在Ubuntu 10.04上安装R 2.13.0的包（caret）时出现错误

Question

我按照http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/的指示从CRAN软件源安装了R。在过去，我已经能够在几个相同的Ubuntu 10.04系统上成功安装caret，但今天运行install.packages('caret', dependencies=c('Depends','Suggests'))时出现了以下错误（仅为示例）。有什么提示吗？

...
** 检测已安装的软件包是否可以加载
* 完成 (dynlm)
错误：依赖项“reshape”、“plyr”、“digest”对于软件包“ggplot2”不可用
* 移除“/home/yang/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.13/ggplot2”
错误：依赖项“digest”、“stringr”、“mutatr”、“evaluate”对于软件包“testthat”不可用
* 移除“/home/yang/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.13/testthat”
* 安装*源码*软件包“ROCR” ...
** R
...
** 检测已安装的软件包是否可以加载
* 完成 (ROCR)
错误：依赖项“plyr”、“stringr”对于软件包“reshape2”不可用
* 移除“/home/yang/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.13/reshape2”
* 安装*源码*软件包“party” ...
** libs
...
** 检测已安装的软件包是否可以加载
* 完成 (party)
错误：依赖项“reshape”、“plyr”对于软件包“caret”不可用
* 移除“/home/yang/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.13/caret”
* 安装*源码*软件包“rocc” ...
** R
...
* 完成 (rocc)
错误：依赖项“reshape2”对于软件包“Cubist”不可用
* 移除“/home/yang/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.13/Cubist”
已下载的软件包位于
        ‘/tmp/Rtmp2TsElZ/downloaded_packages’
共有20个警告（使用warnings()查看）
> warnings()
警告信息：
1: 在install.packages("caret", dependencies=c("Depends","Suggests"))中：
  软件包“Rmpi”的安装状态为非零退出状态
2: 在install.packages("caret", dependencies=c("Depends","Suggests"))中：
  软件包“rpvm”的安装状态为非零退出状态
3: 在install.packages("caret", dependencies=c("Depends","Suggests"))中：
  软件包“rsprng”的安装状态为非零退出状态
4: 在install.packages("caret", dependencies=c("Depends","Suggests"))中：
  软件包“XML”的安装状态为非零退出状态
5: 在install.packages("caret", dependencies=c("Depends","Suggests"))中：
  软件包“RODBC”的安装状态为非零退出状态
6: 在install.packages("caret", dependencies=c("Depends","Suggests"))中：
  软件包“rgl”的安装状态为非零退出状态
7: 在install.packages("caret", dependencies=c("Depends","Suggests"))中：
  软件包“RWeka”的安装状态为非零退出状态
8: 在install.packages("caret", dependencies=c("Depends","Suggests"))中：
  软件包“shapes”的安装状态为非零退出状态
9: 在install.packages("caret", dependencies=c("Depends","Suggests"))中：
  软件包“rgeos”的安装状态为非零退出状态
10: 在install.packages("caret", dependencies=c("Depends","Suggests"))中：
  软件包“rgdal”的安装状态为非零退出状态
11: 在install.packages("caret", dependencies=c("Depends","Suggests"))中：
  软件包“plyr”的安装状态为非零退出状态
12: 在install.packages("caret", dependencies=c("Depends","Suggests"))中：
  软件包“stringr”的安装状态为非零退出状态
13: 在install.packages("caret", dependencies=c("Depends","Suggests"))中：
  软件包“latentnet”的安装状态为非零退出

- Yang

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这不是一个真正的编程问题。更适合在超级用户上讨论。 - Joshua Ulrich

Answer 1

你的Ubuntu系统上是否安装了正确的开发包？我建议你从失败的包开始一个一个地尝试安装，使用 install.packages()。我知道其中一些失败的包需要很多开发头文件，以便编译R软件包。

如果你一个一个地操作，你就会明白为什么这些包会失败。例如，对于rgdal，我在我的发行版软件包管理器中安装了gdal-devel、proj-devel、proj-epsg和proj-nad，以便编译该R软件包。对于XML，我需要安装libxml2-devel等。如果你按照失败的R软件包进行操作，你就会明显看到缺失哪些头文件，然后可以使用你的软件包管理器找到你需要安装的Ubuntu软件包（debs）来获得这些头文件。

- Gavin Simpson

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不需要安装任何开发包，但是你的“逐个安装”的提示起了作用——奇怪而令人沮丧的是，逐个安装R抱怨的依赖项竟然让R变得快乐了。唉。 - Yang

刚刚在R 2.14.0中又遇到了同样的问题。谷歌搜索后发现了我自己在这里发布的问题（和答案评论）。很高兴我发布了这个问题。 - Yang