GNU Parallel 两个参数用法

Question

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我有一个C Shell脚本，其中有一个名为$hosts_string的变量，其格式如下：

host1,host2,...,hostN

我还有一个名为$chrs_string的变量，其格式为：

chr1,chr2,...,chrM

我还有一个变量叫做$inputFn，它指定了我需要处理的文本文件。

我想要做的是让每个主机在$chrs_string的每个成员上运行一个名为doStuff的命令，以$inputFn作为输入文件名参数。

我尝试了以下方法：

parallel -S $hosts_string 'doStuff {1} {2} > {1}' ::: {$chrs_string} ::: {$inputFn}

如果这个方法行得通的话，它应该可以通过doStuff命令创建chr1到chrM的文件作为输出，但我什么也没有得到。并行执行没有发出错误，但没有输出。

如果我不使用parallel，那么这个命令本身就可以正常工作，所以问题不在于命令，而在于我如何指定parallel的参数。

为了确认这一点，我尝试了以下操作：

parallel -S $hosts_string 'echo {1} {2} > {1}' ::: {$chrs_string} ::: {$inputFn}

如果这个可以工作，而$inputFn是（例如）/foo/bar，那么我将得到（例如）一个名为chr1的文件，其中包含字符串：

chr1 /foo/bar

我该如何调整parallel命令，以便正确地循环遍历每个$chrs_string和$inputFn的组合？

- Alex Reynolds

1个回答

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可以查看英文原文，
原文链接

- Ole Tange · Accepted Answer

你很接近了。你只是忘记了 ::: 不同于 ::::

parallel -S $hosts_string 'echo {1} {2} > {1}' ::: {$chrs_string} :::: {$inputFn}

如果您只想在echo中获取文件名，可以这样做：

parallel -S $hosts_string echo '{1}' {$inputFn} '> {1}' ::: {$chrs_string}