如何在R中使用foreach循环导出多个函数或包？

Question

我正在尝试通过在R中使用doParallel包来减少代码运行时间。

我调用了一个名为awareRateSIR的函数，并在该函数体内使用了一些额外的包。我遇到了一些错误，例如

找不到函数"vcount"和..

我知道vcount是igraph包中的一个函数，它被用在awareRateSIR中。但这并不是唯一的函数。我该怎么解决这个问题？我想应该传递我函数awareRateSIR中使用的所有包的名称，但我不知道如何在foreach中导出多个函数或如何导出多个包的名称。

这是我的代码：

tp<-foreach(i=1:iter,  .inorder = FALSE, .export = "awareRateSIR",
          .packages = "igraph", .packages="doParallel")%dopar%{
tp <- awareRateSIR(graphContact, graphCom,state)
return(tp)
}

如果我不通过这些程序包，我的代码会报错，显示某些函数未知。但是，如果我通过所有的程序包，又会出现错误：

Error in foreach(i = 1:iter, .inorder = FALSE, .export = "awareRateSIR", : 实际参数中有多个匹配了形式参数“.packages”

提前感谢。

- ElhamMotamedi

Answer 1

你应该使用以下方式使用函数，传递所需的所有包：

tp<-foreach(i=1:iter,  .inorder = FALSE, .export = "awareRateSIR",
          .packages = c("igraph", "doParallel"))%dopar%{
tp <- awareRateSIR(graphContact, graphCom,state)
return(tp)
}

- Kumar Manglam

Answer 2

通常，在使用 foreach 循环时，您不需要导出任何变量、函数或包。

对于变量和函数，它们只需要在 foreach 语句所在的相同环境中即可（最好是制作一个函数，只传递所需内容）。

当需要从其他包中调用函数时，只需像在包内部一样使用 package::function。

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例如，您可以执行以下操作

library(doParallel)
registerDoParallel(cl <- makeCluster(3))

df <- iris

foreach(spec = unique(iris$Species)) %dopar% {
  dplyr::filter(df, Species == !!spec)
}

stopCluster(cl)

- F. Privé

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你能否举些例子详细说明最后一点？因为我目前遇到了一个确切的问题，我尝试在多个函数上使用foreach，而每个函数都包含许多其他子函数。 - user177196

@user177196 请查看我的编辑。 - F. Privé