如何使用Bash脚本循环遍历两个文件

Question

我有一个文件（file_in.txt），其中包含以下名称：

aphid_splitseq.1.fasta.annot.xml
aphid_splitseq.2.fasta.annot.xml
aphid_splitseq.3.fasta.annot.xml
aphid_splitseq.4.fasta.annot.xml
aphid_splitseq.5.fasta.annot.xml

我有另一个文件 (file_out.txt)，其中包含以下名称：

aphid_splitseq_1
aphid_splitseq_2
aphid_splitseq_3
aphid_splitseq_4
aphid_splitseq_5

现在我希望有这样的语句，类似于这样的格式。

java -cp *:ext/*: es.blast2go.prog.B2GAnnotPipe -in aphid_splitseq.1.fasta.annot.xml -out results/aphid_splitseq_1 -prop b2gPipe.properties -v -annot -dat 

基本上，我想循环遍历每个 file_in.txt 和 file_out.txt 文件，并将 -in 和 -out 的值分别替换为 i 和 j。

我已经尝试在 Bash 中实现此操作，但似乎并没有奏效：

for i in `cat file_in.txt`
    for j in `cat file_out.txt`; do
        java -cp *:ext/*: es.blast2go.prog.B2GAnnotPipe -in $i -out results/$j -prop b2gPipe.properties -v -annot -dat
    done
done

- upendra

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这个问题可能应该与https://dev59.com/il4b5IYBdhLWcg3wvkA-合并，但我暂时不想将它们标记为重复。 - tripleee

Answer 1

paste 可以很有帮助：

#!/bin/bash

paste file_in.txt file_out.txt | while read if of; do
  echo "-in $if -out $of"
done

yields:

-in aphid_splitseq.1.fasta.annot.xml -out aphid_splitseq_1
-in aphid_splitseq.2.fasta.annot.xml -out aphid_splitseq_2
-in aphid_splitseq.3.fasta.annot.xml -out aphid_splitseq_3
-in aphid_splitseq.4.fasta.annot.xml -out aphid_splitseq_4
-in aphid_splitseq.5.fasta.annot.xml -out aphid_splitseq_5

您可以修改此内容以获得所需的行为。

- perreal

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@perreal...太棒了，它运行成功了！`#!/bin/bashpaste files_in.txt files_out.txt | while read if of; do echo "java -cp :ext/: es.blast2go.prog.B2GAnnotPipe -in $if -out results/$of -prop b2gPipe.properties -v -annot -dat" done` - upendra

Answer 2

只要您的两个列表都是相同类型名称的重复，并带有连续数字，就不需要遍历文件。相反，只需计算一个变量并在每一步中使用它执行任何命令即可。例如：

COUNT=1
while [ $COUNT -lt 5 ]; do
  mv inputfile$COUNT outputfile$COUNT
  let COUNT++
done

- Kilian Foth

Answer 3

使用 While

     While read line 
     do 
       line=$(echo -ne $line | sed or awk)
     done < Directory/filename.t

- rmaan

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这只循环遍历一个文件，而不是两个文件。 - Barmar