无法使用rPython导入软件包

Question

我在Mac OS上安装了umap-learn并尝试在r markdown文件中使用它，使用rPython的方式如下所述： http://blog.schochastics.net/post/using-umap-in-r-with-rpython/#fn1 。但是当我运行以下代码时：

```{r}
umap <- function(x,n_neighbors=10,min_dist=0.1,metric="euclidean"){
  x <- as.matrix(x)
  colnames(x) <- NULL
  rPython::python.exec( c( "def umap(data,n,mdist,metric):",
              "\timport umap" ,
              "\timport numpy",
              "\tembedding = umap.UMAP(n_neighbors=n,min_dist=mdist,metric=metric).fit_transform(data)",
              "\tres = embedding.tolist()",
              "\treturn res"))

  res <- rPython::python.call( "umap", x,n_neighbors,min_dist,metric)
  do.call("rbind",res)
}

data(iris)
res <- umap(iris[,1:4])
```

我收到了错误信息：

Error in python.exec(python.command) : No module named umap

看起来，Rstudio没能检测到umap。我通过conda list确认该程序包已安装：

umap-learn                0.2.3                    py36_0    conda-forge

我该如何解决这个问题？

更新

Python版本不正确，因此我添加了.Rprofile并将其指向正确的版本，但是错误仍然存在。

system("python --version")
Python 3.6.5 :: Anaconda, Inc.

更新

更详细的错误信息（堆栈跟踪）：

 Error in python.exec(python.command) : No module named umap
 4.stop(ret$error.desc)
 3.python.exec(python.command)
 2.rPython::python.call("umap", x, n_neighbors, min_dist, metric)
 1.umap(iris[, 1:4])

- Nikita Vlasenko

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不，我怎么能验证呢？如果错了再切换吗？ - Nikita Vlasenko

Answer 1

您需要确保在R中使用的Python中可用umap包，这通常不是默认的Anaconda安装。

您可以使用system("python --version")检查您的Python版本，并在需要时在cmd行中执行pip install umap或pip3 install umap等命令（以使用当前可用的Python）; 或者您可以切换到Anaconda Python路径）。

- Hack-R

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只是想补充一下，以下线程帮助我切换到正确的Python版本：https://dev59.com/RZbfa4cB1Zd3GeqPqTQ_ - Nikita Vlasenko

我成功运行了 pip install umap，但是没有解决错误。 - Nikita Vlasenko

R版本是3.5.0。 - Nikita Vlasenko

@NikitaVlasenko 谢谢。我现在明白了，我无法复制您的情况，因为我的Windows版本与您的macOS版本不同。好的，请问您能否通过R在Python中运行此代码吗？import sys 然后 print (sys.path) 我们想要验证它是否可以访问库文件夹。 - Hack-R

它明显在尝试使用Python 2.7，而不是正确的版本。因此，在Rstudio中，python版本是正确的，但rPython正在切换版本。 - Nikita Vlasenko