将Conda环境与Jupyter Notebook链接

Question

我正在尝试为使用Python进行科学研究设置良好的环境。为此，我安装了Jupyter和Miniconda。

然后，我想能够拥有不同的环境并将它们与Jupyter笔记本一起使用。因此，我使用conda创建了两个自定义环境：py27和py35。

> conda env list
# conda environments:
#
py27                     /Users/***/miniconda3/envs/py27
py35                     /Users/***/miniconda3/envs/py35
root                  *  /Users/***/miniconda3

在我的笔记本电脑上，我有两个内核python 2和python 3。 在一个笔记本中，我使用python3内核得到以下结果：

> import sys
> print(sys.executable)
/Users/***/miniconda3/envs/py35/bin/python

并且这是使用Python2内核的情况：

> import sys
> print(sys.executable)
/usr/local/opt/python/bin/python2.7

• 如何将sys.executable设置为Python2的miniconda环境？
• 如何将conda环境与notebook内核绑定？
• source activate py35和jupyter notebook有关系吗？

我觉得我确实错过了什么。

谢谢大家。

--- 编辑

我有多个jupyter二进制文件：

> where jupyter
/usr/local/bin/jupyter
/usr/local/bin/jupyter
/Users/ThomasDehaeze/miniconda3/bin/jupyter

这里只有一个内核 /usr/local/share/jupyter/kernels/python2。 但在Jupyter内部，我有两个内核，python2和python3。我该在哪里找到另一个内核?

---

我修改了/usr/local/share/jupyter/kernels/python2中的kernel.json：

{
 "display_name": "Python 2",
 "language": "python",
 "argv": [
  "/Users/***/miniconda3/envs/py27/bin/python2.7",
  "-m",
  "ipykernel",
  "-f",
  "{connection_file}"
 ]
}

接着：

import sys
print(sys.executable)
/usr/local/opt/python/bin/python2.7

所以没有任何改变。

- tdehaeze

---

这可能会有所帮助，它允许您选择在ipython中运行内核的环境：https://groups.google.com/a/continuum.io/forum/m/#!topic/anaconda/RuSpZVPEio8 - Quantum_Oli

谢谢，我会研究一下。 - tdehaeze

请看我在这里的回答: https://dev59.com/Gl0a5IYBdhLWcg3wTHFt - 您可能想要使用--name参数的提示。 - cel

参见：https://dev59.com/_FMH5IYBdhLWcg3w1Dn0 - lumbric

Answer 1

我建议您使用一个更简单和适当的解决方案来处理Anaconda；只需查看nb_conda_kernels package即可。

它允许您在Jupyter Notebook中“管理基于conda环境的内核”。

自Anaconda版本4.1.0以来，应该已经包含了它，否则只需使用。

conda install nb_conda

现在您应该能够直接从笔记本界面管理所有内容。

请注意，仅安装了Jupyter内核的环境才能工作（对于Python来说，是`ipykernel`包）。这是从`nb_conda_kernels` GitHub页面引用的。

Any other environments you wish to access in your notebooks must have an appropriate kernel package installed. For instance, to access a Python environment, it must have the ipykernel package; e.g.

conda install -n python_env ipykernel

- 5agado

---

这个软件包很好用！你只需要在激活环境时安装它。该环境会立即显示在笔记本的新菜单选择中。因此，您需要对想要添加到列表中的每个环境执行此操作。 - omasoud

安装nb_conda的缺点是会使conda环境杂乱无序。有什么解决方法吗？ - Quickbeam2k1

@Quickbeam2k1，你只需要将它安装到你正在运行Jupyter笔记本的环境中。这样可以让你将Jupyter安装到根环境中，并在各种其他环境中运行笔记本，而无需在每个环境中都安装Jupyter。 - shadowtalker

他们改了什么吗？上次我尝试过，由于nb_conda内核与Jupyter的依赖关系，这是不可能的。 - Quickbeam2k1

今天（2018年2月1日）我尝试安装了nb_conda在根环境中，所有的环境都出现在Jupyter笔记本文件浏览器的内核列表中，无需在其他环境中安装nb_conda_kernels。 - Leo

Answer 2

假设您的 conda-env 名称为 cenv，那么只需简单执行以下操作:

    $ conda activate cenv
    (cenv)$ conda install ipykernel
    (cenv)$ ipython kernel install --user --name=<any_name_for_kernel>
    (cenv($ conda deactivate

如果您重新启动jupyter笔记本/实验室，您将能够看到可用的新内核。

PS：如果您正在使用virtualenv等，上述步骤仍然适用。

- Nihal Sangeeth

---

这是我一直使用的方法。但是，当我在conda环境中安装openjdk时，它无法正常工作。通常在激活环境时会设置JAVA_HOME，但在安装为ipython内核时却没有发生。对于这种情况有什么想法吗？ - WilliamEllisWebb

是否建议为ipykernel本身创建一个独立的conda环境，并从那里安装所有内核，而不是一个环境对应一个ipykernel？ - VimNing

Answer 3

我不确定还有什么其他方法可以帮助，但对我来说至关重要的是在根conda环境中安装nb_conda_kernels。 尝试在特定的conda环境中安装它并没有使Jupyter Notebook能够使用除默认环境之外的其他conda环境。

conda install -n root nb_conda_kernels

jupyter notebook

- vedrano

---

是的。我也不得不这样做，尽管这有点违反直觉，因为 nb_conda 只应该放在你想要作为内核的 envs 中。 - kett

Answer 4

我找到了解决方法。内核设置位于此处：~/Library/Jupyter/kernels/。

然后，我修改了kernel.json文件，并将正确的路径设置为Python。

现在它可以正常工作了。

- tdehaeze

---

哎呀，手动修改kernel.json文件只是暂时解决了你的问题（就像用胶带修补一样）。当你创建下一个环境时，你会遇到同样的问题。我不建议将其视为“解决方案”。 - undefined

Answer 5

这对我有用：

source activate {environment_name}
python -m ipykernel install --user --name={environment_name};

如果未安装ipykernel，请使用以下命令：

conda install -c anaconda ipykernel

- Armughan Shahid

Answer 6

如果您使用来自Docker镜像（例如jupyter/scipy-notebook）的Jupyter笔记本，则可以将挂载的conda环境用作内核。

1. 使用以下命令挂载conda环境：

docker run -d -v "/opt/anaconda/envs:/opt/conda/envs" -p 10000:8888 jupyter/scipy-notebook

2. 从Jupyter终端在基础环境中安装nb_conda_kernels：

(base) jovyan@NUM:~$ conda install nb_conda_kernels

3. 激活应该使用的已挂载卷的环境（必须先创建）：

(base) jovyan@NUM:~$ conda activate useEnv

4. 在useEnv中安装ipykernel：

(useEnv) jovyan@NUM:~$ conda install -c anaconda ipykernel

5. 安装内核

(useEnv) jovyan@NUM:~$ python -m ipykernel install --user --name=useEnv

然后您可以在jupyter笔记本中选择新安装的内核useEnv。

注意：对于我来说，不是很清楚从5agado的接受答案中需要在哪里安装软件包nb_conda_kernels和ipykernel，以及如何在docker化的jupyter笔记本终端内部使用它。

- vielfarbig

Answer 7

我成功的方法是：创建虚拟环境，安装ipykernel，将虚拟环境注册到jupyter内核中并加载jupyter笔记本。

$ conda create -n testEnv python=3.6
$ conda activate testEnv
(testEnv)$ conda install ipykernel
(testEnv)$ ipython kernel install --user --name=testEnv
(testEnv)$ jupyter notebook

接下来，在Jupyter Notebook中，您应该能够在其他内核列表中找到已创建的环境。

- pari