3D图像旋转 Simple ITK Python

Question

我正在尝试使用Simple ITK旋转3D图像。 以下是我的代码： imagetoresize 是原始图像。该图像的大小为（512,512,149）。

targetimage = imagetoresize
origin = imagetoresize.GetOrigin()
targetimage = imagetoresize
imagetoresize.SetOrigin((0,0,0))
transform = sitk.VersorTransform((0,0,1), np.pi)
transform.SetCenter((256,256,74))
outimage=sitk.Resample(imagetoresize,targetimage.GetSize(),transform,sitk.sitkLinear,[0,0,0], imagetoresize.GetSpacing(), imagetoresize.GetDirection())
outimage.SetOrigin(origin)

代码旋转了图片，但中心点发生了偏移。
原始图片 旋转后的图片 有人能解释一下为什么会出现中心点偏移吗？

非常感谢您的帮助。

- Noobie555

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你似乎假设物理点与图像的索引相同。能否请提供图像的其他元数据？如间距，起点和方向矩阵。 - blowekamp

尺寸：3 尺寸：512 512 149 矩阵： 0.832031 0 0 0 0.832031 0 0 0 1.5 偏移量：[-200.584，-382.084，-1431.5] 中心点：[0，0，0] 平移：[-200.584，-382.084，-1431.5] 反转： 1.20188 0 0 0 1.20188 0 0 0 0.666667 比例：1 1 1 原点：[-200.584，-382.084，-1431.5] 间距：[0.832031，0.832031，1.5] 均匀间隔：1 方向向量：[0，0，1] 切片数：149 - Noobie555

旋转：
维度：3 尺寸：512 512 149 矩阵： 0.832031 0 0 0 0.832031 0 0 0 1.5 偏移量：[-200.584, -382.084, -1431.5] 中心点：[0, 0, 0] 平移：[-200.584, -382.084, -1431.5] 逆矩阵： 1.20188 0 0 0 1.20188 0 0 0 0.666667 缩放：1 1 1 原点：[-200.584, -382.084, -1431.5] 间距：[0.832031, 0.832031, 1.5] 均匀间距：1 方向向量：[0, 0, 1] 切片数：149 - Noobie555

Answer 1

您正在以像素而不是物理空间设置旋转中心。

SimpleITK（和ITK）在物理空间而非索引空间中执行变换和重采样。将图像原点设置为0应该是不必要的。我认为您应该使用imagetoresize.TransformContinuousIndexToPhysicalPoint(center_index)来获取物理空间中的中心。

- blowekamp

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谢谢你的建议！真的很有帮助。 但是我必须将原点设置为0，否则会得到一张黑色的图像。 - Noobie555