这里有两个相关但是独立的问题：
- 如何以编程方式引用一个包
- 如何在你的Markdown文档中拥有两个独立的参考文献部分
这两个问题都有解决方案，我将逐一介绍：
如何以编程方式引用一个软件包
关键在于意识到Pandoc只会在R代码块运行之后编写您的文档。这为您提供了在R markdown文档中以编程方式编写.bib文件的机会，而该文件仅在文档创建阶段由Pandoc读取。
它还取决于能否在参考书目中使用两个.bib文件。这也是可能的，但我们现在暂时不讨论这个问题。
您需要的是一个函数，该函数将获取软件包名称，获取bibtex格式的引文，将它们全部粘贴在一起并将其保存为.bib文件。我在这里编写了一个示例函数来展示如何完成这项工作。
此函数必须处理输出多个bibtex引文的软件包，并且会自动在bibtex中插入软件包名称，以便您可以在markdown中使用@packagename引用任何软件包。它使用非标准评估和...参数，因此您无需对软件包名称进行引用或将它们包装在c()中：
citeR <- function(...)
{
packages <- unlist(lapply(as.list(match.call()), deparse))[-1]
Rbibs <- ""
for(package in packages)
{
Rbib <- capture.output(print(citation(package), bibtex = T))
Rbib <- mapply(function(x, y) Rbib[x:y],
grep(" @.+[{]", Rbib),
which(Rbib == " }"))
if(class(Rbib) == "matrix"){
Rbib[1, 1] <- gsub(",", paste0(package, ","), Rbib[1, 1])
Rbib <- paste0(Rbib, collapse = "\n")
} else {
Rbib <- unlist(lapply(Rbib, function(x) {
x[1] <- gsub(",", paste0(package, ","), x[1]);
x <- paste0(unlist(x), collapse = "\n")
return(x)
}))
}
if(length(Rbib) > 1) {
if(any(grepl("@Manual", Rbib))) {
Rbib <- Rbib[grep("@Manual", Rbib)][1]
} else {
Rbib <- Rbib[1]}}
Rbibs <- paste(Rbibs, Rbib, sep = "\n\n")
}
writeBin(charToRaw(utf8::as_utf8(Rbibs)), "packages.bib")
}
要使用它，您只需将其放在一个R块中，echo = FALSE，并执行以下操作：
citeR(dplyr, ggplot2, knitr, pROC)
如何拥有两个参考文献部分
这部分的答案不是我写的，我从这里得到了答案。这比第一部分要复杂得多。首先，您必须使用一个lua过滤器，这需要最新版本的rmarkdown和Pandoc，所以请更新到最新版本，否则可能无法正常工作。
提供的链接中描述了使用lua过滤器的基本原理，但是我将在此处包含@tarleb的完整说明。您必须将以下文件保存为multiple-bibliographies.lua，并保存在与您的markdown相同的目录中：
local all_cites = {}
local doc_meta = pandoc.Meta{}
local function create_topic_bibliography (div)
local name = div.identifier:match('^refs([_%w]*)$')
if not name then
return nil
end
local tmp_blocks = {
pandoc.Para(all_cites),
pandoc.Div({}, pandoc.Attr('refs')),
}
local tmp_meta = pandoc.Meta{bibliography = doc_meta['bibliography' .. name]}
local tmp_doc = pandoc.Pandoc(tmp_blocks, tmp_meta)
local res = pandoc.utils.run_json_filter(tmp_doc, 'pandoc-citeproc')
div.content = res.blocks[2].content
return div
end
local function resolve_doc_citations (doc)
local meta = doc.meta
local orig_bib = meta.bibliography
meta.bibliography = pandoc.MetaList{orig_bib}
for name, value in pairs(meta) do
if name:match('^bibliography_') then
table.insert(meta.bibliography, value)
end
end
doc = pandoc.utils.run_json_filter(doc, 'pandoc-citeproc')
doc.meta.bibliography = orig_bib
return doc
end
return {
{
Cite = function (c) all_cites[#all_cites + 1] = c end,
Meta = function (m) doc_meta = m end,
},
{Pandoc = resolve_doc_citations,},
{Div = create_topic_bibliography,}
}
为了使其正常工作，您的YAML头应该如下所示：
---
title: "Cite R packages"
author: ''
date: "01/02/2020"
output:
pdf_document:
pandoc_args: --lua-filter=multiple-bibliographies.lua
bibliography_software: packages.bib
bibliography_normal: test.bib
---
请注意，在开始编译文档时，
packages.bib文件不需要存在，因为它将在调用Pandoc之前创建。
要插入参考文献部分，您需要在适当的位置插入这些HTML片段到您的Markdown中。
<div id = "refs_normal"></div>
并且
<div id = "refs_software"></div>
将所有内容组合在一起
我知道这已经是一个很长的答案，但我认为包括一个完整的工作示例并展示PDF输出会很有帮助：
---
title: "Cite R packages"
author: ''
date: "01/02/2020"
output:
pdf_document:
pandoc_args: --lua-filter=multiple-bibliographies.lua
bibliography_software: packages.bib
bibliography_normal: test.bib
---
This is a citation of a paper: @mayer2011.
This is a citation of an R package @dplyr
And another @ggplot2 and another @knitr plus @pROC
\setlength{\parindent}{-0.2in}
\setlength{\leftskip}{0.2in}
\noindent
<div id = "refs_normal"></div>
\setlength{\parindent}{0in}
\setlength{\leftskip}{0in}
\setlength{\parskip}{0pt}
\setlength{\parindent}{-0.2in}
\setlength{\leftskip}{0.2in}
\noindent
<div id = "refs_software"></div>
\setlength{\parindent}{0in}
\setlength{\leftskip}{0in}
\setlength{\parskip}{0pt}
```{r citeR, echo=FALSE}
citeR <- function(...)
{
packages <- unlist(lapply(as.list(match.call()), deparse))[-1]
Rbibs <- ""
for(package in packages)
{
Rbib <- capture.output(print(citation(package), bibtex = T))
Rbib <- mapply(function(x, y) Rbib[x:y],
grep(" @.+[{]", Rbib),
which(Rbib == " }"))
if(class(Rbib) == "matrix")
{
Rbib[1, 1] <- gsub(",", paste0(package, ","), Rbib[1, 1])
Rbib <- paste0(Rbib, collapse = "\n")
}
else
{
Rbib <- unlist(lapply(Rbib, function(x) {
x[1] <- gsub(",", paste0(package, ","), x[1]);
x <- paste0(unlist(x), collapse = "\n")
return(x)
}))
}
if(length(Rbib) > 1)
{
if(any(grepl("@Manual", Rbib)))
{
Rbib <- Rbib[grep("@Manual", Rbib)][1]
}
else
{
Rbib <- Rbib[1]
}
}
Rbibs <- paste(Rbibs, Rbib, sep = "\n\n")
}
writeBin(charToRaw(utf8::as_utf8(Rbibs)), "packages.bib")
}
citeR(dplyr, ggplot2, knitr, pROC)
```
而test.pdf看起来是这样的:
如果您希望自动引用使用的任何软件包，您可以从Markdown文档中对
library()的任何调用中程序地提取名称。由于实现目标的工作流程有点复杂，您可能需要考虑创建一个小型软件包，其中包含
citeR函数、lua文档和您自己的
get_lib_citations_from_library_calls("my_markdown.Rmd")函数来自动完成所有这些操作。
alphabetic，[alphabetic]和"alphabetic"。 - bretauvcsl文件并没有应用到所有地方。特别是，文本中的引用样式是对应的，但参考文献中却不是。例如，我尝试应用这个csl格式，它在文本中正确地在作者姓名之间添加了“et”，但在参考文献中却没有将“and”替换为“et”（对于两个参考文献都是如此）。你知道如何解决这个问题吗？ - bretauv