如何在R Markdown中全局使用set.seed()函数？

Question

请给出一个在R Markdown中如何全局使用set.seed()的实际工作示例。我知道Yihui的文档基于这个错误报告, 但是当我将建议的选项放入设置块中如knitr::opts_chunk$set(cache.extra = rand_seed), 我收到了一个错误消息。

我错过了什么吗？我目前只在第一个代码块中有一个随机种子，但是后面的块应该使用相同的种子。

[下面更新]

我的设置块：

```{r setup, include=FALSE}
#knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
knitr::opts_knit$set(root.dir = "/Users/Zack/Documents/UCLA/Courses/PP290_NetworkScience")
#library(knitr)
knitr::opts_chunk$set(tidy.opts=list(width.cutoff=80),tidy=TRUE)
knitr::opts_chunk$set(cache.extra = rand_seed)
```

错误：

Show in New WindowClear OutputExpand/Collapse Output
Error in knitr::opts_chunk$set(cache.extra = rand_seed) : 
  object 'rand_seed' not found

使用种子的代码块如下：

```{r section1_3, error=TRUE, cache=FALSE, eval=TRUE, echo=TRUE}
set.seed(01082017)
# A binomial distribution is one that produces a series of numbers according to parameters you pass it.
# We can easily make it produces 1s and 0s and then populate an adjacency matrix with them.
# The last argument controls the ratio of 1s and 0s.  So, half the output will be 1, half will be 0, on average.
rbinom(1,1,.5)
rbinom(1,1,.5)
rbinom(1,1,.5)
rbinom(1,1,.5)
rbinom(1,1,.5)
```

目前，我已从我的R Markdown文件中删除了knitr :: opts_chunk $ set（cache.extra = rand_seed）。

- ZacharyST

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我编辑了这个问题，使其不再是“参考请求”——否则它将被关闭。对我来说，这似乎是一个有效的问题。更多关于错误信息的信息可能会有所帮助。 - C8H10N4O2

你能再解释一下你的意思吗？如果你在第一个块中设置了种子，那么接下来的块将使用相同的初始种子值。 - Luke C

这是一个非常老的问题，而且你没有提供一个可重现的例子说明哪里出了问题。即使在中间块中使用 cache=TRUE，我也能得到可重现的结果。 - hrbrmstr

更新了。我应该把set.seed()放在设置块中吗？ - ZacharyST

我知道这是一个老问题，但是文档对我来说不够清晰。我添加的信息有帮助吗？ - ZacharyST

rand_seed is exported from knitr, so you probably need to run knitr::rand_seed instead of just rand_seed - David Rubinger

Answer 1

我刚遇到同样的问题，我认为我已经解决了它...将种子放在第一个块内，并在knitr选项中设置cache = TRUE。希望能对你有所帮助！

{r, set.seed(333)}
knitr::opts_chunk$set(cache = T)

[your code here]

- jgarces

Answer 2

你需要先加载knitr库。

library(knitr)
knitr::opts_chunk$set(tidy.opts=list(width.cutoff=80),tidy=TRUE)
knitr::opts_chunk$set(cache.extra = rand_seed)

- Jadexq

Answer 3

```{r setup, include=FALSE}
#knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE) knitr::opts_knit$set(root.dir = 
"/Users/Zack/Documents/UCLA/Courses/PP290_NetworkScience")
#library(knitr) 
knitr::opts_chunk$set(tidy.opts=list(width.cutoff=80),tidy=TRUE) 
knitr::opts_chunk$set(cache.extra = rand_seed)
```

你试过取消注释library(knitr)吗？

- MaterialZ

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knitr::opts_chunks$set 会将该包加载到内存中（而不附加命名空间）。 - alan ocallaghan