Python出现错误："from: can't read /var/mail/Bio"

Question

我正在运行一个(bio)python脚本，结果出现以下错误：

from: can't read /var/mail/Bio

考虑到我的脚本与邮件无关，我不明白为什么我的脚本要查找 /var/mail 目录。

这里似乎有什么问题？虽然我怀疑脚本并不是问题所在，但是我还是提供一下我的脚本：

from Bio import SeqIO
from Bio.SeqUtils import ProtParam

handle = open("examplefasta.fasta") 
for record in SeqIO.parse(handle, "fasta"): 
    seq = str(record.seq)
    X = ProtParam.ProteinAnalysis(seq)
    print X.count_amino_acids() 
    print X.get_amino_acids_percent() 
    print X.molecular_weight() 
    print X.aromaticity() 
    print X.instability_index() 
    print X.flexibility() 
    print X.isoelectric_point() 
    print X.secondary_structure_fraction()

这里有什么问题？是Python设置不当吗？我真的不认为是脚本的问题。

- brucezepplin

Answer 1

不是脚本的问题，而是你的脚本根本没有被 Python 执行。如果你的脚本存储在名为 script.py 的文件中，你必须使用 python script.py 命令来执行它，否则默认 shell 将会执行它，并在 from 关键字处退出。（顺便说一下，from 是一个命令行实用程序的名称，该程序打印发送邮件给指定用户名的人的姓名，因此它尝试访问邮箱。）

另一个可能性是将以下行添加到脚本的顶部：

#!/usr/bin/env python

这将指示您的 shell 通过 python 执行脚本，而不是尝试自行解释它。

- Tamás

Answer 2

当我尝试运行一个命令时，遇到了一个类似的错误。 在阅读Tamás的答案后， 我意识到我不是在Python中尝试运行此命令，而是在shell中（这可能会发生在那些新手Linux用户身上）。

解决方案是先用命令python进入Python shell， 当你看到这些>>>时再运行任何Python命令。

- Ehsan Quranwala

Answer 3

我也遇到了同样的问题。在django项目中，通过终端运行导入命令而没有通过manage.py激活python3 shell时，我会遇到这个错误（是的，我还是个新手）。正如人们所期望的那样，激活shell允许正确解释命令。

./manage.py shell

然后才

>>> from django.contrib.sites.models import Site

- Sergii Shcherbak

Answer 4

将以下代码放在您的.py文件顶部（适用于Python 2.x）：

#!/usr/bin/env python 

或者适用于 Python 3.x

#!/usr/bin/env python3

这应该是查找Python环境。如果没有它，将执行代码，就好像它不是Python代码，而是shell代码。如果您需要指定Python环境的手动位置，请放置

#!/#path/#to/#python

- Z.Davey

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顺便说一句，在某些系统上，由于Python 2已经停止支持，现在可能不需要指定“python3”。 - wjandrea

Answer 5

#! 双重检查你的 shebang 行
我的情况: 在 PyCharm 或 Jupyter 中，这是可以的（因为它们不涉及 shebang 行），但当我从命令行运行相同的代码片段时，报错了，can't read /var/mail/blah，我真是束手无策。为什么# !/usr/bin/env python3会出问题呢？
我花了90分钟来解决它，所以我来到这里。 最终，我发现在#和!之间有一个空格，于是我把它去掉了。现在一切都好了！

好了，但为什么是/var/mail/呢?：如果 shebang 不完整（或没有），则执行了一个 shell 命令from（用于 Bio import seqIO）.
在这种情况下，from 不是 Python 关键字，而是一个实用程序命令，它会打印调用者邮箱中的邮件头信息。有关详情，请在终端上尝试man from。

- yeiichi

Answer 6

对于 Flask 用户，在编写命令之前，请确保您使用以下命令进入 Flask shell：

flask shell

- Gothram

Answer 7

对于 Mac OS，只需进入应用程序并运行这些脚本 Install Certificates.command 和 Update Shell Profile.command，现在它将正常工作。

- Suraj Kumar

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那些到底是做什么的？ - wjandrea