R Markdown: 如何使RStudio内联显示Python图形而不是在新窗口中显示？

Question

最近我经常使用R Markdown，对它的功能非常满意。

但是，我在python绘图时遇到了问题。我有一段Python代码，在其中生成多个图形。

当我在R中这样做时，RStudio会将该块生成的所有图形侧边并排显示。

不幸的是，当我在一段Python代码中执行相同操作时，RStudio会打开一个新窗口并显示画布，然后代码执行被暂停直到我关闭该窗口，之后才绘制下一个图形，我必须再次关闭该窗口，以此类推。

是否有可能强制RStudio将图形内嵌，并继续执行代码？ 提前感谢您的帮助！

- mjbeyeler

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我认为这是值得奖赏的问题。 - InfiniteFlash

请问您能否发布一些生成所讨论图表的Python示例代码？ - user5359531

这是Python的行为，与RStudio IDE没有直接关系。我假设您正在使用matplotlib.pyplot，它使用Qt进行绘制，结果显示在弹出窗口中。您可以在这里和这里阅读有关阻塞行为和解决方法的信息。 - Kevin Arseneau

Answer 1

针对我之前的评论，我将详细解释一下。在使用 matplotlib 时，图形会使用 Qt 进行渲染，这就是为什么会弹出窗口。

如果我们使用 fig.savefig 而不是 pyplot.show，然后再使用 pyplot.close，就可以避免弹出窗口了。这里是一个最简示例：

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output: html_document
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## Python *pyplot*

```{python pyplot, echo=FALSE}
import matplotlib
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np

t = np.arange(0.0, 2.0, 0.01)
s = 1 + np.sin(2 * np.pi * t)

fig, ax = plt.subplots()
ax.plot(t, s)

ax.set(xlabel='time (s)', ylabel='voltage (mV)',
       title='About as simple as it gets, folks')
ax.grid()

fig.savefig("pyplot.png")
plt.close(fig)
```

```{r, echo=FALSE}
knitr::include_graphics("pyplot.png")
```

这会在没有任何处理中断的情况下产生以下结果:

来源: matplotlib.org

N.B. 根据 RStudio v1.2.679-1 预览版的发布说明，此版本将显示 Python 代码块发送的 matplotlib 图。

更新

使用上述最新预览版，更新代码块以使用 pyplot.show 将会按要求内联显示。

```{python pyplot, echo=FALSE}
import matplotlib
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np

t = np.arange(0.0, 2.0, 0.01)
s = 1 + np.sin(2 * np.pi * t)

fig, ax = plt.subplots()
ax.plot(t, s)

ax.set(xlabel='time (s)', ylabel='voltage (mV)',
       title='About as simple as it gets, folks')
ax.grid()

plt.show()
```

针对Anaconda用户

如果您使用Anaconda作为Python发行版，可能会遇到一个问题，即由于缺少路径/环境变量而导致RStudio无法找到Qt。

错误信息类似于：

此应用程序无法启动，因为在“”中找不到或加载Qt平台插件“windows”，重新安装该应用程序可能会解决此问题。

快速修复方法是将以下内容添加到Python代码块中以设置环境变量。

import os
os.environ['QT_QPA_PLATFORM_PLUGIN_PATH'] = '/path/to/Anaconda3/Library/plugins/platforms'

用你的Anaconda发行版的相关位置替换/path/to。

- Kevin Arseneau

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嗨，感谢您的回答！那就是我现在正在做的，除了您用 knitr::include_graphics 的方法之外，我使用的是 输出图像：*新行+缩进* ![output](pyplot.png)，这样可以使图像显示得稍微小一些，如果绘制的图像很大，则非常有用。这样您就可以展示许多图片并保持报告易读性。 - mjbeyeler

一般来说，我认为它是可以的，但不幸的是我无法重现他的最小示例。也许是因为我正在使用Anaconda Python？我总是收到以下弹出错误消息：“此应用程序无法启动，因为在“”中找不到或加载Qt平台插件“windows”，重新安装该应用程序可能会解决此问题。”（我已经检查过Qt是否安装在我的Anaconda发行版上）。 - mjbeyeler

@Michael，那个错误是由于在您的路径中找不到Qt引起的（与Windows上的Anaconda安装有关）。我会在我的答案中添加一条注释。 - Kevin Arseneau

@Michael 我和你一样遇到了“此应用程序无法启动，因为...应用程序可能会解决此问题。”的问题。每次我在 .rmd 文件中编写一个 Python 代码块时都会出现这个问题。我可能会在帖子中标记你或以某种方式向你发送消息。这将非常有用。此外，看起来 Kevin 发布了一个潜在的解决方案。我们必须尝试它！ - InfiniteFlash

当使用plotly而不是matplotlib时怎么样？如何内联显示plotly图形？Fig.show()会打开一个新窗口吗？ - rm1104