我已经查看了其他关于这个问题的问题，但由于问题似乎非常特定，它们并没有帮助。
我有一个像这样的数据框（这只是一个快速示例，下面提供了来自dput()的示例数据）：
year species abundance site county
2005 A 2 SH1 Göttingen
2006 A 0 SH1 Göttingen
2007 A NA SH1 Göttingen
2008 A 2 SH1 Göttingen
2009 A NA SH1 Göttingen
2010 A 2 SH1 Göttingen
2011 A NA SH1 Göttingen
2005 B 2 SH1 Göttingen
2006 B 0 SH1 Göttingen
2007 B NA SH1 Göttingen
2008 B 2 SH1 Göttingen
2009 B NA SH1 Göttingen
2010 B 2 SH1 Göttingen
2011 B NA SH1 Göttingen
2005 A 2 SH1 Göttingen
2006 A 0 SH1 Göttingen
2007 A NA SH1 Göttingen
2008 A 2 SH1 Göttingen
2009 A NA SH1 Göttingen
2010 A 2 SH1 Göttingen
2011 A NA SH1 Göttingen
2005 A 2 SH2 Göttingen
2006 A 0 SH2 Göttingen
2007 A NA SH2 Göttingen
2008 A 2 SH2 Göttingen
2009 A NA SH2 Göttingen
2010 A 2 SH2 Göttingen
2011 A NA SH2 Göttingen
它包含每个县的多个不同地点（超过400个县中的1500多个地点）上11种物种每年2005-2011年的丰度。对于每个站点，在每个县，每年，所有物种都已经被计算，因此每年存在NA或丰度数字。每个县的站点数量各不相同。
我想运行以下循环将丰度放入几列中：它应该创建一个线性模型来计算这些年的种群趋势，并将输出放在附加行中。最终，我想得到每个物种在每个站点上随着时间推移的趋势。
alldata_lm$slope_abundance_plot <- NA
alldata_lm$p_slope_abundance_plot <- NA
species <- unique(alldata_lm$species)
sites <- unique(alldata_lm$site)
for (i in (1:length(species))) {
for (k in(1:length(sites))) {
print(c(i,k))
lm1 <- lm(abundance ~ year, data = alldata_lm[alldata_lm$species == species[i] & alldata_lm$site == sites[k],], na.action=na.omit)
alldata_lm$slope_abundance_plot[alldata_lm$species == species[i] & alldata_lm$site == sites[k]] <- coefficients(lm1)[2]
if (nrow(coef(summary(lm1)))>1){ alldata_lm$p_slope_abundance_plot[alldata_lm$species == species[i] & alldata_lm$site == sites[k]] <- coef(summary(lm1))[2,4]}
}
}
然而，当我这样做时，会返回以下错误：
Error in lm.fit(x, y, offset = offset, singular.ok = singular.ok, ...) :
alle Fälle NA
同样的循环在一个非常相似的数据框中完美地运行，唯一的区别是当前数据框中包含更多的NA值。
在运行循环之前删除NA值并没有帮助。无论丰度列中是否有任何NA值，我都会收到错误消息。我认为错误可能发生在其他地方。年份列从不包含任何缺失值。
我非常感谢任何帮助！谢谢
示例数据
structure(list(site = structure(c(700L, 700L, 700L, 700L, 700L,
700L, 700L), .Label = c("bb1", "bb100", "bb101", "bb104", "bb107",
"bb108", "bb109", "bb11", "bb111", "bb113", "bb115", "bb116",
"bb117", "bb118", "bb119", "bb120", "bb121", "bb122", "bb123",
"bb124", "bb125", "bb126", "bb127", "bb129", "bb130", "bb131",
"bb132", "bb134", "bb135", "bb138", "bb139", "bb14", "bb140",
"bb143", "bb147", "bb15", "bb150", "bb152", "bb154", "bb155",
"bb156", "bb157", "bb158", "bb159", "bb163", "bb164", "bb166",
"bb167", "bb169", "bb170", "bb171", "bb172", "bb173", "bb174",
"bb175", "bb176", "bb177", "bb178", "bb179", "bb180", "bb181",
"bb183", "bb186", "bb187", "bb188", "bb19", "bb191", "bb192",
"bb193", "bb194", "bb197", "bb198", "bb199", "bb20", "bb200",
"bb201", "bb202", "bb203", "bb204", "bb205", "bb207", "bb208",
"bb209", "bb21", "bb210", "bb211", "bb212", "bb213", "bb215",
"bb216", "bb217", "bb218", "bb219", "bb220", "bb221", "bb224",
"bb225", "bb228", "bb23", "bb230", "bb232", "bb234", "bb237",
"bb239", "bb242", "bb27", "bb32", "bb35", "bb37", "bb38", "bb39",
"bb4", "bb40", "bb41", "bb47", "bb49", "bb53", "bb55", "bb58",
"bb59", "bb6", "bb60", "bb63", "bb65", "bb66", "bb7", "bb70",
"bb72", "bb73", "bb76", "bb77", "bb79", "bb8", "bb80", "bb81",
"bb82", "bb84", "bb85", "bb87", "bb89", "bb9", "bb90", "bb91",
"bb92", "bb93", "bb94", "bb96", "bb97", "bb98", "be14", "be15",
"be17", "be30", "bw10", "bw100", "bw104", "bw108", "bw111", "bw112",
"bw12", "bw120", "bw124", "bw126", "bw13", "bw144", "bw146",
"bw175", "bw183", "bw192", "bw193", "bw198", "bw199", "bw200",
"bw202", "bw208", "bw210", "bw211", "bw213", "bw215", "bw219",
"bw225", "bw226", "bw229", "bw236", "bw243", "bw257", "bw262",
"bw266", "bw268", "bw283", "bw294", "bw3", "bw30", "bw307", "bw326",
"bw327", "bw338", "bw339", "bw341", "bw35", "bw36", "bw360",
"bw368", "bw380", "bw381", "bw397", "bw405", "bw42", "bw53",
"bw58", "bw6", "bw7", "bw84", "bw89", "bw91", "bw92", "bw96",
"bw97", "by10", "by103", "by109", "by11", "by110", "by111", "by112",
"by113", "by114", "by115", "by116", "by117", "by118", "by120",
"by122", "by125", "by126", "by127", "by128", "by129", "by130",
"by134", "by137", "by14", "by142", "by144", "by146", "by147",
"by150", "by151", "by152", "by153", "by154", "by155", "by156",
"by157", "by158", "by159", "by163", "by164", "by166", "by167",
"by169", "by170", "by171", "by173", "by175", "by176", "by177",
"by178", "by18", "by180", "by182", "by186", "by187", "by188",
"by19", "by192", "by193", "by194", "by197", "by200", "by203",
"by205", "by210", "by212", "by215", "by22", "by222", "by223",
"by225", "by226", "by229", "by230", "by231", "by233", "by234",
"by236", "by238", "by239", "by24", "by240", "by241", "by242",
"by243", "by247", "by248", "by25", "by250", "by251", "by255",
"by257", "by267", "by268", "by271", "by272", "by274", "by275",
"by278", "by279", "by28", "by280", "by283", "by284", "by285",
"by286", "by287", "by289", "by29", "by290", "by291", "by292",
"by293", "by294", "by295", "by298", "by30", "by303", "by305",
"by307", "by308", "by310", "by32", "by321", "by322", "by323",
"by324", "by326", "by331", "by333", "by334", "by337", "by34",
"by341", "by346", "by347", "by350", "by352", "by356", "by357",
"by36", "by368", "by37", "by370", "by376", "by378", "by39", "by4",
"by40", "by41", "by43", "by451", "by452", "by47", "by5", "by52",
"by53", "by56", "by63", "by64", "by65", "by66", "by67", "by68",
"by69", "by7", "by72", "by74", "by76", "by79", "by8", "by80",
"by87", "by88", "by89", "by90", "by91", "by92", "by96", "by97",
"by98", "hb16", "hb17", "hb18", "hb21", "hb30", "hb5", "hb6",
"hb7", "hb9", "he100", "he103", "he106", "he107", "he108", "he109",
"he110", "he111", "he113", "he114", "he115", "he116", "he119",
"he120", "he122", "he124", "he13", "he130", "he137", "he14",
"he144", "he145", "he150", "he154", "he18", "he37", "he42", "he46",
"he47", "he51", "he52", "he66", "he68", "he7", "he70", "he72",
"he73", "he75", "he82", "he83", "he84", "he85", "he89", "he9",
"he91", "he93", "he94", "he96", "he97", "hh10", "hh28", "hh29",
"hh30", "hh41", "hh44", "mv108", "mv109", "mv110", "mv122", "mv124",
"mv125", "mv126", "mv141", "mv143", "mv15", "mv153", "mv156",
"mv160", "mv17", "mv24", "mv29", "mv40", "mv41", "mv50", "mv55",
"mv61", "mv63", "mv76", "mv82", "ni10", "ni100", "ni101", "ni102",
"ni11", "ni110", "ni111", "ni119", "ni122", "ni125", "ni126",
"ni13", "ni131", "ni134", "ni135", "ni136", "ni138", "ni14",
"ni142", "ni146", "ni147", "ni149", "ni15", "ni150", "ni152",
"ni162", "ni163", "ni166", "ni167", "ni168", "ni169", "ni170",
"ni171", "ni172", "ni175", "ni182", "ni187", "ni188", "ni189",
"ni191", "ni192", "ni193", "ni198", "ni2", "ni20", "ni206", "ni215",
"ni218", "ni225", "ni226", "ni227", "ni231", "ni236", "ni239",
"ni240", "ni241", "ni242", "ni243", "ni244", "ni246", "ni252",
"ni257", "ni26", "ni260", "ni263", "ni272", "ni274", "ni282",
"ni286", "ni290", "ni291", "ni297", "ni298", "ni299", "ni3",
"ni303", "ni32", "ni34", "ni37", "ni38", "ni39", "ni4", "ni40",
"ni41", "ni43", "ni45", "ni453", "ni455", "ni46", "ni47", "ni49",
"ni50", "ni52", "ni55", "ni6", "ni61", "ni63", "ni66", "ni68",
"ni71", "ni72", "ni73", "ni76", "ni77", "ni85", "ni87", "ni88",
"ni89", "ni90", "ni91", "ni92", "ni93", "ni95", "ni97", "nw10",
"nw108", "nw110", "nw112", "nw126", "nw13", "nw130", "nw140",
"nw142", "nw143", "nw149", "nw154", "nw156", "nw173", "nw182",
"nw20", "nw25", "nw38", "nw41", "nw5", "nw50", "nw52", "nw53",
"nw54", "nw55", "nw6", "nw60", "nw63", "nw7", "nw72", "nw73",
"nw74", "nw84", "nw86", "nw92", "rp101", "rp102", "rp103", "rp106",
"rp108", "rp109", "rp116", "rp117", "rp120", "rp130", "rp131",
"rp139", "rp140", "rp143", "rp144", "rp146", "rp21", "rp22",
"rp23", "rp24", "rp36", "rp4", "rp84", "rp94", "rp99", "sh100",
"sh101", "sh102", "sh103", "sh106", "sh109", "sh11", "sh111",
"sh112", "sh117", "sh12", "sh121", "sh123", "sh125", "sh128",
"sh130", "sh132", "sh14", "sh140", "sh17", "sh18", "sh19", "sh20",
"sh25", "sh26", "sh27", "sh30", "sh33", "sh34", "sh35", "sh36",
"sh37", "sh39", "sh42", "sh43", "sh44", "sh45", "sh46", "sh47",
"sh51", "sh52", "sh54", "sh55", "sh58", "sh59", "sh60", "sh61",
"sh62", "sh63", "sh65", "sh66", "sh67", "sh69", "sh70", "sh71",
"sh72", "sh73", "sh74", "sh75", "sh76", "sh78", "sh79", "sh8",
"sh84", "sh86", "sh88", "sh89", "sh91", "sh93", "sh95", "sh96",
"sh98", "sh99", "sn104", "sn112", "sn117", "sn120", "sn123",
"sn131", "sn141", "sn144", "sn145", "sn15", "sn151", "sn158",
"sn159", "sn16", "sn162", "sn164", "sn165", "sn167", "sn18",
"sn25", "sn27", "sn28", "sn30", "sn35", "sn40", "sn44", "sn45",
"sn5", "sn56", "sn69", "sn7", "sn72", "sn74", "sn79", "sn83",
"sn87", "sn89", "sn9", "sn91", "sn92", "sn93", "sn99", "st1",
"st100", "st101", "st103", "st105", "st107", "st108", "st109",
"st11", "st110", "st111", "st112", "st113", "st114", "st115",
"st116", "st118", "st119", "st120", "st121", "st125", "st126",
"st127", "st13", "st130", "st134", "st135", "st137", "st139",
"st140", "st141", "st143", "st144", "st145", "st146", "st147",
"st148", "st150", "st151", "st153", "st158", "st159", "st160",
"st162", "st166", "st21", "st24", "st25", "st26", "st27", "st28",
"st30", "st33", "st34", "st4", "st43", "st47", "st49", "st50",
"st55", "st56", "st57", "st59", "st60", "st61", "st64", "st69",
"st70", "st72", "st75", "st77", "st79", "st84", "st87", "st88",
"st91", "st92", "st97", "st98", "st99", "th100", "th103", "th104",
"th105", "th112", "th118", "th121", "th123", "th15", "th16",
"th18", "th19", "th20", "th22", "th26", "th27", "th31", "th32",
"th36", "th39", "th4", "th40", "th44", "th45", "th49", "th50",
"th51", "th52", "th55", "th56", "th58", "th59", "th60", "th61",
"th63", "th64", "th73", "th76", "th8", "th81", "th83", "th85",
"th91", "th94", "th95", "th96", "th98", "th99"), class = "factor"),
year = 2005:2011, species = structure(c(8L, 8L, 8L, 8L, 8L,
8L, 8L), .Label = c("common linnet", "common whitethroat",
"corn bunting", "eurasian skylark", "northern lapwing", "red-backed shrike",
"tree sparrow", "western yellow wagtail", "whinchat", "woodlark",
"yellowhammer"), class = "factor"), abundance = c(NA_integer_,
NA_integer_, NA_integer_, NA_integer_, NA_integer_, NA_integer_,
NA_integer_), county = structure(c(48L, 48L, 48L, 48L, 48L,
48L, 48L), .Label = c("Aichach-Friedberg, Landkreis", "Alb-Donau-Kreis",
"Altmarkkreis Salzwedel", "Alzey-Worms, Landkreis", "Amberg-Sulzbach, Landkreis",
"Ammerland, Landkreis", "Anhalt-Bitterfeld, Landkreis", "Ansbach, Landkreis",
"Aschaffenburg, Landkreis", "Augsburg, Landkreis", "Aurich, Landkreis",
"Böblingen, Landkreis", "Börde, Landkreis", "Bad Dürkheim, Landkreis",
"Bad Kissingen, Landkreis", "Bad Kreuznach, Landkreis", "Bad Tölz-Wolfratshausen, Landkreis",
"Barnim, Landkreis", "Bautzen, Landkreis", "Bayreuth", "Bayreuth, Landkreis",
"Bergstraße, Landkreis", "Berlin", "Biberach, Landkreis",
"Bodenseekreis", "Borken, Kreis", "Brandenburg an der Havel, Kreisfreie Stadt",
"Breisgau-Hochschwarzwald, Landkreis", "Bremen, Kreisfreie Stadt",
"Bremerhaven, Kreisfreie Stadt", "Burgenlandkreis", "Calw, Landkreis",
"Celle, Landkreis", "Cham, Landkreis", "Chemnitz, Stadt",
"Cloppenburg, Landkreis", "Coburg, Landkreis", "Cottbus, Kreisfreie Stadt",
"Cuxhaven, Landkreis", "Dachau, Landkreis", "Dahme-Spreewald, Landkreis",
"Darmstadt-Dieburg, Landkreis", "Deggendorf, Landkreis",
"Dessau-Roßlau, Kreisfreie Stadt", "Diepholz, Landkreis",
"Dillingen a.d.Donau, Landkreis", "Dingolfing-Landau, Landkreis",
"Dithmarschen, Landkreis", "Donau-Ries, Landkreis", "Donnersbergkreis",
"Dresden, Stadt", "Ebersberg, Landkreis", "Eichsfeld, Kreis",
"Eichstätt, Landkreis", "Eisenach, krsfr. Stadt", "Elbe-Elster, Landkreis",
"Emmendingen, Landkreis", "Emsland, Landkreis", "Ennepe-Ruhr-Kreis",
"Enzkreis", "Erding, Landkreis", "Erfurt, krsfr. Stadt",
"Erlangen-Höchstadt, Landkreis", "Erzgebirgskreis", "Esslingen, Landkreis",
"Fürstenfeldbruck, Landkreis", "Fürth, Landkreis", "Forchheim, Landkreis",
"Frankfurt (Oder), Kreisfreie Stadt", "Frankfurt am Main, Kreisfreie Stadt",
"Freising, Landkreis", "Freudenstadt, Landkreis", "Freyung-Grafenau, Landkreis",
"Friesland, Landkreis", "Fulda, Landkreis", "Göppingen, Landkreis",
"Görlitz, Landkreis", "Göttingen, Landkreis", "Garmisch-Partenkirchen, Landkreis",
"Gießen, Landkreis", "Gifhorn, Landkreis", "Goslar, Landkreis",
"Gotha, Kreis", "Grafschaft Bentheim, Landkreis", "Greiz, Kreis",
"Höxter, Kreis", "Haßberge, Landkreis", "Halle (Saale), Kreisfreie Stadt",
"Hamburg", "Hameln-Pyrmont, Landkreis", "Hamm, Kreisfreie Stadt",
"Harburg, Landkreis", "Harz, Landkreis", "Havelland, Landkreis",
"Heidekreis, Landkreis", "Heidelberg, Kreisfreie Stadt",
"Heidenheim, Landkreis", "Heilbronn, Landkreis", "Heinsberg, Kreis",
"Hersfeld-Rotenburg, Landkreis", "Herzogtum Lauenburg, Landkreis",
"Hildburghausen, Kreis", "Hildesheim, Landkreis", "Hochsauerlandkreis",
"Hochtaunuskreis", "Hof, Landkreis", "Holzminden, Landkreis",
"Ilm-Kreis", "Ingolstadt", "Jerichower Land, Landkreis",
"Köln, Kreisfreie Stadt", "Kaiserslautern, Landkreis", "Karlsruhe, Kreisfreie Stadt",
"Karlsruhe, Landkreis", "Kassel, Landkreis", "Kelheim, Landkreis",
"Kitzingen, Landkreis", "Kleve, Kreis", "Konstanz, Landkreis",
"Kronach, Landkreis", "Kulmbach, Landkreis", "Kusel, Landkreis",
"Kyffhäuserkreis", "Lörrach, Landkreis", "Lüchow-Dannenberg, Landkreis",
"Lüneburg, Landkreis", "Lahn-Dill-Kreis", "Landkreis Ludwigslust-Parchim",
"Landkreis Mecklenburgische Seenplatte", "Landkreis Nordwestmecklenburg",
"Landkreis Rostock", "Landkreis Vorpommern-Greifswald", "Landkreis Vorpommern-Rügen",
"Landsberg am Lech, Landkreis", "Landshut, Landkreis", "Leer, Landkreis",
"Leipzig, Landkreis", "Lichtenfels, Landkreis", "Limburg-Weilburg, Landkreis",
"Lippe, Kreis", "Ludwigsburg, Landkreis", "Märkisch-Oderland, Landkreis",
"Märkischer Kreis", "Mühldorf a.Inn, Landkreis", "München, Landeshauptstadt",
"München, Landkreis", "Main-Spessart, Landkreis", "Main-Tauber-Kreis",
"Main-Taunus-Kreis", "Mainz-Bingen, Landkreis", "Mannheim, Universitätsstadt, Kreisfreie Stadt",
"Mansfeld-Südharz, Landkreis", "Marburg-Biedenkopf, Landkreis",
"Mayen-Koblenz, Landkreis", "Meißen, Landkreis", "Mettmann, Kreis",
"Minden-Lübbecke, Kreis", "Mittelsachsen, Landkreis", "Nürnberg",
"Nürnberger Land, Landkreis", "Neckar-Odenwald-Kreis", "Neu-Ulm, Landkreis",
"Neuburg-Schrobenhausen, Landkreis", "Neumarkt i.d.OPf., Landkreis",
"Neustadt a.d.Aisch-Bad Windsheim, Landkreis", "Neustadt a.d.Waldnaab, Landkreis",
"Neustadt an der Weinstraße, Kreisfreie Stadt", "Neuwied, Landkreis",
"Nienburg (Weser), Landkreis", "Nordfriesland, Landkreis",
"Nordhausen, Kreis", "Nordsachsen, Landkreis", "Northeim, Landkreis",
"Oberallgäu, Landkreis", "Oberhavel, Landkreis", "Oberspreewald-Lausitz, Landkreis",
"Odenwaldkreis", "Oder-Spree, Landkreis", "Offenbach, Landkreis",
"Oldenburg, Landkreis", "Olpe, Kreis", "Ortenaukreis", "Osnabrück, Landkreis",
"Ostalbkreis", "Ostallgäu, Landkreis", "Osterholz, Landkreis",
"Osterode am Harz, Landkreis", "Ostholstein, Landkreis",
"Ostprignitz-Ruppin, Landkreis", "Passau, Landkreis", "Peine, Landkreis",
"Pfaffenhofen a.d.Ilm, Landkreis", "Pinneberg, Landkreis",
"Plön, Landkreis", "Potsdam-Mittelmark, Landkreis", "Potsdam, Kreisfreie Stadt",
"Prignitz, Landkreis", "Rastatt, Landkreis", "Ravensburg, Landkreis",
"Regen, Landkreis", "Regensburg, Landkreis", "Region Hannover, Landkreis",
"Rems-Murr-Kreis", "Rendsburg-Eckernförde, Landkreis", "Reutlingen, Landkreis",
"Rhön-Grabfeld, Landkreis", "Rhein-Kreis Neuss", "Rhein-Neckar-Kreis",
"Rhein-Sieg-Kreis", "Rheingau-Taunus-Kreis", "Rheinisch-Bergischer Kreis",
"Rosenheim, Landkreis", "Rotenburg (Wümme), Landkreis",
"Roth, Landkreis", "Rottweil, Landkreis", "Sächsische Schweiz-Osterzgebirge, Landkreis",
"Sömmerda, Kreis", "Südliche Weinstraße, Landkreis", "Südwestpfalz, Landkreis",
"Saale-Holzland-Kreis", "Saale-Orla-Kreis", "Saalekreis",
"Saalfeld-Rudolstadt, Kreis", "Salzlandkreis", "Schaumburg, Landkreis",
"Schleswig-Flensburg, Landkreis", "Schmalkalden-Meiningen, Kreis",
"Schwabach", "Schwandorf, Landkreis", "Schweinfurt", "Schweinfurt, Landkreis",
"Segeberg, Landkreis", "Siegen-Wittgenstein, Kreis", "Sigmaringen, Landkreis",
"Soest, Kreis", "Sonneberg, Kreis", "Spree-Neiße, Landkreis",
"Stade, Landkreis", "Starnberg, Landkreis", "Steinburg, Landkreis",
"Steinfurt, Kreis", "Stendal, Landkreis", "Stormarn, Landkreis",
"Straubing-Bogen, Landkreis", "Stuttgart, Landeshauptstadt, Kreisfreie Stadt",
"Tübingen, Landkreis", "Teltow-Fläming, Landkreis", "Traunstein, Landkreis",
"Uckermark, Landkreis", "Uelzen, Landkreis", "Unstrut-Hainich-Kreis",
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"Viersen, Kreis", "Vogelsbergkreis", "Würzburg, Landkreis",
"Waldeck-Frankenberg, Landkreis", "Wartburgkreis", "Weißenburg-Gunzenhausen, Landkreis",
"Weilheim-Schongau, Landkreis", "Weimar, krsfr. Stadt", "Weimarer Land, Kreis",
"Werra-Meißner-Kreis", "Wesel, Kreis", "Wesermarsch, Landkreis",
"Westerwaldkreis", "Wetteraukreis", "Wiesbaden, Landeshauptstadt, Kreisfreie Stadt",
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"Wuppertal, Kreisfreie Stadt", "Zollernalbkreis", "Zwickau, Landkreis"
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i和k的值，以确定表现出问题的子集？ - Roland