在目录中读取所有文件，并对每个数据框应用多个函数

Question

我需要在一个目录中对大约300个.txt文件应用一组R命令。

我对R不是很熟悉，所以我在网上查找的所有关于循环的帮助都很混乱，或者当你需要对每个文件应用多个命令时，我无法想出如何应用循环。

我需要对目录中的每个文件（系统发育树）应用以下命令（使用R的ape库）：

testtree <- read.tree("tree123.txt")
unrooted_tr <- unroot(testtree)
write.tree(unrooted_tr, file="unrootedtree123.txt")

如何应用循环将这些命令应用于每个单独的.txt文件（可以使用R或Unix命令行）？输出结果（例如unrootedtree123.txt）需要为每个单独的文件设置不同的名称。

提前感谢， Dani。

- user2087201

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你是否有文件名的向量，或者这些文件遵循某种命名规则（例如tree [3位数字]）？ - sebastian-c

Answer 1

您可以获取所有文件，然后使用lapply循环，并按以下方式应用任何要应用的函数：

files <- list.files(path="path/to/dir", pattern="*.txt", full.names=TRUE, recursive=FALSE)
lapply(files, function(x) {
    t <- read.table(x, header=TRUE) # load file
    # apply function
    out <- function(t)
    # write to file
    write.table(out, "path/to/output", sep="\t", quote=FALSE, row.names=FALSE, col.names=TRUE)
})

- Arun

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这个不起作用。循环遍历CSV目录时会出现以下错误：scan（file = file，what = what，sep = sep，quote = quote，dec = dec,）中的错误： 第1行没有2个元素 - user3827326