Java的遗传编程库

Question

我正在寻找一个适用于JVM的优秀基因编程库，不是遗传算法而是基因编程。

我已经尝试了JGAP（jgap.sourceforge.net）和Watchmaker（watchmaker.uncommons.org）。不幸的是，这些工具只有实验性的、不成熟的基因编程支持（它们主要专注于遗传算法）。

也许你知道更好的JVM基因编程工具，可以用Java或任何其他JVM编译语言编写。

我不是在寻找一个全面的GP工具列表，我更想要一个好的、流行的工具（就像流行的操作系统是Windows、Linux和Mac，流行的Java IDE是Eclipse、IDEA和NetBeans）。

它不一定是基因编程库（GP），它也可以是（可能更好）基因表达式编程库（GEP）。

编辑（问题两个月后）： 我分析了您发布的大部分链接，并且在维基百科中可用，我必须说，这些库中每一个都至少存在以下问题之一：

• 没有开源，或者开源但非常限制（GPL）；

• 没有文档（或者非常差的文档）；

• 没有内置支持基因编程或基因表达式编程（或实验性支持）；

• 有些使用起来过于复杂。

在这种情况下，我最终编写了自己的简单库供项目使用（采用基因表达式编程方法，使其非常简单）。

- iirekm

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@Carlos：我对自己的答案能够赢得这个悬赏有些失望。如果你想要在问题中增加更多内容，我愿意将我的奖金捐赠给第二个悬赏。请直接在这里发送@消息给我。 - Bill the Lizard

@Bill the Lizard，嘿，不用担心伙计，我已经开始着手我的项目了，所以现在我很好。你能如此真诚和诚实，真是太好了。向你致敬并给你点赞；）。祝一切顺利。 - Carlos

看着你的下一个问题，你现在是否正在使用Drools Planner（ASL，带有文档和示例）？你喜欢它吗？ :) - Geoffrey De Smet

我只是在看到一些真实的代码使用它之后才尝试了它（）。我不是说我不喜欢它，但我可以列举出两件事情会让人们不喜欢Drools Planner： - iirekm

啊，我又编辑太久了：

• 模拟退火和禁忌搜索（Drools Planner中的内容）只是计算智能的另一种方法 - 它对某些问题类别（例如时间表规划）非常有效，而对其他问题可能不太适用 - 没有完美的计算智能方法。
• 我有点不喜欢Drools Planner和Drools之间的关系 - 我宁愿将Drools Planner视为一个独立的库，并且我认为由程序员决定如何实现适应度函数（Drools或Java代码）。

- iirekm

@iirekm 感谢您的反馈。1）模拟退火和禁忌搜索确实专注于调度、装箱和路径规划问题。2）可以实现使适应函数可定制化（我会接受这样的补丁），这将产生一些有趣的基准测试。然而，使用规则引擎的整个重点是免费获得增量分数计算，自己实现这种样板代码非常麻烦。 - Geoffrey De Smet

Answer 1

ECJ为遗传程序设计提供了许多资源，包括多个示例项目。

- Joel Rein

Answer 2

有一些Java编程的库，如GenPro和n-genes，以及Groovy的JGProg。

在遗传编程维基百科文章的实现部分中列出了更多不同语言的库，但正如你所提到的，其中许多看起来更适用于GA，因此您需要评估每个库以确定它是否符合您的需求。

- Bill the Lizard

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你尝试过使用这些库来进行GP吗？互联网上有许多GP库，但它们中的大部分质量非常差，完全不适合生产。我已经尝试了JGAP和Watchmaker，但无法尝试所有可用的库，所以我向您——stackoverflow的用户询问意见，也许你们中的某些人在Java GP方面拥有丰富的经验。 - iirekm

Answer 3

我有点偏袒，因为我是其中一位作者，但EpochX是一个专门用于遗传编程的Java库。它支持强类型树表示法和两种语法引导表示法。它主要面向研究人员，但根据您的需求，它也可能适合您。您可以在epochx.org获取更多信息。

- Tom Castle

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啊 - 我差点就准备尝试 epochx 了，但是我注意到它是在 GPL 许可证下发布的！由于我做的项目是商业用途的（因此我不能使用 GPL），为什么不将其发布在 LGPL 下呢 - 这是一种在 GPL 和“你想干嘛就干嘛”的许可证（如 Apache、MIT 或 BSD）之间达成妥协的方式。可能还有更多这样的用户，他们不会使用你的库，只因为它是 GPL 的。 - iirekm

谢谢您的建议。我会看看是否可以重新评估许可证，因为我没有理由禁止商业使用。 - Tom Castle

现在已经获得了LGPL许可。 - Robert Harvey

Answer 4

我刚刚完成了在Clojure（基于JVM）中构建自己的遗传编程工具。一旦我能够进行符号回归，我意识到该工具比我想象的更加限制，并且更复杂地解决了强类型问题。因此，我决定转向语法演化工具（遗传编程可以被看作是语法演化的子集）。GEVA 工具是我寻找语法演化工具的第一站。据我所知，它仍在开发中（今年（2010年）最近进行了一次更新）。

- Nick

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谢谢提供的信息，我之前不知道GEVA。我猜对于某些问题，GEVA更加强大，而对于其他问题，遗传算法更加强大，还有一些则需要神经网络或贝叶斯网络。我想现在先尝试使用遗传算法和GEP，因为我对它们很熟悉，如果不满意的话，再尝试使用GEVA。 - iirekm

仅澄清此处的答案 - GEVA是语法演化（GE）的一种实现，这是一种使用语法的进化算法。还有其他的GE实现，例如jGE、libGE和EpochX，已经在另一个答案中提到了。 - Tom Castle

Answer 5

也许你可以使用TinyGP的部分内容？它不是一个真正的库，更像是一个GP系统，但由于它非常小，你可以很容易地为你的用途进行调整。

- user118861

Answer 6

JGAP（Java遗传算法包）是一款先进的GA库，可在jgap.sf.net免费获取，包含许多示例。

- Klaus

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我尝试过JGAP（jgap.sourceforge.net）... - Tansir1

我在我的问题中提到了JGAP - 这是非常不成熟的遗传编程支持，只在最近的版本中添加。 - iirekm

此外，与 Watchmaker 相比，JGAP 的设计非常丑陋。 - iirekm