.ini中的内容复制到/home/rstudio/.odbc.ini，但是如果我尝试通过docker构建来完成这个操作，则连接不起作用。我确实看到文件存在，并且包含所有正确的数据，它只是未被odbc检测到。

如果这方面有关联：

odbcinst -j
unixODBC 2.3.6
DRIVERS............: /etc/odbcinst.ini
SYSTEM DATA SOURCES: /etc/odbc.ini
FILE DATA SOURCES..: /etc/ODBCDataSources
USER DATA SOURCES..: /home/rstudio/.odbc.ini
SQLULEN Size.......: 8
SQLLEN Size........: 8
SQLSETPOSIROW Size.: 8

- Doug Fir

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这是权限问题吗？也许 https://stackoverflow.com/q/25293266/3358272 可以帮助。如果不是那个问题，请检查 /etc/odbc.ini 和 ~/.odbc.ini 的文件所有权，确保它们属于当前运行的用户（可以由 Dockerfile 定义）和/或模式 644。 - r2evans

Answer 1

我认为问题在于你的 /etc/odbc.ini 的格式。虽然我没有你所有的脚本，但这是我使用的 Dockerfile：

FROM rocker/tidyverse:3.6.3
ENV ADD=SHINY
ENV ROOT=TRUE
ENV PASSWORD='abc123'
RUN apt-get update && apt-get install -y \
   less \
   vim  \
   unixodbc unixodbc-dev \
   odbc-postgresql
RUN Rscript -e 'install.packages(c("DBI","odbc"))'
ADD ./odbc.ini /etc/odbc.ini

如果我使用这个样例的 odbc.ini ：

[mydb]
    Driver              = PostgreSQL ANSI
    ServerName          = 127.0.0.1
    UserName            = postgres
    Password            = mysecretpassword
    Port                = 35432

我看到这个（docker构建和R启动消息被截断）：

$ docker build -t quux2 .
$ docker run --net='host' -it --rm quux2 bash
> con <- DBI::dbConnect(odbc::odbc(), "mydb")
Error: nanodbc/nanodbc.cpp:983: 00000: could not connect to server: No such file or directory
        Is the server running locally and accepting
        connections on Unix domain socket "/var/run/postgresql/.s.PGSQL.5432"?

当我将文件的缩进更改为以下内容时：

[mydb]
Driver              = PostgreSQL ANSI
ServerName          = 127.0.0.1
UserName            = postgres
Password            = mysecretpassword
Port                = 35432

我看到这个：

$ docker build -t quux3 .
$ docker run --net='host' -it --rm quux3 bash
> con <- DBI::dbConnect(odbc::odbc(), "mydb")
> DBI::dbGetQuery(con, "select 1 as a")
  a
1 1

（为了演示，我在另一个容器中运行postgres:11，但我认为这并不相关，这是缩进的值。）

- r2evans

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非常感谢！我真的不明白你是如何找出这是缩进问题的，但这确实解决了我的问题。 - Doug Fir

顺便问一下，您考虑过不要将 odbc.ini 文件打包到容器中，而是将其挂载为卷吗？我的前几次测试（此处未展示）都包括 -v ./odbc.ini:/etc/odbc.ini，结果也一样成功。在容器中嵌入密码最好是一个有问题的做法。 - r2evans

谢谢您的建议。我会向我们的DevOps团队咨询此事。我们确实有一个包含此容器的卷。 - Doug Fir

我对这个错误信息的看法和你一样，如果你要给出错误标签，至少让错误模糊一些。特别是那些明确指出“没有这样的文件或目录”的错误信息只会让人走弯路。 - r2evans

Answer 2

我不是Docker的专家，也找不到特定的文档。但从经验来看，每次添加新层（例如使用RUN）时，来自先前层的任何复制都会被“遗忘”（注意：如果有人发现我错了，请纠正我并指明文档）。

因此，我建议您尝试合并RUN参数，并在需要RUN语句之前添加每个文件。这样做还可以减小最终镜像的大小，因为层的创建和保留方式。

FROM rocker/tidyverse:3.6.3
ENV ADD=SHINY
ENV ROOT=TRUE
ENV PASSWORD='abc123'
#add files (could also combine them into a single tar file and add it. Or add it via git, which is often used)
ADD odbc.ini /etc/odbc.ini
ADD install_packages.R /tmp/install_packages.R
ADD flagship_ecommerce /home/rstudio/blah/zprojects/flagship_ecommerce
ADD commission_junction /home/rstudio/blah/zprojects/commission_junction
#Combine all runs into a single statement
RUN apt-get update && apt-get install -y \
   less \
   vim  \
   unixodbc unixodbc-dev \
   odbc-postgresql \
 && Rscript /tmp/install_packages.R \
 && rm -R /tmp/* \
 && mkdir /srv/shiny-server \
 && ln -s /home/rstudio/blah/zprojects/ /srv/shiny-server/

请注意，现在add技术上是在使用它的语句之前出现的。

- Oliver

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嗨，谢谢你的建议。我刚试了一下，但结果还是一样，出现了上面关于没有这个文件或目录的错误信息。还是非常感谢你。 - Doug Fir