让一个R脚本从stdin读取或接受输入

Question

我知道如何让一个R脚本在给定文件名作为参数时执行我想要的操作，例如，如果我的R脚本叫做script并包含：

#!/usr/bin/Rscript 
path <- commandArgs()[1]
writeLines(readLines(path))

然后我可以从bash命令行运行：

Rscript script filename.Rmd --args dev='svg'

我成功地获取了filename.Rmd的内容并将其回显给了我。如果我不是传递像filename.Rmd这样的文件名作为上述参数，而是想从stdin中传递文本，我尝试修改我的脚本以从stdin读取：

#!/usr/bin/Rscript 
writeLines(file("stdin"))

但是我不知道如何构建这种情况下的命令行调用。我尝试将内容传送到管道中：

cat filename.Rmd | Rscript script --args dev='svg'

并且尝试重定向：

Rscript script --args dev='svg' < filename.Rmd

and either way I get the error:

Error in writeLines(file("stdin")) : invalid 'text' argument

我也尝试过open(file("stdin"))。我不确定是我构造R脚本有误还是命令行参数有误，或者两者都有误。

- cboettig

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可能是Piping stdin to R的重复问题。 - hrbrmstr

但是你的错误可能是使用 writeLines 来读取而不是 readLines。 - hrbrmstr

谢谢；使用readLines(file("stdin"))代替open(file("stdin"))解决了我的问题。 - cboettig

Answer 1

要将有用的内容传递给writeLines()函数的text参数，您需要从由file("stdin")创建的连接中读取文本。这应该可以工作。

#!/usr/bin/Rscript 
writeLines(readLines(file("stdin")))

- Gavin Simpson