在使用RStudio编写R包时，编译Rcpp代码时出现错误

Question

我正在使用Rstudio创建一个软件包，并探索使用Rcpp软件包来访问C++代码，但是当尝试构建该软件包时，会抛出以下错误:

致命错误：Rcpp.h：没有那个文件或目录

当考虑在src文件夹中的独立的C++文件时，显然是指在.cpp文件头部的#include <Rcpp.h>指令，内联C++代码编译良好。

我认为这可能与环境变量有关，有人知道在运行Ubuntu 12.04 LTS环境下的Rstudio的正确配置和如何修复吗？

从RStudio IDE内执行 sourceCpp('./src/xyz.cpp') 命令的执行结果与预期相符，当执行 Build and Reload时才会抛出错误。

- Nicholas Hamilton

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你考虑过在RStudio的论坛上发布这个问题吗？他们通常很快并且响应迅速。 - Ricardo Saporta

看，我们中的许多人在Ubuntu上使用Rcpp，无论是否使用RStudio，它都可以正常工作。不过，你的问题有点含糊不清。 - Dirk Eddelbuettel

Answer 1

没有可用的包很难说。我猜你缺少：

LinkingTo: Rcpp

在你的DESCRIPTION文件中。

- Romain Francois

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在添加了这个之后，并创建了一些符号链接到Rcpp安装目录，问题得到解决。谢谢。 - Nicholas Hamilton

你不应该需要任何符号链接，过度使用它们很可能会在之后造成问题。另外：尝试使用Rcpp.package.skeleton()并比较生成的包。 - Dirk Eddelbuettel

Answer 2

你是否偶然使用了RStudio中的“创建包”？如果是这样，你是否知道可能错过了其类型为“使用Rcpp创建包”的选项？

请参阅RStudio官网上关于使用Rcpp的页面，特别是关于包构建的最后一节。

此外，我们还写了一个完整的示例关于如何在自己的程序包中使用Rcpp，建议您也可以查看一下。

- Dirk Eddelbuettel

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嗨，Dirk，谢谢你的回复。当我尝试使用useDynLib（MYPACKAGE）时，似乎出现了另一个奇怪的错误，报告未定义的引用“dgetrf_”，你有什么想法吗？ - Nicholas Hamilton

不好意思，由于您坚持不发布代码，我无法提供任何帮助。请将一个可重现的示例发送到rcpp-devel邮件列表中。 - Dirk Eddelbuettel

并不是这样，我只是在准备一个最小化可复现示例（MWE），我的软件包里有很多东西，所以除了创建一个有效的空项目之外，其他方式都很困难。无论如何，结果证明罪魁祸首是RcppArmadillo软件包，具体来说，是因为某种原因调用了行列式函数，不确定为什么。 - Nicholas Hamilton

Answer 3

这是因为您的GCC已经更新，与安装R时的版本不同。我也遇到了同样的问题。

我使用以下命令删除了“Rccp”软件包：

remove.packages("Rcpp")

然后您需要重新安装它。只需运行以下命令：

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("Rcpp")

- mpourreza

Answer 4

我在尝试在Ubuntu 14系统上安装“xml2”包时遇到了相同的症状（Rcpp.h: No such file or directory）。在我的情况下，根本原因似乎是“Rcpp”包的安装有问题。有些文件在那里（Rcpp/libs），但其他文件不在（Rcpp/include）。我不确定系统如何进入此状态，但我怀疑该包的安装在一半时终止。重新安装“Rcpp”包为我解决了这个问题。

- gcbenison