Conda remove命令卸载的软件包数量超出预期

Question

Conda remove命令卸载的软件包数量超出预期

pythonpackageanacondacondauninstallation

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简化的 MWE => 假设我有 Anaconda 并执行以下操作：

conda create -n demo python=3.6
conda activate demo
conda install seaborn

最后一个命令安装了39个新的软件包，包括seaborn、matplotlib和pandas。现在假设时间过去了，我继续设置我的环境并希望明确地安装matplotlib和pandas：

conda install matplotlib pandas

这告诉我"所有请求的软件包已经安装"，这很好。现在，如果我决定不再需要seaborn并将其移除，

conda remove seaborn

这会删除安装 seaborn 时安装的全部39个软件包，包括在此之后我明确安装的 matplotlib 和 pandas！我该如何避免这个问题？

我期望的行为是 conda remove seaborn 只删除 seaborn 及其依赖项，但不会删除任何在 seaborn 之前或之后明确安装的软件包（或其依赖项）。有些人可能会建议卸载 seaborn 和所有39个软件包，然后手动重新安装 matplotlib 和 pandas。这在简单情况下可行，但一旦有25个具有复杂相互依赖关系的软件包，这将变得非常复杂，至少对维护来说是完全的麻烦。

作为一个具体的例子，我该如何构建一个完整的 Anaconda 环境，去掉特定的软件包以及仅包含依赖于它的软件包？我尝试过：

conda create -n test python=3.6 anaconda
conda remove libtiff  # I want this to strictly only remove libtiff and its recursive dependents, but obviously this is not what happens

但第二行会移除整个环境中几乎所有的软件包，因为它会移除anaconda。有什么想法吗？

- pallgeuer

这是令人惊讶的行为。我会在代码库上报告此问题。首先，当已经存在时，Conda无法将请求的软件包添加到显式规范中（注意：你可以使用--force-reinstall强制执行此操作，例如对于matplotlib，但我认为它应该默认执行）。其次，当调用conda remove时，Conda似乎会积极地修剪显式规范。要使conda env update命令像这样工作，需要显式添加--prune标志，因此类似的功能应该被添加到conda remove中。 - merv

顺便说一下，通过“明确的规范”，我指的是Conda从其事务历史(conda-meta/history)中获取的包规范的内部列表。这些是你明确要求在你的仓库中的内容。当你运行conda env export --from-history时，基本上会得到它的一个YAML副本。 - merv

是的，conda remove的行为似乎与合理预期不符。假设现在conda的行为仍然保持不变，我还有办法绕过它来实现我所描述的吗？ - pallgeuer

1个回答

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可以查看英文原文，
原文链接

- merv · Accepted Answer

解决方法

我想不出一种自动化的方法来做到这一点，但如果你非常需要实现这个功能，那么一个可行的办法是：

只删除您想要的软件包：

conda remove --force libtiff

触发一致性检查以获取现在损坏的软件包列表：

conda install -d python

如果有软件包，则重复执行（即使用步骤1删除它们）；否则，您已完成。

实际上，你还没有完成，因为现在每次尝试更改环境时，所有不是显式规范依赖的软件包都会被建议移除。下一步可能是：

4. 导出生成的环境： ``` conda env export -n my_env > env.yaml ```

5. 重新创建环境： ``` conda env remove -n my_env conda env create -n my_env -f env.yaml ```

现在所有的软件包都将是明确的规范，这并不一定是件好事，但至少确保它们不会在后续更新中被删除。

个人而言，我认为这是一个坏主意，也不太理解其动机。我认为更好的做法是从你知道需要的软件包开始，将它们放在一个YAML定义中，并从中创建环境。