从R包中导出环境

Question

我正在开发一个R包，它封装了rmongodb包并创建了一个开发者友好的接口，用于与MongoDB一起工作。该包在内部使用proto。

我想通过名为MongoDB的proto对象（一个环境）导出单个工厂方法，其定义如下：

MongoDB <- proto(
  new = function(., ...) {
    # Good stuff in here...
  }
)

在使用RStudio和devtools进行开发以及本地测试时，这似乎不是一个问题。然而，我遇到了几个问题：

- devtools::check() 坚持要在我的NAMESPACE文件中放置一个import(MongoDB)，这会导致R CMD check失败并显示“Namespace dependency not required: 'MongoDB'”。 - 当我删除此导入指令时，即使我手动添加export(MongoDB)，R CMD check在运行我的testthat测试时也会失败，并显示“object 'MongoDB' not found”。但是，在RStudio中，devtools::test()可以正常工作。

从R包中导出环境（proto对象）的推荐方法是什么？

更新：

根据 Gabor 的建议，我确保 MongoDB.Rd 将 MongoDB 声明为数据（链接来源）。但在测试中仍然出现了 MongoDB 不可见的失败（测试使用 testthat）。我的 DESCRIPTION 文件位于 此处，NAMESPACE 位于 此处。

- Sim

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您可能还想查看RMongo包，它使用Java驱动程序，并且具有比rmongodb包更高级的接口。 - Stennie

Answer 1

尝试这样做：

1. 在您的NAMESPACE文件中指定export("MongoDB")，以使MongoDB proto对象公开可用。
2. 在您的DESCRIPTION文件中指定LazyData: yes，以便在访问时自动加载。
3. 添加一个.Rd文件，将其记录为数据集。

然后它应该通过R CMD check。

- G. Grothendieck

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感谢你的建议，Gabor。我仍然因为同样的原因在check时失败了：在加载测试时找不到MongoDB。我已经更新了问题，并附上了Rd文件、DESCRIPTION和NAMESPACE的链接。 - Sim

@Sim，我已经使用我提到的3个点创建了软件包，它们都能正常运行，所以这很可能是你正在使用的开发环境出现了问题，而不是R本身出现了问题。你可能需要联系那些工具的维护者解决这个问题。 - G. Grothendieck

只是为了确保我理解正确：由于问题出现在测试中，您是否建议我与@hadley提出问题，并查看它是否与testthat（测试所在的位置）或devtools（在NAMESPACE中发出潜在错误指令）有关？ - Sim

Answer 2

这个指令：

import(MongoDB)

这意味着你将MongoDB命名空间导入到你的包中。如果我理解正确，这可能不是你想要的。

我认为你想要导出MongoDB对象，然后...

export(MongoDB) 

应该可以正常工作。

- Romain Francois

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没错。import语句是由devtools插入的，这不太好。唉，export(MongoDB)不起作用。 - Sim