R: system()无法使用在.bashrc中定义的bash函数。

Question

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问题

我的默认Python版本是2.7，但我有一个需要Python 3.4的脚本。我正在尝试创建一个R函数来：

为了在Python版本之间进行切换，我使用了我的集群的“dotkit”系统，如下所示：

use Python-2.7
use Python-3.4

"use"是一个bash函数，被导入到我的.bashrc文件中。它设置了所有的路径变量（PATH、LIBRARY_PATH、LD_LIBRARY_PATH、CPATH、C_INCLUDE_PATH等）。问题在于，当我尝试在R中调用这个函数时，会出现以下错误：

system('use Python-3.4')
sh: use: command not found

看起来这是我的 PATH 的问题。我正在使用正确的 shell：

system('echo $SHELL')
/bin/bash

我的$PATH变量看起来也很好。然而，当我创建一个基本上做同样事情的脚本时:

load_py34.sh:

#!/bin/bash
source ~/.bashrc
use Python-3.4

通过R调用此脚本后，实际运行了，但出于某种原因，在R中并没有更改我的Python版本。（我已验证此脚本可以从命令行正常工作。）

> R
> system('python --version')
Python 2.7.1
> system('sh load_py34.sh')
Prepending: R-3.4 (ok)
> system('python --version')
Python 2.7.1

我有点困惑，但如果有人能帮忙，我会非常感激。

建议的修复方法

当我将它们组合成一个命令时，仍然存在相同的问题：

> system("sh load_py34.sh; python --version")
Prepending: Python-3.4 (already loaded)
Python 2.7.1

当我尝试直接调用bash时，PATH仍然存在问题：

> system("bash -c 'use Python-3.4; python --version'")
bash: use: command not found
Python 2.7.1

- adn bps

当我将它们组合成一个单独的调用时，我会得到相同的错误。我会更新问题以反映这一点。 - adn bps

2个回答

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当你调用system()时，它使用的是/bin/sh而不是/bin/bash。sh在启动时不会读取你的.bashrc文件，因此它不知道你在那里定义的任何函数。

要使用来自你的.bashrc的函数，你必须让bash来运行它：

system("bash -c 'use Python-3.4; python --version'")

编辑：单引号的关闭位置。

- N. Kern

这给了我相同的错误（请参见更新的问题）。 - adn bps

网页内容由stack overflow 提供, 点击上面的

可以查看英文原文，
原文链接

- paladin324 · Accepted Answer

.bashrc 仅为交互式 bash 会话加载。

"use" 是一个被导入到我的 .bashrc 文件的 bash 函数，它设置了所有的路径变量。

如果通过 export 设置，调用进程的环境将不会被改变。

export [-fn] [name[=word]] ... 提供的名称会自动导出到随后执行的命令的环境中。(https://man7.org/linux/man-pages/man1/bash.1.html)

子进程通常无法访问父进程的环境。(这是一个问题，因为system()会创建一个子进程。)

source 和 . 内置命令在当前 shell 环境中执行命令，这就是你的脚本能工作的原因。

其他命令（可执行文件、非 shell 内置命令）通过“fork-and-exec”机制执行，即执行的 shell 进程分叉，创建一个具有相同环境和状态的子进程。这个新的子进程是执行命令的进程。对该进程环境的更改不会复制到父环境中。

这意味着你将无法依赖于 system('...') 来修改 R 进程的环境，或者在后续的 system() 调用中生成的进程的环境。

在单个对 system() 的调用中，可以构造一个命令行以更改派生 shell 的环境，如下所示：

bash -c 'source ~/.bashrc; use Python-3.4; python --version'

请注意，将此功能放在~/.bashrc并不是最好的做法（可能是主观的）。