如何在R包中正确引入依赖项？

Question

我已经努力数个小时来构建R中的一个软件包，并且对我的进展缓慢感到有些绝望。我成功地快速构建了一个没有依赖关系的软件包，一切都正常工作。由于几篇文章的推荐，我正在使用R Studio、devtools和Roxygen2（在Windows上）。当存在依赖关系时，我在CHECK时（例如使用devtools::check()）遇到问题：

检查R代码中的依赖项... 注意：导入字段中未从'ggplot2'导入名称空间。所有声明的导入项应该被使用。请参阅“创建R软件包”章节中的“Writing R Extensions”手册中的“DESCRIPTION文件”的信息。

此外，check()会删除NAMESPACE中的import(ggplot2)行。如果我使用check(document=F)，它会给出一个关于未加载的digest软件包的加密错误。我读过“Writing R Extensions”-1.1.3软件包依赖性和Hadley的Wiki，了解如何编写软件包，但无法解决我的问题。CRAN中其他R软件包的DESCRIPTION和NAMESPACE文件看起来与我的没有什么不同（至少在我的眼中）？

问题:我做错了什么？非常抱歉问这样一个基础的问题，但我很困惑，到目前为止，我看到的大多数逐步教程在解释依赖关系之前就停止了。

到目前为止，我有3个文件：
一个DESCRIPTION文件：

Package: test
Type: Package
Title: Foo
Version: 1.0
Date: 2014-03-21
Author: Bar
Maintainer: Foo <[e-mail]>
Description: Blubb
Imports:
    ggplot2
License: GPL-3

命名空间：

export(is.equal.null)
import(ggplot2)

一个 R 文件：

#' Extension of compare to include NULLs
#'
#' Works as an extension to usual compare
#' Compares two basic objects which in addition to usual compare can be NULL
#' Intuitive output: TRUE if both are equal or NULL resp., FALSE if both are unequal or only one is NULL
#'
#' @param obj1 Basic object like \code{numeric, char, boolean, NULL}
#' @param obj2 Basic object like \code{numeric, char, boolean, NULL}
#' @keywords compare
#' @export
#' @examples
#' is.equal.null(5,5)  # TRUE
#' is.equal.null(5,NULL)  # FALSE
#' is.equal.null(NULL,NULL)  # TRUE
is.equal.null <- function(obj1, obj2) {
  # Small helper function to generalize comparison to comparison of NULL
  # returns TRUE if both are NULL, and FALSE if only one of the objects is NULL
  bool <- obj1==obj2 
  #qplot(obj1)
  if (length(bool)) return(bool)
  if (is.null(obj1) & is.null(obj2)) return(TRUE)
  return(FALSE)
}

- Andarin

Answer 1

您需要在两个地方声明导入:

1. 描述文件。您应该有一行类似于：

   Imports: ggplot2, pkg1, pkg2
   

2. NAMESPACE文件。在这里声明您需要的软件包

import(ggplot2)

或者为了避免命名空间冲突

importFrom(ggplot2, geom_point)

使用@import和@importFrom标签，您可以让roxygen2维护NAMESPACE文件。

在您的示例中，您的DESCRIPTION文件看起来不错，但您还没有将必要的函数添加到NAMESPACE中。

- csgillespie

---

在我的NAMESPACE文件的顶部，我导入了几个包，并且在我的DESCRIPTION文件中将它们全部列在Imports下面，但是当我安装我的软件包时它们仍然没有被安装。我错过了什么吗？另外，@csgillespie，当你说你可以让roxygen2维护NAMESPACE文件时，你是什么意思？我一直在重新添加这些导入，而不是在roxygenise之后。 - mikey

roxygen2 可以生成命名空间文件。 - csgillespie

是的，但是当我使用roxygen2生成命名空间文件时，它不包括导入，只包括导出，所以我必须手动添加它们。 - mikey

尝试访问 https://dev59.com/QF4b5IYBdhLWcg3wchNL。 - csgillespie

谢谢@csgillespie！现在NAMESPACE文件已经正确创建，但是当我从源代码安装包时，依赖项仍然无法安装。但这是一个单独的问题。 - mikey

Answer 2

如Hadley所描述的标准工作流程包括：

library(devtools)

# Add a dependency
use_package('tibble')

# (Re-)build NAMESPACE
document()

# Reload the package: CTRL-L or
load_all()

- James Hirschorn