“rjags”软件包安装时出现非零退出状态

Question

S.O.: Linux Ubuntu 14.04 LTS R: R版本3.2.1（2015-06-18）--“ World-Famous Astronaut” 版权所有（C）2015年统计计算基金会 平台：i686-pc-linux-gnu（32位）

当我尝试安装rjags包时，出现以下致命错误：

install.packages("rjags")
Installing package into ‘/home/marco/.rkward/library’
(as ‘lib’ is unspecified)
--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---
trying URL 'http://mirrors.softliste.de/cran/src/contrib/rjags_3-15.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 66879 bytes (65 KB)
==================================================
downloaded 65 KB

* installing *source* package ‘rjags’ ...
** package ‘rjags’ successfully unpacked and MD5 sums checked
checking for prefix by checking for jags... no
configure: error: "Location of JAGS headers not defined. Use configure arg '--with-jags-include' or environment variable 'JAGS_INCLUDE'"
ERROR: configuration failed for package ‘rjags’
* removing ‘/home/marco/.rkward/library/rjags’

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpditLat/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages("rjags") :
  installation of package ‘rjags’ had non-zero exit status

显然，第一个错误信息是

configure: error: "未定义 JAGS header 的位置。使用 configure 参数 '--with-jags-include' 或环境变量 'JAGS_INCLUDE'"

我该如何解决这个问题？

- Marco Scazzocchio

---

你有什么问题？ - EnriMR

你需要在系统中安装jags（一种用于贝叶斯MCMC模拟的简单吉布斯采样器）。在Ubuntu 14.04上，可以使用命令sudo apt-get install jags进行安装。 - user3710546

Answer 1

正如一位顶级评论所解释的那样，您需要在系统中安装JAGS（Just Another Gibbs Sampler）。由于您使用的是Ubuntu 14.04，因此运行以下命令：

sudo apt-get install jags

这应该足够了。但是，如果你使用的是另一个发行版（或者由于某种原因，上面的代码对你无效），知道如何从源代码获取JAGS是个好主意：

1. 访问http://mcmc-jags.sourceforge.net/
2. 在“下载”下查找适当的版本。例如，Fedora用户应该在http://download.opensuse.org/repositories/home:/cornell_vrdc/的Fedora_20文件夹中查找。
3. 别忘了下载基础和开发版本。

安装成功后，您可以返回R（在整个过程中都可以保持打开状态），然后安装所需的软件包。

- Waldir Leoncio

---

+1。值得注意的是 - 我从源代码构建了jags到非标准位置（我在服务器上没有root访问权限），并且必须使用以下样式安装runjags（我猜rjags会类似）：install.packages("runjags", configure.args = c("--with-jags-include={path_to_jags}/include/JAGS", "--with-jags-lib={path_to_jags}/lib"))。 - Hobo

Answer 2

对我来说，首先，我通过终端与jags安装进行了合作：

sudo apt-get install jags 

然后

install.packages("rjags") 

错误已消失。

- Juannes

Answer 3

1) 如有必要，请下载并安装R（https://www.r-project.org/），以及可能需要的用户界面，如R Studio（在此处查看有关使用R入门的提示）。 2) 根据操作系统要求下载并安装JAGS。（http://mcmc-jags.sourceforge.net/） 3) 安装其他R包：例如，在R中安装.packages（“rjags”）。特别是我使用rjags软件包与JAGS进行接口，并使用coda处理MCMC输出。

- erptocoding