Bash：替换文件名的一部分

Question

我有一个命令，想要在文件夹中的所有文件上运行，命令的语法如下：

tophat -o <output_file> <input_file>

我希望能够编写一个脚本，循环遍历任意文件夹中的所有文件，并使用输入文件名创建类似但不同的输出文件名。文件名如下：

input name                desired output name
path/to/sample1.fastq     path/to/sample1.bam
path/to/sample2.fastq     path/to/sample2.bam

让输入正常工作似乎很简单：

for f in *.fastq
do
     tophat -o <output_file> $f
done

我尝试使用output=${f,.fastq,.bam}作为输出参数，但是它不起作用。我只得到一个错误：line 3: ${f,.fastq,.bam}: bad substitution。这是我想要做的方式吗？还是应该做些其他的事情？如果这是正确的方法，那么我做错了什么？

[编辑]:

感谢所有的答案！但是有一个额外的问题...如果我的文件名像这样：

path/to/sample1_1.fastq
path/to/sample1_2.fastq
path/to/sample2_1.fastq
path/to/sample2_2.fastq
...

我需要处理的是一个任意数量的样本 (sampleX)，每个样本都有两个相关联的文件 (_1和_2)。现在的命令看起来像这样：

tophat -o <output_file> <input_1> <input_2>

因此，仍旧只有一个输出，我可以像这样做一些事情："${f/_[1-2].fastq/.bam}"，但我不确定如何得到一个循环，同时只对每个sampleX迭代一次并获取两个相关文件...... 有什么想法吗？

[编辑#2]:

因此，这是最终完成任务的脚本！

for f in *_1.fastq
do
        tophat -o "${f/_1.fastq/.bam}"  $f "${f/_1.fastq/_2.fasq}"
done

- erikfas

Answer 1

您可以使用：

tophat -o "${f/.fastq/.bam}" "$f"

测试：

f='path/to/sample1.fastq'
echo "${f/.fastq/.bam}"
path/to/sample1.bam

- anubhava

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非常感谢，解决了！总是有些小问题...你有什么想法来解决我编辑中的问题吗？ - erikfas

你可以使用 "${f/_[0-9].fastq/.bam}" 来替换编辑部分。 - anubhava

如果您想要path/to/sample.bam作为最终输出，您也可以使用"${f/[0-9]_[0-9].fastq/.bam}"。 - anubhava

谢谢，那确实有效！我还找到了一个好的循环，将在原始帖子中进行编辑。 - erikfas

Answer 2

这不是答案，而是建议：作为一名生物信息学家，你应该使用GNU make及其选项-j（并行作业数）。Makefile应如下：

.PHONY:all
FASTQS=$(shell ls *.fastq)

%.bam: %.fastq
    tophat -o $@ $<

all:  $(FASTQS:.bam=.fastq)

- Pierre

Answer 3

除了anubhava简洁的解决方案之外，

d=$(dirname path/to/sample1.fastq)
b=$(basename path/to/sample1.fastq .fastq)
echo $d/$b.fastq
path/to/sample1.fastq

tophat -o "$d/$b.fastq" "$f"

- Vince