如何使用Python快速开发R和Octave方法的GUI界面？

Question

我们是一个中等规模的学术研究实验室，主要的成果是新的统计方法用于分析大型数据集。我们通常使用R和MATLAB/Octave进行开发。

我们希望通过构建简单的向导式用户界面来访问我们的方法，例如类似RNAfold的Web应用程序或用于分析私有数据的独立应用程序，以扩展我们工作的范围。

理想情况下，我们希望界面可以进行一些数据检查，仅使用FOSS，在Mac和Windows环境中运行，并能够生成适合发表的简单图表和图形。此外，我们喜欢Python，因为它在实验室和我们的研究社区中很受欢迎。

然而，我们希望能够快速、廉价地开发和发布。我们很幸运能够在实验室中资助一名开发人员，他必须支持多个项目。

有很多与我们相同需求和限制的团体，因此能够为这种类型的挑战制定一致的长期策略将非常有用。

编辑 我询问了四种可能的方法，并包含了以下评论摘要：

1. 从Python中调用R和Octave方法。
   答案：
   • R / Python集成
     • Rpy (来自ChrisC)
     • pyRserve (来自radek)
     • PypeR (来自radek，参见答案中的论文链接)
   • 使用Python客户端调用Octave服务器（来自ChrisC）
2. 在Python中重新实现我们的方法。总的来说，这并不容易，因为我们的方法依赖于其他在R和Octave中实现的方法。 答案：
   • 对此方法没有任何评论，这可能是一个坏主意。
3. 使用不同的框架构建用户界面。
   答案：
   • 直接在R中构建GUI和Web应用程序如何？ （来自hadley，有关工具参考答案）
4. 我们没有考虑过的其他想法，例如与工作流管理系统（如Taverna）集成。
   答案：
   • 尝试使用可视化编程界面，例如RedR（来自chrisamiller）

我喜欢的答案

我首先要研究Spacedman建议的方法：使用QtDesigner构建PyQt4的用户界面，并使用RPy调用R。我们有很多没有编程背景的学生想要在实验室中做志愿者，而QtDesigner似乎是我们可以有效地培训他们使用的工具。

我想直接在R中开发GUI，正如hadley推荐的那样，但我认为我需要使用QtDesigner的RQt似乎没有在积极开发（最后一次更新是2009年夏季）。

此外，看起来我们可能必须开始专门使用R实施我们的方法，并从MATLAB/Octave转换过来。在我的领域，这可能不是一个坏主意。

附录：

1. 简化用户界面构建的Python库：
   • wxPython（ChrisC）
   • PyQt4（来自Spacedman）
2. 整合Python、R和Octave的其他项目：
   • SAGE（Dirk Eddelbuettel）
   • Shogun（Dirk Eddelbuettel）
3. 制作GUI的GUI：
   • QtDesigner 与 PyQt4 结合使用（来自 Spacedman）。注意，Qt4既是商业软件，也可在LGPL下使用。

- qdjm

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大家好，感谢各位的回答。继续提供意见，我会将它们编入问题中。如果我们达到某种临界质量，我将对各种推荐的方法进行快速评估。 - qdjm

使用工作流系统的优点在于它会跟踪比你自己的脚本更多的元数据。这是只有在以后才会变得重要的事情。 - Donal Fellows

Answer 1

为什么不直接在R中进行开发呢？有许多包可以让您开发GUI（gWidgets RGtk、tcl/tk、RQt、Rwxwidgets、rjava）或Web应用程序。

- hadley

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这是很好的建议，我没想到这是可能的。你对这些工具有什么经验？ - qdjm

Answer 2

我会选择Python和PyQt4作为用户界面(UI)的开发工具，并使用Rpy来连接R语言。

可以使用QtDesigner进行界面设计并生成相应的Python代码。QtAssistant提供了一个完整的超链接文档集，是我使用过的最好的Qt文档。

非常值得一试！

- Spacedman

Answer 3

这是一个很高的要求——多平台、多后端（R和Octave），同时又便宜、快速且易于使用！

从我头脑中想到的，可以看看这些：

• Sage：他们有所谓的笔记本，这些是交互式的网页，并在useR! 2010展示了一个漂亮的演示；我认为Octave也被涵盖了

• Shogun：它也与Python、R和Octave集成，可能有一些工具可以帮助你利用。

- Dirk Eddelbuettel

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感谢您的评论。不妨有所追求。我会更仔细地研究Sage。 - qdjm

Answer 4

我一直在寻找类似的东西——在R中使用简单快速的GUI。看起来RStudio的人们提供了一个新的替代方案。

Shiny 可以满足小型Web界面的需求，无需过多编码。如果你需要一个简单的输入/输出风格的UI，似乎是一个可行的选择。

- Karol J. Piczak

Answer 5

我没有直接连接Octave和Python的经验，除了设置Octave应用程序作为服务器并让Python客户端调用之外，但是我通过RPy成功地将R与Python集成。在我们的一些应用程序中，我们构建了一个wxPython+matplotlib Python前端，并直接通过RPy调用R脚本。

- ChrisC

Answer 6

如果你想要将R和Python进行整合，你可能需要查看以下内容：

• pyRserve
• PypeR [更多详细信息请参考论文]

- radek

Answer 7

你可以尝试使用RedR，它可以让你在Python的图形用户界面中包装R包。

- chrisamiller