如何查看R语言中.Internal或.Primitive函数的源代码？

Question

这两个选项都没有显示pnorm函数的源代码，

stats:::pnorm
getAnywhere(pnorm)  

我该如何查看pnorm函数的源代码？

sum
 (..., na.rm = FALSE)  .Primitive("sum")
.Primitive("sum")
function (..., na.rm = FALSE)  .Primitive("sum")
methods(sum)
no methods were found

那么，我如何查看sum函数的源代码呢？

- Bqsj Sjbq

Answer 1

pnorm 的 R 源代码如下：

function (q, mean = 0, sd = 1, lower.tail = TRUE, log.p = FALSE) 
.Call(C_pnorm, q, mean, sd, lower.tail, log.p)

所以，从技术上讲，输入"pnorm"确实会显示源代码。然而，更有用的是：`pnorm`的核心是用C编写的，所以在前一个问题中的建议在R中查看源代码只是次要有用的（大部分集中在命名空间中隐藏的函数上）。

Uwe Ligges在R新闻文章中，访问源代码（第43页）是一个很好的参考资料。从那份文件中可以得到以下信息：

当查看R源代码时，有时会出现对以下函数之一的调用：.C()、.Call()、.Fortran()、.External()、.Internal()和.Primitive()。这些函数是调用编译代码中的入口点，如共享对象、静态库或动态链接库。因此，如果需要完全理解代码，就必须查看编译代码的源代码。 ... 第一步是在文件‘$R HOME/src/main/names.c’中查找入口点，如果调用的R函数是.Primitive()或.Internal()。下面的示例中就是这样做的，该示例实现了‘simple’ R函数sum()。 （重点是因为您询问的确切函数（sum）在Ligges的文章中有所涉及。）

根据您对代码的深入程度的要求，下载并解压源代码可能是值得的，正如Ligges所建议的那样（例如，您可以使用命令行工具如grep来搜索源代码）。如果只是进行一般的检查，您可以通过R的Subversion服务器或Winston Chang的github镜像或R-svn github镜像在线查看源代码（这里的链接是具体指向src/nmath/pnorm.c）。（要猜测正确的查找位置src/nmath/pnorm.c，需要对R源代码的结构有一定的了解。） mean和sum都是在summary.c中实现的。

- Ben Bolker

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它与 pnorm 不属于同一类别。请尝试使用 mean.default 进行 R 代码，并使用 https://github.com/wch/r-source/blob/trunk/src/main/summary.c 进行 C 代码。并且确保阅读上面链接的 Uwe Ligges 的文章！ - Ben Bolker

仅作为对此答案的跟进：在C或Fortran中，函数名称可能需要特别小心。例如：我试图查找stl的源代码，它调用了这一行：z <- .Fortran(C_stl, x, n, as.integer(period), as.integer(s.window)。因此，我通过关键字C_stl搜索上面链接的Github镜像，但没有找到。然而，当我搜索stl时，有一个名为stl.f的文件，这就是我想要找的。要点是.c或.f文件名可能与被调用的函数名不完全相同。 - yuqli

我们什么时候应该使用 .Internal？ - skan

@skan，我不理解这个问题。终端用户基本上不应使用.Internal（我使用R已有大约20年的经验，并从未在自己的代码中使用过它，至少我没有记得...）。如果您有更具体/聚焦的问题，请随时发布一个新问题... - Ben Bolker

Answer 2

我知道这篇文章已经超过2年了，但我认为这可能对一些浏览此问题的用户有用。

我基本上只是复制了我的答案到这个类似的问题，以便它可以对一些想要探索C源代码的R用户可能会有用。

1. 首先，使用pryr，您可以使用show_c_source函数，在GitHub上搜索C源文件中相关的代码片段。适用于.Internal和.Primitive函数。

body(match.call)

# .Internal(match.call(definition, call, expand.dots))

pryr::show_c_source(.Internal(match.call(definition, call, expand.dots)))

这将带您到此页面，显示unique.c包含函数do_matchcall。

我已经整理了这个制表符分隔的文件，基于names.c文件，并使用文件内查找来确定源代码的位置。有些函数具有特定于平台的文件，还有一些其他文件与相关源代码有关。但对于其余的部分，至少对于当前版本（3.1.2），映射相当成熟。

- Dominic Comtois

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当我尝试查找system的C代码时，使用pryr::show_c_source(.Internal(system(x)))无法正常工作，出现了错误信息Error: Could not find entry for system。 - zhanxw

Answer 3

> methods(mean)
[1] mean.data.frame mean.Date       mean.default    mean.difftime   mean.IDate*    
[6] mean.POSIXct    mean.POSIXlt    mean.yearmon*   mean.yearqtr*  

   Non-visible functions are asterisked
> mean.default
function (x, trim = 0, na.rm = FALSE, ...) 
{
    if (!is.numeric(x) && !is.complex(x) && !is.logical(x)) {
        warning("argument is not numeric or logical: returning NA")
        return(NA_real_)
    }
    if (na.rm) 
        x <- x[!is.na(x)]
    if (!is.numeric(trim) || length(trim) != 1L) 
        stop("'trim' must be numeric of length one")
    n <- length(x)
    if (trim > 0 && n) {
        if (is.complex(x)) 
            stop("trimmed means are not defined for complex data")
        if (any(is.na(x))) 
            return(NA_real_)
        if (trim >= 0.5) 
            return(stats::median(x, na.rm = FALSE))
        lo <- floor(n * trim) + 1
        hi <- n + 1 - lo
        x <- sort.int(x, partial = unique(c(lo, hi)))[lo:hi]
    }
    .Internal(mean(x))
}
<bytecode: 0x155ef58>
<environment: namespace:base>

- IRTFM

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这似乎并没有回答原帖关于 pnorm 的问题，但是他们在下面的评论中提到了 mean -- 需要注意的是，这也会落入底层的 C 代码中（请参见我下面的评论）。 - Ben Bolker

确实。而且“正确答案”就是你之前给出的……请阅读Uwe Ligges在RNews上的文章。 - IRTFM