我有一个文件(file_in.txt
),其中包含以下名称:
aphid_splitseq.1.fasta.annot.xml
aphid_splitseq.2.fasta.annot.xml
aphid_splitseq.3.fasta.annot.xml
aphid_splitseq.4.fasta.annot.xml
aphid_splitseq.5.fasta.annot.xml
我有另一个文件 (file_out.txt
),其中包含以下名称:
aphid_splitseq_1
aphid_splitseq_2
aphid_splitseq_3
aphid_splitseq_4
aphid_splitseq_5
现在我希望有这样的语句,类似于这样的格式。
java -cp *:ext/*: es.blast2go.prog.B2GAnnotPipe -in aphid_splitseq.1.fasta.annot.xml -out results/aphid_splitseq_1 -prop b2gPipe.properties -v -annot -dat
基本上,我想循环遍历每个
file_in.txt
和 file_out.txt
文件,并将 -in
和 -out
的值分别替换为 i
和 j
。我已经尝试在 Bash 中实现此操作,但似乎并没有奏效:
for i in `cat file_in.txt`
for j in `cat file_out.txt`; do
java -cp *:ext/*: es.blast2go.prog.B2GAnnotPipe -in $i -out results/$j -prop b2gPipe.properties -v -annot -dat
done
done