使用RStudio时出现rJava包加载错误（可能是LD_LIBRARY_PATH问题）

Question

我遇到了与这个问题讨论的相同错误信息，它归结为：

Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
  call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
  error: unable to load shared object '/home/anh/Rlibs/rJava/libs/rJava.so':
  libjvm.so: cannot open shared object file: No such file or directory

问题在于按照该答案的做法(即将LD_LIBRARY_PATH设置为指向libjvm.so)解决了我在命令行R中的问题，但Rstudio仍然找不到libjvm.so。

系统规格: Ubuntu 14.04, R 3.1.1, Rstudio Desktop 0.98, 已经执行了apt-get install r-cran-rjava。

- Heisenberg

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RStudio不运行R代码，它是一个集成开发环境。R仍然运行代码。如果有RStudio特定的问题，您可能需要使用他们的支持论坛。这个问题似乎已经在那里得到了解决。链接 - hrbrmstr

@hrbrmstr - 不允许访问论坛上的该区域。 - John M

Answer 1

感谢@hrbrmstr的评论，我在RStudio支持论坛中搜索了LD_LIBRARY_PATH并找到了这个解决方案。

问题归结为Rstudio无法找到libjvm.so。我在/etc/environment中设置了LD_LIBRARY_PATH，因此可以通过终端R加载library(rjava)。但是，Rstudio不会查看etc/environment，因此不知道LD_LIBRARY_PATH。

要点：在~/.profile中设置LD_LIBRARY_PATH，使其对所有桌面应用程序可用（如Ubuntu wiki article on persistent environment variable所建议）。

export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/jvm/java-7-oracle/lib/amd64:/usr/lib/jvm/java-7-oracle/jre/lib/amd64/server

那么

sudo R CMD javareconf

- Heisenberg

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实际上，在Ubuntu中你不能在.profile文件中设置LD_LIBRARY_PATH。你只能在交互式shell中设置它。更多信息请参考：https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/xorg/+bug/366728 和 https://help.ubuntu.com/community/EnvironmentVariables。除此之外，答案是正确的。 - haddr

Answer 2

好的。您所提供的Heisenberg建议对我来说是可行的，尽管我在~/.profile中放置的具体命令是：

export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/jvm/default-java/jre/lib/amd64:/usr/lib/jvm/default-java/jre/lib/amd64/server

现在我可以在R命令行和Rstudio中加载rJava。感谢这个提示！

- Sam