Rstudio-server环境变量未加载？

Question

我正在尝试在Cloudera的hadoop发行版上运行rhadoop（我记不清是CDH3还是4），但遇到了一个问题：Rstudio服务器似乎无法识别我的全局变量。

在我的/etc/profile.d/r.sh文件中，我有如下内容：

export HADOOP_HOME=/usr/lib/hadoop
export HADOOP_CONF=/usr/hadoop/conf
export HADOOP_CMD=/usr/bin/hadoop
export HADOOP_STREAMING=/usr/lib/hadoop-mapreduce/

当我从终端运行R时，会得到以下信息：

> Sys.getenv("HADOOP_CMD")
[1] "usr/bin/hadoop"

但是当我运行Rstudio服务器时：

> Sys.getenv("HADOOP_CMD")
[1] ""

因此，当我尝试运行rhdfs时：

> library("rJava", lib.loc="/home/cloudera/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/2.15")
> library("rhdfs", lib.loc="/home/cloudera/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/2.15")
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rhdfs', details: 
    call: fun(libname, pkgname)
    error: Environment variable HADOOP_CMD must be set before loading package rhdfs
Error: package/namespace load failed for 'rhdfs'

如果不是在那个特定的 r.sh 文件中设置环境变量，有人知道我应该把它们放在哪里吗？

谢谢！

- AI52487963

Answer 1

您应该在.Renviron或Renviron.site中设置您的环境变量。我认为这些文件定义在R_HOME/etc/Renviron.site下面。您可以输入以下内容获取更多信息：

> ?Startup

有人遇到了类似的问题这里，他解决的方法如下。

- Charles Menguy

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对我有用，我在/usr/lib/R/etc/Renviron中添加了SOMEVAR = /somepath。 R.home() =“/usr/lib/R”。 我重新启动了RStudio，Sys.getenv('SOMEVAR')正确找到了变量。 - user1609452

顺便说一句，那个“here”链接目前已经过时了，我同意@AI52487963的看法，对于新手来说，“?Startup”文档并不是很有帮助。 - James Tobin

如果有帮助的话，当你将新的环境变量添加到Renviron中，并重新启动rstudio服务器时，当你使用system("env")时，可能最初看不到额外的环境变量。然而，当你至少在重新启动rstudio服务器后切换一次项目时，当你调用system("env")时，你应该会看到你添加的新环境变量。 - FXQuantTrader

这个解决方案适用于我使用的RStudio服务器。谢谢！ - akunyer

不幸的是，这会在启动R之后设置环境变量，而不是在启动之前设置，这意味着控制应用程序启动的环境变量将被忽略。似乎在免费版本的RStudio Server中没有解决方法，只有专业版才有。 - Konrad Rudolph

Answer 2

请注意，在Windows系统中，R软件会在/Users/<name>/Documents寻找.Renviron文件，但是RStudio似乎期望该文件在/Users/<name>/目录下。

- Martijn Schuemie

Answer 3

你应该在Rstudio中设置环境变量，例如

Sys.setenv("/path to hadoop")

然后你可以尝试这样做

- user3273633

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这是解决路径问题的有效方法，但请注意正确的语法应该是 Sys.setenv(HADOOP_CMD="/path/to/hadoop")。 - FvD