使用“conda”从github安装R包

Question

有人可以建议如何在Linux中使用conda从github安装R包吗？

谢谢！

- blueskyddd

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不确定您是否可以使用 conda，您不能使用 R 安装它吗？也许可以使用 Rscript -e "devtools::install_github(...)" 命令来安装。 - r2evans

我更喜欢使用conda来安装R包，因为我有多次安装R包的经验，特别是那些有许多依赖关系的包，其中conda install成功地完成了安装并且速度更快，但是install.packages, biocLite等则会产生错误并且非常缓慢。 - blueskyddd

我建议当你开始从github安装软件包时，你会面临无数的依赖和版本问题。你有意安装一个版本，它要么是已知的开发版本，因此不一定稳定，要么没有在CRAN上安装，因此无法验证或保证其依赖关系和反向依赖树。祝你好运，我认为你是自己的。可能：https://github.com/conda/conda/issues/6674 和 https://dev59.com/hFsW5IYBdhLWcg3wqo0x - r2evans

感谢@r2evans的建议！第一个链接提供了一些有用的信息，但并没有明确的答案。 - blueskyddd

另一个建议：这与编程(SO)关系不大，更多的是关于工具管理，因此您可能会在超级用户上找到更好的运气。我不知道它在这方面是否像SO那样活跃，但这可能是一个更好的焦点。只是一个想法。 - r2evans

Answer 1

根据此链接：https://github.com/conda/conda/issues/6674，您可以像为CRAN包创建骨架一样创建基于GitHub的R包的conda骨架。请尝试执行以下操作：

conda skeleton cran <github_url>

conda build --R=<my_r_version> r-<lower-case-package-name>

然后将构建好的conda包上传到您自己的anaconda存储库中。如果包的任何依赖项不在您可以访问的anaconda存储库中，则此过程会失败。因此，您可能需要沿途构建一些其他包。

或者，您可以直接使用devtools :: install_github（github_url，dependencies = FALSE）进行安装。如果您选择这条路，请确保已经安装了github包的任何可用于conda的依赖项。

如果您不使用dependencies = FALSE，R将会安装一堆更新。当您在conda环境中安装（例如更新）预安装的包some_package，然后检查当前环境中的conda list <some_package>，它将显示由conda安装的版本，而不是更新版本。

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编辑构建命令，遵循@rpanai的建议。

- Russ Hyde

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谢谢提供信息！你所说的“将构建好的conda包上传到自己的anaconda仓库”是什么意思？ - blueskyddd

前往anaconda.org，注册一个账户。然后，如果您构建了一个conda包，您可以在云端的某个地方存储它。当您想要安装它时，您可以从任何计算机上使用conda install -c <my_user_name> <my_package>命令进行安装。 - Russ Hyde

看起来最后一个命令应该是 conda build --R=<my_r_version> r-<package_name>。 - rpanai