微合成函数出现错误 "if (dum <= dum1 + 1) { : missing value where TRUE/FALSE needed"。

Question

有人能帮我弄清楚为什么我在使用 microsynth 函数时会出现错误代码吗？

我认为我已经按照教程的描述准确地设置了数据，包括一个ID变量、一个时间变量（数值型）和一个二元治疗变量。

当我运行以下代码时：

cov.var <- c("age", "sex", "ethgr2", "hh_size", "country_4", 
             "inc_imp", "nssec4", "ten1", "num_adult")
match.out <- c("ov_1", "ov_2", "ov_3", "ov_4")

synth1 <- microsynth(DS, 
                   idvar="seriali", timevar="year_2", intvar="treated", 
                   start.pre=1, end.pre=6, end.post=9, 
                   match.out=match.out, match.covar=cov.var, 
                   result.var=match.out, omnibus.var=match.out,
                   test="lower",
                   n.cores = min(parallel::detectCores(), 2))

我遇到了这个错误：

Error in if (dum <= dum1 + 1) { : missing value where TRUE/FALSE needed

R没有提供错误发生位置的回溯信息。此外，在查看函数源代码时，我无法看到我可以提供TRUE/FALSE的位置。

我尝试按照 microsynth 教程来查看是否能够重现错误。然而，我得到了不同的错误。

data(seattledmi)
set.seed(99199)
cov.var <- c("TotalPop", "BLACK", "HISPANIC", "Males_1521", "HOUSEHOLDS", 
             "FAMILYHOUS", "FEMALE_HOU", "RENTER_HOU", "VACANT_HOU")
match.out <- c("i_felony", "i_misdemea", "i_drugs", "any_crime")
sea1 <- microsynth(seattledmi, 
                   idvar="ID", timevar="time", intvar="Intervention", 
                   start.pre=1, end.pre=12, end.post=16, 
                   match.out=match.out, match.covar=cov.var, 
                   result.var=match.out, omnibus.var=match.out,
                   test="lower",
                   n.cores = min(parallel::detectCores(), 2))
sea1

Error in colnames(newdat) : object 'newdat' not found

任何建议都将不胜感激！

- jparnham

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当我尝试这个例子时，我遇到了和你一样的错误。你应该在GitHub上告诉开发者这个问题，也许这会修复你的错误，但也有可能这个包仍然是实验性的。如果你真的想要解决这个问题，你应该尝试使用debug()或debugonce()。这可能会更有帮助给开发者。 - Dan Chaltiel

啊，有趣。我会做的。谢谢你的帮助！ - jparnham

当我尝试使用我的数据集时，我遇到了同样的问题。我收到了这个错误信息，但不知道它的含义。即使将我的数据转换为“data.frame”，问题仍然存在。 - cach dies

Answer 1

调试代码后，发现 microsynth 处理 tibble 对象时存在一些问题；至少第二个错误明确来自此处：函数 newreshape 尝试运行 time.tmp <- data[,timevar]，但当应用于 tibble 时，它不会提取矢量（这将导致进一步的问题）-- 应该是例如 time.tmp <- dplyr::pull(data, timevar)。

即使修复了这个问题，仍然存在更多错误，因此我建议在运行代码之前将数据转换为 data.frame，这对我有效：

sea1 <- microsynth(as.data.frame(seattledmi), 
               idvar="ID", timevar="time", intvar="Intervention", 
               start.pre=1, end.pre=12, end.post=16, 
               match.out=match.out, match.covar=cov.var, 
               result.var=match.out, omnibus.var=match.out,
               test="lower",
               n.cores = min(parallel::detectCores(), 2))

这有帮助吗？

- greenuser

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虽然这对于这个特定的情况可以工作，但问题不仅在于数据的类别，当我使用自己的数据时，尽管它是一个 data.frame，但仍然出现相同的错误。 - cach dies

Answer 2

当您的数据中存在缺失观测时，就会出现此错误。以下是使用seattledmi数据集产生错误的最小代码示例：

library(microsynth)

# Delete the fifth row of the seattledmi data set
mySeattledmi <- seattledmi[-c(5),]

# Define variables as in the microsynth tutorial
cov.var <- c("TotalPop", "BLACK", "HISPANIC", "Males_1521", "HOUSEHOLDS", 
             "FAMILYHOUS", "FEMALE_HOU", "RENTER_HOU", "VACANT_HOU")
match.out <- c("i_felony", "i_misdemea", "i_drugs", "any_crime")

# Run microsynth using the mySeattledmi data and all other parameters set equal to
# ... the values used in Example 1 of the microsynth tutorial
sea5 <- microsynth(mySeattledmi, 
                   idvar="ID", timevar="time", intvar="Intervention", 
                   start.pre=1, end.pre=12, end.post=16, 
                   match.out=match.out, match.covar=cov.var, 
                   result.var=match.out, omnibus.var=match.out,
                   test="lower",
                   n.cores = min(parallel::detectCores(), 2))

发生的情况是，microsynth的newreshape函数创建了一个矩阵，其中包含数据中intvar列的值。该矩阵的尺寸为n乘以t，其中n等于id的数量，t等于数据中的时间段数，例如，在seattledmi数据中，n = 9642，t = 16。如果有任何缺失观测值，则该矩阵将包含NA。这导致if (dum <= dum1 + 1)中的dum的值评估为NA，从而导致错误消息。

解决问题的一种方法是消除包含缺失值的任何处理或对照组。继续上一个示例，以下代码删除与具有少于16个（即end.post - start.pre + 1）观测值的ID相关联的mySeattledmi数据中的任何观测值。

library(dplyr)

nobsById <- mySeattledmi %>% group_by(ID) %>% summarize(nobs = n())
mySeattledmi2 <- mySeattledmi %>% subset(!(ID %in% nobsById[nobsById$nobs < 16, 1][[1]]))

# Call microsynth again this time with mySeattledmi2
sea6 <- microsynth(mySeattledmi2, 
                   idvar="ID", timevar="time", intvar="Intervention", 
                   start.pre=1, end.pre=12, end.post=16, 
                   match.out=match.out, match.covar=cov.var, 
                   result.var=match.out, omnibus.var=match.out,
                   test="lower",
                   n.cores = min(parallel::detectCores(), 2))

- epkost