创建下三角遗传距离矩阵。

Question

我有一个距离矩阵，就像这样：

      1   2   3   4   5
A   0.1 0.2 0.3 0.5 0.6
B   0.7 0.8 0.9 1   1.1
C   1.2 1.3 1.4 1.5 1.6
D   1.7 1.8 1.9 2   2.1
E   2.2 2.3 2.4 2.5 2.6

现在我想创建像这样的下三角矩阵

    1   2   3   4   5   A   B   C   D   E
1   0                                   
2   0.1 0                               
3   0.2 0.1 0                           
4   0.4 0.3 0.2 0                       
5   0.5 0.4 0.3 0.1 0                   
A   0.1 0.2 0.3 0.5 0.6 0               
B   0.7 0.8 0.9 1   1.1 0.6 0           
C   1.2 1.3 1.4 1.5 1.6 1.1 0.5 0       
D   1.7 1.8 1.9 2   2.1 1.6 1   0.5 0   
E   2.2 2.3 2.4 2.5 2.6 2.1 1.5 1   0.5 0

我只是从第一个表格中减去2和1之间的距离，以得到1和2之间的遗传距离（0.2-0.1=0.1），并且像这样为其余的条目做了同样的计算。我不知道这样做是否正确？在进行这种计算后，我制作了下三角矩阵。我在R中尝试了这样的计算。

x <- read.csv("AD2.csv", head = FALSE, sep = ",")
b<-lower.tri(b, diag = FALSE)

但是我的输出只有TRUE和FALSE，而不像距离矩阵那样。有谁能帮忙解决这个问题？这是我示例数据的链接。

- user2134713

Answer 1

你可以使用 dist 函数来计算子矩阵，然后使用 cbind 创建上下两半部分，再将它们使用 rbind 合并。最后将上三角设置为 NA 即可得到期望的输出结果。

mat <- rbind(
    cbind(as.matrix(dist(tbl[1,])), tbl),
    cbind(tbl, as.matrix(dist(tbl[,1])))
)
mat[upper.tri(mat, diag=FALSE)] <- NA
mat

希望这能帮到您。

数据：

tbl <- as.matrix(read.table(text="1   2   3   4   5
A   0.1 0.2 0.3 0.5 0.6
B   0.7 0.8 0.9 1   1.1
C   1.2 1.3 1.4 1.5 1.6
D   1.7 1.8 1.9 2   2.1
E   2.2 2.3 2.4 2.5 2.6", header=TRUE, check.names=FALSE, row.names=1))

- chinsoon12

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亲爱的Chinsoon，非常感谢您的帮助，它完美地运行了，但我不确定我是否正确地进行了距离计算，例如1和2之间的距离，1和3之间的距离，2和3之间的距离等等。您的解决方案完美地运行。 - user2134713