有些 R 包在使用 update.packages() 命令更新时无法更新。

Question

有些 R 包在使用 update.packages() 命令更新时无法更新。

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选择 Packages->Update packages... 后得到：

> update.packages(ask='graphics',checkBuilt=TRUE)
--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---
Warning: package 'foreign' in library 'C:/Program Files/R/R-3.0.2/library' will not be updated
Warning: package 'lattice' in library 'C:/Program Files/R/R-3.0.2/library' will not be updated
Warning: package 'Matrix' in library 'C:/Program Files/R/R-3.0.2/library' will not be updated
Warning: package 'mgcv' in library 'C:/Program Files/R/R-3.0.2/library' will not be updated
Warning: package 'nlme' in library 'C:/Program Files/R/R-3.0.2/library' will not be updated
Warning: package 'rpart' in library 'C:/Program Files/R/R-3.0.2/library' will not be updated

我在启动菜单中以“管理员”身份运行了R快捷方式，结果相同。

R版本为3.0.2。

- antonio

6

也许你是以管理员身份安装这些程序，现在以普通用户身份运行它们了？ - Dirk Eddelbuettel

1

一如既往的鼓励，使用个人库可以解决这些小问题。 - im so confused

6

请注意，所提到的软件包通常是基础安装中的。因此仅拥有个人库并不能解决这个问题。 - Dason

@Dason 谢谢！我会记住的 - 别人帮我解决了同样的问题，使用个人库/以管理员身份运行修复了它，我匆忙地应用了同样的建议！哈哈 - im so confused

@imsoconfused：无论如何，我已经激活了个人库。 libPaths() 的输出符合预期: [1] "C:/Users/antonio/R/win-library/3.0" "C:/Program Files/R/R-3.0.2/library" - antonio

可能有什么东西正在使用这些包吗？ - im so confused

5个回答

8

在 R 4.0.4 (Gallium OS 3.1) 上

权限问题？old.packages()？

在我的情况下，我注意到有三个软件包无法更新，其权限与 /usr/local/lib/R/library 中其他软件包不同。

我修复了这些权限，但问题并没有得到解决。

然后我运行了 old.packages() 并发现相同的三个软件包被认为是 old。

我承认我并没有完全理解 ?update.packages() 中的帮助内容，但尝试了如下操作。

update.packages(oldPkgs = old.packages())

这解决了问题，三个软件包得到了更新。

- jim rothstein

2

非常感谢！这在我的Ubuntu 20.04.3上的R 3.6.3上有效。在运行update.packages(old...)之前，我也不需要更改权限。 - Max Robinson

这个问题是关于Windows文件权限的。 - IRTFM

6

我使用Ubuntu系统，在RStudio中遇到了同样的问题。我尝试通过sudo R和update.packages()来解决，但是没有成功。然而，使用sudo rstudio+update.packages()解决了这个问题。

- vondoRishi

在我的 Arch 机器上也可以工作，只是在我的情况下可执行文件被称为 rstudio-bin，因为我安装了更上游的“rstutio-desktop-bin”软件包，而不是“rstudio-desktop”。 - Waldir Leoncio

2

在我的情况下，在Ubuntu终端中运行以下命令序列：

sudo i-
R
update.packages(ask=FALSE)
q(save="no")
logout

也就是说：以root用户登录 -> 启动R -> 从root更新软件包 -> 退出R -> 退出root。

- Miguel Alvarez

0

我在Windows上，但是通过SSH隧道（AWS / Ubuntu Linux）使用R Studio Server。我认为有时候R Studio会增加一些困难层面，而不是让事情变得更容易，这种情况发生在跨多个UNIX用户的软件包依赖性方面。

因此，添加可能影响寻找上述问题答案的人的可能场景 >>>

您可以在您的用户上拥有一个软件包版本，而在其他版本上则不同。

您需要su root并通过SUDO R（与Windows上的R.exe相同）使用root用户进行安装更新。

然后，当您访问RStudio Server时，您将看到系统库包已更新

总之，即使您在服务器上只使用一个高特权unix用户，也会有两个不同的库位置：

ubuntu（用户）：/usr/local/lib/R/

系统范围：/usr/lib/R/library

- Luis Martins

这对我来说是解决方案（请参见下一个答案） - Miguel Alvarez

网页内容由stack overflow 提供, 点击上面的

可以查看英文原文，
原文链接

- antonio · Accepted Answer

问题的概括

在Windows 7/8中，基础安装包中包含的 nicePack 已经过时。
您可以通过 update.packages() 或等效的GUI菜单将其更新。
但您会收到以下信息：
警告：无法更新库'C:/Program Files/R/R-3.*.*/library' 中的软件包'nicePack'

可能的原因

R对Windows不太友好，因此它只说“将不会被更新”，而不是像“权限被拒绝到C:/Program Files/R/…”这样的消息。无论如何，您意识到R无法写入 C:/Program Files，因此以管理员身份重启并升级，但问题仍然存在！

如果您检查个人目录，R可以写入其中，您会发现更新的版本nicePack已经在那里了。在Windows中，该目录通常为 ~\R\win-library\x.y，或使用Sys.getenv("R_LIBS_USER") 来找到它。

可能第一次，由于无法写入R默认目录，R使用了个人目录，因此有两个版本的nicePack。第二次，尽管具有管理员权限，但R在个人目录中找到了更新的软件包版本，因此不会更新默认目录。

也许R之所以说“警告”而不是“错误”，是因为该软件包已安装在个人目录中，但默认库中仍存在一个过时的版本。

解决方法

在个人库目录中删除nicePack软件包目录，以管理员身份重新启动并再次更新即可。

意见

我不知道这种行为是否存在实际缺陷，但更详细的消息肯定会帮助Windows用户。

也许在Windows中应该避免使用默认库，而选择个人库。许多 Windows 应用程序使用 C:\ProgramData 或 ~\AppData\Local，这些位置可在没有特殊权限的情况下进行写入。