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/usr/share/themes/Ambiance/gtk-3.0/gtk-main.css可以解决问题。 - Peter V. Mørch这里的所有答案都对我没有用（我使用Eclipse Mars和Ubuntu 14.04）。我必须编辑/usr/share/themes/Ambiance/gtk-3.0/gtk-main.css。我把tooltip_bg_color改为#f5f5bf#，将tooltip_fg_color改为#000000。重启Eclipse后，更改生效了。
作为KDE用户，您需要使用系统设置更改工具提示的背景颜色。
导航至
应用程序外观 -> 颜色 -> 颜色
并调整工具提示背景和工具提示文本的颜色。
在Ubuntu中安装“GNOME Color Chooser”（也适用于Xubuntu）
在“特定”选项卡下，您可以设置工具提示颜色。
SWT_GTK3=0 ./eclipse 来避免GTK3覆盖你的设置。我正在使用Mars 4.5.1。 - amertkara#foreground white => black
sudo sed -i s/tooltip_fg_color:#ffffff/tooltip_fg_color:#000000/g /usr/share/themes/Ambiance/gtk-3.0/settings.ini /usr/share/themes/Ambiance/gtk-3.0/gtk.css /usr/share/themes/Ambiance/gtk-2.0/gtkrc
#background black => yellow
sudo sed -i s/tooltip_bg_color:#000000/tooltip_bg_color:#f5f5b5/g /usr/share/themes/Ambiance/gtk-3.0/settings.ini /usr/share/themes/Ambiance/gtk-3.0/gtk.css /usr/share/themes/Ambiance/gtk-2.0/gtkrc
感谢其他答案和这篇文章帮助我解决了这个问题。
在Ubuntu 16.04 Mate版中，我的Neon遇到了同样的问题。
我解决了这个问题，是创建了一个小型的、特定于用户的GTK3 CSS设置文件。它存储在您的HOMEDIR/.config/gtk-3.0/gtk.css目录下。
在我的情况下，我压缩了一些空间，指定了默认字体，并设置了工具提示窗口的外观：
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* {
padding: 1px;
font: Liberation Mono 12;
}
GtkToolbar {
padding: 2px;
}
GtkMenuBar {
padding: 2px;
}
GtkMenuItem {
padding: 2px 6px;
}
.tooltip {
background-color: #CAE1FF;
color: #EEEEEE;
text-shadow: none;
}
#########################
还可以尝试在安装了lib之后执行sudo apt-get install libwebkitgtk-1.0-0，这样javadoc看起来会好很多。
在安装全新的Eclipse之后，你可能会注意到悬停显示javadoc注释和Javadoc视图将javadoc注释呈现为纯文本。Eclipse简单地忽略了所有的@link和@see注解。实际上，这并不是视图本身的问题。问题在于默认的Eclipse浏览器在Ubuntu 12.04中无法正常工作。要使其正常工作，您需要安装libwebkitgtk-1.0-0软件包。只需在终端中输入：
来源：http://ubuntu-user-tricks.blogspot.com/2012/09/3-things-to-do-after-installing-eclipse.html
我认为这里的答案是安装libwebkitgtk，以便拥有一个格式正确的工具提示（至少适用于使用Ubuntu并希望拥有漂亮的悬停工具提示的人），其中包含像链接这样的HTML元素。这是由Eclipse用来显示Javadoc的。它在例如Ubuntu上没有预装，也不随Eclipse一起提供..请使用：
sudo apt-get install libwebkitgtk-1.0-0
并重新启动Eclipse以获得漂亮的工具提示。