Awk将处理两个文件的结果合并成一个文件

Question

我使用awk从两个不同的文件中提取和计算信息，并希望将结果合并到单个文件中的列中（例如，第一个文件的输出在列1和2中，第二个文件的输出在列3和4中）。

输入文件包含： file1

SRR513804.1218581HWI-ST695_116193610:4:1307:17513:49120 SRR513804.16872HWI ST695_116193610:4:1101:7150:72196    SRR513804.2106179HWI-
ST695_116193610:4:2206:10596:165949 SRR513804.1710546HWI-ST695_116193610:4:2107:13906:128004    SRR513804.544253

文件2

>SRR513804.1218581HWI-ST695_116193610:4:1307:17513:49120
TTTTGTTTTTTCTATATTTGAAAAAGAAATATGAAAACTTCATTTATATTTTCCACAAAG
AATGATTCAGCATCCTTCAAAGAAATTCAATATGTATAAAACGGTAATTCTAAATTTTAT
ACATATTGAATTTCTTTGAAGGATGCTGAATCATTCTTTGTGGAAAATATAAATGAAGTT
TTCATATTTCTTTTTCAAAT

为了解析第一个文件，我会这样做：

awk '
{
  s      = NF
  center = $1
}
{
  printf "%s\t %d\n", center, s
}
' file1

为了解析第二个文件，我这么做：

awk '
/^>/ {
    if (count != "")
      printf "%s\t %d\n", seq_id, count
    count  = 0
    seq_id = $0
    next
}

NF {
  long  = length($0)
  count = count+long
}
END{
  if (count != "")
    printf "%s\t %d\n", seq_id, count
}
' file2

我的临时解决方案是先创建一个临时文件，然后在第二步中覆盖它。有一种更加“优雅”的方法来获得这个输出吗？

- user2245731

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如果您的帖子能够使用格式工具正确地进行排版，并且超过平均水平，我们会给予加分。但是，如果您在帖子中包含最小样本输入、所需输出（当前输出、错误消息和对问题的当前思考，这些内容不适用于您的问题），您将获得最佳和最快的回复。请不要让我们猜测数据的外观！祝您好运。 - shellter

我不太清楚您目前的代码试图做什么，但通常使用awk来确定您正在处理的文件的方法是将“NR”（总行数）与“FNR”（当前文件中已看到的行数）进行比较。 话虽如此，最简单的方法可能是在事后使用“paste”，或者如果要确保列匹配，则使用“join”。 - Kevin

你必须使用awk吗？paste命令可以完全满足你的需求。 - Paul

非常抱歉，根据您提供的内容，我无法理解需要翻译的具体内容和所需输出的结果。请您提供更明确的信息，让我可以帮助您更好地完成翻译。 - Thor

使用 [taq:paste]，我需要将每个操作的输出保存在不同的文件中，然后合并它们，对吧？哦！感谢您的编辑帮助，现在这篇文章更易懂了。 - user2245731

Answer 1

I希望你能更新问题，以便我们可以帮助改进答案。然而，从我所了解的情况来看，您想要总结两个文件的输出。我假设两个文件中的内容是按顺序排列的。如果不是这种情况，那么在打印摘要时我们将不得不添加额外的检查。

脚本 script.awk 的内容（重用大部分现有代码）：

NR==FNR {
    s[NR]      = NF
    center[NR] = $1
    next
}

/^>/ {
    seq_id[++y] = $0
    ++i
    next
}

NF {
    long[i] += length($0)
}
END {
    for(x=1;x<=length(s);x++) {
        printf "%s\t %d\t %d\n", center[x], s[x], long[x]
    }
}

测试：

$ cat file1
SRR513804.1218581HWI-ST695_116193610:4:1307:17513:49120 SRR513804.16872HWI ST695_116193610:4:1101:7150:72196    SRR513804.2106179HWI-
ST695_116193610:4:2206:10596:165949 SRR513804.1710546HWI-ST695_116193610:4:2107:13906:128004    SRR513804.544253

$ cat file2
>SRR513804.1218581HWI-ST695_116193610:4:1307:17513:49120
TTTTGTTTTTTCTATATTTGAAAAAGAAATATGAAAACTTCATTTATATTTTCCACAAAG
AATGATTCAGCATCCTTCAAAGAAATTCAATATGTATAAAACGGTAATTCTAAATTTTAT
ACATATTGAATTTCTTTGAAGGATGCTGAATCATTCTTTGTGGAAAATATAAATGAAGTT
TTCATATTTCTTTTTCAAAT

$ awk -f script.awk file1 file2
SRR513804.1218581HWI-ST695_116193610:4:1307:17513:49120  4   200
ST695_116193610:4:2206:10596:165949  3   0

- jaypal singh