将R语言代码转换为C语言代码

Question

将R语言代码转换为C语言代码

crmatrix

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我正在研究将一个R脚本转换成C代码，以提高速度并使其能够打包为.exe文件。我的C语言经验很少。

我的问题是，用C语言会显著提高速度吗？速度瓶颈是需要在大量向量上应用的排序算法。我不确定R中的向量化功能是否会有所帮助或者减慢速度。此外，我已经了解到，在R中使用for循环效率低下。

如果我应该使用C语言来实现，有什么库可以帮助我模拟R中的一些数据处理函数，例如基本的矩阵操作？我应该从哪里开始学习？现在我甚至不知道如何将数据读入C语言（逗号分隔文本文件）。

- JoshDG

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这将是很多工作，尤其是从零开始学习C编程。你可以在比手动转换R代码更短的时间内在用户机器上安装R。 - hardmath

2

@Jack，我并不是在请求别人为我编写代码。我只是想问一下，在C脚本中使用的排序算法是否比在R脚本中使用的更高效。我认为这是一个合理的问题。我会重新表述一下，让它听起来不像是在请求别人替我编写代码。 - JoshDG

2

R中的向量排序使用了在C中实现的合理算法，因此提高速度的空间不大。也许你误诊了瓶颈所在，例如（对）大量小向量进行操作？但是，那么有可能通过重新构造问题来减少迭代次数。 - Martin Morgan

4

在重新设计之前，没有人提到过“个人资料、轮廓、档案”。 - Dirk Eddelbuettel

2

@DirkEddelbuettel：什么？为什么不花几天/几周时间学习并在新语言中重新实现算法呢？然后你可以测试它在你特定情况下是否真的更快，_而且_你还可以学习一门新语言！这不像有什么更好的事情要做... </sarcasm> - Joshua Ulrich

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1个回答

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- Tommy · Accepted Answer

我会尽力回答这个问题。

......但你并没有问到更相关的问题：R算法在R中能否变得更快？这里的答案通常是“可以”。它是否足够“快”？这是不可能回答的，除非尝试（并查看当前的R代码）。

问：我的R算法在C中会更快吗？

答：是的！如果你为该算法编写“最好”的C代码，它很可能会更快。但这很可能也需要进行很多更多的工作。

问：使用C是否可以更快地排序大型向量？

答：是的。使用多线程，你可以显著提高速度。......但首先在R中调用sort(x, method='quick')，看看是否可以改善情况！对于随机数据，默认方法并不是很快。

x <- runif(1e7)
system.time( sort(x) )                   # 2.50 secs
system.time( sort(x, method='quick') )   # 1.37 secs
#system.time( tommysort(x) )             # 0.51 secs (4 threads)

问：有哪些库可以模仿基本的R函数？

答：LAPACK/BLAS处理R中的矩阵数学计算。如果这是你所需要的全部内容，那么你可以找到比R中基本库更快的库（你也可以在R中使用其中一些库来提高性能！）。

关于BLAS的更多信息

另一种方法是从R调用.C函数，然后从那里就可以访问所有R的功能！ inline包和Rcpp包可以帮助简化过程。

第三种方法是将R嵌入到你的应用程序中。 Rinside可以帮助简化该过程。

问：如何将CSV数据读入C？

答：查看fopen和fscanf函数。...并使用它们编写一个数据导入函数。