构建R包时出现警告信息：无效的uid值被替换为用户“nobody”的值。

Question

我正在使用R CMD build ABC构建R包时，收到了以下警告信息：

* building ‘milonga_1.0.tar.gz’
Warning: invalid uid value replaced by that for user 'nobody'

我不知道这是什么意思。能否有人给一个简短的解释吗？

- David Z

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你有没有搜索过这个问题？似乎答案已经在这里了... https://www.google.com/search?q=Warning%3A+invalid+uid+value+replaced+by+that+for+user+%27nobody%27&oq=Warning%3A+invalid+uid+value+replaced+by+that+for+user+%27nobody%27&aqs=chrome..69i57j69i58.415j0j7&sourceid=chrome&es_sm=122&ie=UTF-8 - cory

通常情况下，这个页面现在是谷歌上的热门搜索结果，前面的评论看起来有些愚蠢。 - rsoren

Answer 1

我经常遇到这个问题。简而言之，你可以忽略它，这与tar文件不能可移植地允许用户ID大于32767有关，但某些系统上的用户ID大于此值。

在Winston Chang的Github R源代码镜像中搜索代码，可以找到src/library/utils/R/tar.R中的这段代码：

 uid <- info$uid
 ## uids are supposed to be less than 'nobody' (32767)
 ## but it seems there are broken ones around: PR#15436
 if(!is.null(uid) && !is.na(uid)) {
      if(uid < 0L || uid > 32767L) {invalid_uid <- TRUE; uid <- 32767L}
      header[109:115] <- charToRaw(sprintf("%07o", uid))
 }

这里有一个参考bug报告的链接，以及在devtools问题列表中的其他讨论。

查看我的系统上的/etc/passwd，显示我有用户ID 56347。

  

bolker：x：56347：1001：Ben Bolker，，，，：/home/bolker：/bin/bash

维基百科说：

  

POSIX要求UID为整数类型。大多数类Unix操作系统将UID表示为无符号整数。UID值的大小因不同系统而异；一些UNIX OS [哪些？] 使用了15位值，允许达到32767个值，而其他系统（例如Linux）支持16位UID，使65536个唯一ID成为可能。大多数现代类Unix系统已经转换为32位UID，允许4,294,967,296（232）个唯一ID。

并且

  

为了在16位和32位UID之间保持兼容性，许多Linux发行版现在将其设置为2 ^ 16−2 = 65,534；当32位UID不适合16位系统调用的返回值时，Linux内核默认返回此值。【11】

Brian Ripley说

  

tarball只能存储到'nobody'（通常为32767）的uid，而且大于该范围的将无法在其他工具上移植。尽管先前没有出现警告，但生成的tarball可能会在使用其他工具解压缩时引起问题。

我找不到更多关于此的文档（除了维基百科说有15位uid的Unix系统存在）。 GNU tar页面似乎给出了uid作为长度为8的字符类型...

- Ben Bolker

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谢谢，@Ben！比我从谷歌搜索得到的信息更有帮助。 - David Z

在你的 ~/.Renviron 文件中设置 R_BUILD_TAR=tar 可能会消除这些警告，因为它将使用比 R 自身内置的更现代的 tar 工具。有关详细信息，请参见我的完整答案（下文）。 - HenrikB

CRAN会允许我们“忽略”这个警告吗？ - Jessica Burnett

我相信是这样的。我一直都可以忽略它（并且已经提交了多个软件包到CRAN）。 - Ben Bolker

Answer 2

为了进一步澄清Ben Bolker的精准解释并提供解决方法，这仅适用于uid或gid大于32767的用户，例如。

$ id --user
60839   # <= causes the warning

$ id --group
900     # <= OK

当使用utils::tar()时，会出现此警告，并使用内置的tar函数，默认情况下是这样。警告是在内部函数中产生的。这些警告最常见的原因是我们构建R包的时候，例如：R CMD build pkgname。

不容易发现，但从help("build", package="utils")中可以了解到，可以通过环境变量R_BUILD_TAR覆盖内部tar函数。因此，对于Linux和macOS上的用户，请设置：

R_BUILD_TAR=tar

在你的~/.Renviron文件中添加以下内容。这将使R CMD build使用你PATH上的tar工具，并且很可能该tar工具将接受大于32767的UID和GID。例如，对于CentOS 7附带的tar工具来说是这样的：

$ tar --version | head -1
tar (GNU tar) 1.26

PS. help("build", package="utils") 还提到了 R_INSTALL_TAR。当使用 R CMD check (sic!) 时，它似乎会发挥作用，因此我不确定设置它是否明智。例如，当您在本地检查软件包时，在 tarballs 中出现过长的文件名时，您可能不会收到警告，但当您提交到 CRAN 时将失败。

- HenrikB

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使用 R_BUILD_TAR=tar --format=gnu 命令来抑制 "Warning in untar2(tarfile, files, list, exdir, restore_times) : using pax extended headers" 警告。 - bers