R自动化程序用于在网络图中放置循环。

Question

我想绘制一个包含循环的圆形网络，即边的起点和终点在同一节点。如果节点之间有许多连接，则会出现问题，即循环始终绘制在右侧。这导致图形呈现非常不愉快。对于小型网络，可以手动解决此问题（例如，请参见此post）。

然而，对于可能不总是包含相同循环的大型网络，这变得更加困难。因此，我正在寻找一种自动化的方法（而不是上述手动过程），以始终将循环放置在网络的外部，以确保它们不会与绘图中的边重叠。

此问题的示例可能如下所示，其中特别是节点“g”，“h”，“i”以及在某种程度上“j”遭受此问题。该图仅限于包含权重大于5的边，以表明并非所有循环必须始终可用。

示例网络：

复制网络的代码：

# packages
library(ggraph)
library(igraph)

# create example data
set.seed(123)
adj_mat <- matrix(runif(100, 0, 10), nrow=10)
colnames(adj_mat) <- letters[1:10]

# create graph object and remove edges below threshold
g <- graph_from_adjacency_matrix(adj_mat, weighted = T, diag = T)
g <- delete.edges(g, which(E(g)$weight < 5))

# plot
ggraph(g, layout = "circle") +
  geom_edge_link() +
  geom_edge_loop() +
  geom_node_circle(aes(r=0.1), fill = "orange") +
  geom_node_text(aes(label = colnames(adj_mat))) +
  theme(aspect.ratio = 1)

- carl

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在此处添加您的投票：https://github.com/igraph/rigraph/issues/556 - Szabolcs

Answer 1

使用 geom_edge_loop 时，可以使用direction 美学来改变循环的方向。默认值为45度，但是您可以使用边缘的 from（或等效的 to）属性来指定它。对于您的循环布局，这些数字是从3点钟位置逆时针编号的，每个节点的正确角度将是 (from - 1) * 360 / length(g)：

ggraph(g, layout = "circle") +
  geom_edge_link() +
  geom_edge_loop(aes(direction = (from - 1) * 360 / length(g))) +
  geom_node_circle(aes(r = 0.1), fill = "orange") +
  geom_node_text(aes(label = colnames(adj_mat))) +
  theme(aspect.ratio = 1)

- Allan Cameron