当by_row()被弃用后，如何使用purrr中的rowwise() do()函数？

Question

现在purrr中的by_row()将被（是吗？）弃用，那么什么是新的首选tidyverse实现呢？

Now that by_row() in purrr is going to be (is?) deprecated, what is the new preferred tidyverse implementation of:

somedata = expand.grid(a=1:3,b=3,c=runif(3))
somedata %>%
  rowwise() %>% do(binom.test(x=.$a,n=.$b,p=.$c) %>% tidy())

看起来你可以将每一行嵌套到单独的列中，然后使用 map()，但我不确定如何进行这种嵌套操作...而且这似乎有点晦涩。有更好的方法吗？

- Nicholas Root

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我有一个包含10万行的tibble。逐行处理非常缓慢。有什么更有效的操作方法吗？ - jzadra

Answer 1

这是使用map的一种方法。

library(tidyverse)
library(broom)
do.call(Map, c(f = binom.test, unname(somedata))) %>%
      map_df(tidy)
#  estimate statistic    p.value parameter    conf.low conf.high              method alternative
#1 0.3333333         1 1.00000000         3 0.008403759 0.9057007 Exact binomial test   two.sided
#2 0.6666667         2 0.25392200         3 0.094299324 0.9915962 Exact binomial test   two.sided
#3 1.0000000         3 0.03571472         3 0.292401774 1.0000000 Exact binomial test   two.sided
#4 0.3333333         1 0.14190440         3 0.008403759 0.9057007 Exact binomial test   two.sided
#5 0.6666667         2 0.55583967         3 0.094299324 0.9915962 Exact binomial test   two.sided
#6 1.0000000         3 1.00000000         3 0.292401774 1.0000000 Exact binomial test   two.sided
#7 0.3333333         1 0.58810045         3 0.008403759 0.9057007 Exact binomial test   two.sided
#8 0.6666667         2 1.00000000         3 0.094299324 0.9915962 Exact binomial test   two.sided
#9 1.0000000         3 0.25948735         3 0.292401774 1.0000000 Exact binomial test   two.sided

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仅使用 tidyverse 函数

somedata %>%
     unname %>%
     pmap(binom.test) %>% 
     map_df(tidy)
#estimate statistic    p.value parameter    conf.low conf.high              method alternative
#1 0.3333333         1 1.00000000         3 0.008403759 0.9057007 Exact binomial test   two.sided
#2 0.6666667         2 0.25392200         3 0.094299324 0.9915962 Exact binomial test   two.sided
#3 1.0000000         3 0.03571472         3 0.292401774 1.0000000 Exact binomial test   two.sided
#4 0.3333333         1 0.14190440         3 0.008403759 0.9057007 Exact binomial test   two.sided
#5 0.6666667         2 0.55583967         3 0.094299324 0.9915962 Exact binomial test   two.sided
#6 1.0000000         3 1.00000000         3 0.292401774 1.0000000 Exact binomial test   two.sided
#7 0.3333333         1 0.58810045         3 0.008403759 0.9057007 Exact binomial test   two.sided
#8 0.6666667         2 1.00000000         3 0.094299324 0.9915962 Exact binomial test   two.sided
#9 1.0000000         3 0.25948735         3 0.292401774 1.0000000 Exact binomial test   two.sided

- akrun

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pmap函数调用是否允许传递参数？例如，如果您希望binom.test中的“p”参数为“c-0.5”，那么我想执行类似于pmap(binom.test(p=.z-0.5))的操作，但显然这样是行不通的。是否存在等效的方法？ - Nicholas Root

@NicholasRoot 我猜你需要 pmap(~binom.test(., p = z -0.5))。 - akrun

请注意，如果您在somedata中使用与函数参数（在此情况下为binom.test）匹配的列名，则可以避免使用unname。这将更加明确，因此可能更安全。 - cboettig