使用igraph导入加权边列表

Question

我有一个txt文件，表示edgelist格式的网络。文件的前两列通常代表节点与连接的其他节点。第三列表示权重，即每个节点彼此联系的次数。

我已经搜索了igraph文档，但没有提到如何在导入像txt这样的标准文件格式时包含权重参数。

文件可以从这里访问，以下是我一直在使用的代码：

read.graph("Irvine/OClinks_w.txt", format="edgelist")

这段代码将第三列视为权重以外的内容。

有人知道解决方案吗？

- user1723765

Answer 1

以下操作会不会引起过多的烦恼？

g <- read.table("Irvine/OClinks_w.txt")
g <- graph.data.frame(g)

如果是的话，那么你可以直接从文件中使用。

g<-read.graph("Irvine/OClinks_w.txt",format="ncol")
E(g)$weight

- user1317221_G

Answer 2

如果您正在使用Python和igraph，则以下代码行可用于导入权重和顶点名称：

g1w=Graph.Read_Ncol("g1_ncol_format_weighted.txt",names=True)

注意：必须使用 names=True 参数告诉igraph读取名称属性，否则只会导入顶点编号。

其中 g1_ncol_format_weighted.txt 文件大致如下：

A B 2
B C 3

为了确保导入成功，请使用以下代码行：

print(g1w.get_edgelist())
print(g1w.es["weight"])
print(g1w.vs["name"])

- user217558

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这是Python，海报使用的是R。 - Gabor Csardi

非常有帮助，因为我想要Python。谢谢。 - nealmcb