在bash中传递参数给Rscript的命令行

Question

我有一个Bash脚本，它创建了一个CSV文件和一个从该文件创建图形的R脚本。

在Bash脚本的末尾，我调用Rscript Graphs.R 10。

我收到的响应如下：

Error in is.vector(X) : subscript out of bounds
Calls: print ... <Anonymous> -> lapply -> FUN -> lapply -> is.vector
Execution halted

我Graphs.R文件的前几行是：

#!/bin/Rscript
args <- commandArgs(TRUE)
CorrAns = args[1]

我不知道我做错了什么？网上的建议似乎告诉我这应该行得通。很难理解commandArgs。

- samar

Answer 1

在 args.R 中包含以下内容：

print(commandArgs(TRUE)[1])

并且在 args.sh 文件中添加以下内容：

Rscript args.R 10

我从 bash args.sh 命令中获得以下输出：

[1] "10"

并且没有错误。如果需要，可以使用as.numeric(commandArgs(TRUE)[1])将其转换为数字类型。

- moinudin

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谢谢。我发现它返回一个字符串。怎么将其转换为数值？我只是想找到答案。 - samar

@samar print(as.numeric(commandArgs(TRUE)[1])) 打印出 [1] 10。 - moinudin

刚刚找到答案。x <- (commandArgs(TRUE)[1])，然后 CorrAns <- eval(parse(text=x))。 - samar

@samar，我非常谨慎地使用“eval”。as.numeric()对您不起作用吗？如果您需要使用“eval”，请在页面末尾的标有“您的答案”的文本框中发表它。然后通过单击答案右上角的勾选框来接受最佳答案。 - moinudin

@Joshua，我已经编辑好了。请阅读何时应该投反对票？。而且，你明显说了你只是猜测。无论如何，我没有进一步辩论的意图。 - moinudin

Answer 2

仅供参考，也许您需要将CorrAns从字符转换为数字，因为?CommandArgs中的Value部分说：

包含可执行文件和用户提供命令行参数的名称的字符向量。

更新：这可能很简单：

#!/bin/Rscript
args <- commandArgs(TRUE)
(CorrAns = args[1])
(CorrAns = as.numeric(args[1]))

- Joshua Ulrich

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谢谢。不太确定如何实现那个。我认为在 R 中，变量名与字符或数字都没有关联。但是我会再次检查 R 入门书籍。 - samar

@samar，我建议尝试使用as.numeric(args[1])，就像我在我的更新答案中所做的那样。 - Joshua Ulrich

非常感谢。这对我来说是一个新网站，就像R对我来说是一种新体验。两者都带来了巨大的满足感。 - samar

Answer 3

阅读文档，似乎您需要从调用commandArgs()的代码中删除TRUE，因为您没有使用--args调用脚本。要么这样，要么您需要调用Rscript Graphs.R --args 10。

用法

commandArgs(trailingOnly = FALSE)

参数

trailingOnly 逻辑值。只返回--args后面的参数吗？

- moinudin

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谢谢。我已经这样做了，但错误信息与我最初报告的相同。 - samar

@samar，请看一下我的新回答，看看是否有帮助？ - moinudin

Answer 4

Rscript args.R 10 是我们想要传递给 R 脚本的数值。

print(as.numeric(commandArgs(TRUE)[1]) 打印出该值，然后可以将其赋值给一个变量。

- samar

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这与我的更新答案相同，而你接受为“最佳”的答案并没有回答你的问题。 - Joshua Ulrich

据我所知，Joshua，我根据marcog的答案修改了一下以适应我的需求，然后将其作为“最佳”答案输入。我不记得当时你的最新答案是可见的。但是，我很感激你的帮助。 - samar